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- EMDB-46507: Cryo-EM structure of mycocerosic acid synthase with KS-ACP' cross... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46507
タイトルCryo-EM structure of mycocerosic acid synthase with KS-ACP' crosslink and DH-ACP crosslink using C16 alpha-bromoamide. Complex D
マップデータmain map
試料
  • 複合体: Homodimeric MAS doubly crosslinked between ACP'=KS domains and ACP=DH domains
    • タンパク質・ペプチド: Mycocerosic acid synthase
キーワードpolyketide / crosslinked / ketosynthase / dehydratase BIOSYNTHETIC PROTEIN / BIOSYNTHETIC PROTEIN
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.15 Å
データ登録者Heberlig GW / Jiang Z / Burkart MD
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM095970 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)K12 HL141956 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-2011924 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Visualizing acyl carrier protein interactions within a crosslinked type I polyketide synthase.
著者: Ziran Jiang / Graham W Heberlig / Jeffrey A Chen / Jennifer Huynh / James J La Clair / Michael D Burkart /
要旨: Using a combination of dual covalent crosslinking and cryo-EM analyses, we elucidate the structure of mycocerosic acid synthase from Mycobacterium tuberculosis trapped in two distinct catalytic ...Using a combination of dual covalent crosslinking and cryo-EM analyses, we elucidate the structure of mycocerosic acid synthase from Mycobacterium tuberculosis trapped in two distinct catalytic states during its iterative cycle. These structures reveal domain architecture of the acyl carrier protein mediating condensation and dehydration through dual site-selective crosslinking of the acyl carrier protein with the ketosynthase and dehydratase domains. Map density was sufficient to visualize full domain architecture with active site-bound probes and elucidate key interactions of four distinct crosslinked species. Here, iterative vectorial polyketide biosynthesis arises through an overall twisting and tilting architecture, enabling positioning and entry of the cognate substrate at each enzymatic domain. These structures present valuable details for future therapeutic design against mycocerosic acid biosynthesis in M. tuberculosis.
履歴
登録2024年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46507.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46507.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.89 Å/pix.
x 380 pix.
= 337.82 Å		0.89 Å/pix.
x 380 pix.
= 337.82 Å		0.89 Å/pix.
x 380 pix.
= 337.82 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.889 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.11188056 - 0.2983258
平均 (標準偏差)0.00082359085 (±0.012491196)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 337.82 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half A

ファイルemd_46507_half_map_1.map
注釈half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half B

ファイルemd_46507_half_map_2.map
注釈half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homodimeric MAS doubly crosslinked between ACP'=KS domains and AC...

全体名称: Homodimeric MAS doubly crosslinked between ACP'=KS domains and ACP=DH domains
要素
  • 複合体: Homodimeric MAS doubly crosslinked between ACP'=KS domains and ACP=DH domains
    • タンパク質・ペプチド: Mycocerosic acid synthase

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超分子 #1: Homodimeric MAS doubly crosslinked between ACP'=KS domains and AC...

超分子名称: Homodimeric MAS doubly crosslinked between ACP'=KS domains and ACP=DH domains
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: Mycocerosic acid synthase

分子名称: Mycocerosic acid synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mycocerosate synthase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MESRVTPVAV IGMGCRLPGG INSPDKLWES LLRGDDLVTE IPPDRWDADD YYDPEPGVPG RSVSRWGGFL DDVAGFDAEF FGISEREATS IDPQQRLLLE TSWEAIEHAG LDPASLAGSS TAVFTGLTHE DYLVLTTTAG GLASPYVVTG LNNSVASGRI AHTLGLHGPA ...文字列:
MESRVTPVAV IGMGCRLPGG INSPDKLWES LLRGDDLVTE IPPDRWDADD YYDPEPGVPG RSVSRWGGFL DDVAGFDAEF FGISEREATS IDPQQRLLLE TSWEAIEHAG LDPASLAGSS TAVFTGLTHE DYLVLTTTAG GLASPYVVTG LNNSVASGRI AHTLGLHGPA MTFDTACSSG LMAVHLACRS LHDGEADLAL AGGCAVLLEP HASVAASAQG MLSSTGRCHS FDADADGFVR SEGCAMVLLK RLPDALRDGN RIFAVVRGTA TNQDGRTETL TMPSEDAQVA VYRAALAAAG VQPETVGVVE AHGTGTPIGD PIEYRSLARV YGAGTPCALG SAKSNMGHST ASAGTVGLIK AILSLRHGVV PPLLHFNRLP DELSDVETGL FVPQAVTPWP NGNDHTPKRV AVSSFGMSGT NVHAIVEEAP AEASAPESSP GDAEVGPRLF MLSSTSSDAL RQTARQLATW VEEHQDCVAA SDLAYTLARG RAHRPVRTAV VAANLPELVE GLREVADGDA LYDAAVGHGD RGPVWVFSGQ GSQWAAMGTQ LLASEPVFAA TIAKLEPVIA AESGFSVTEA ITAQQTVTGI DKVQPAVFAV QVALAATMEQ TYGVRPGAVV GHSMGESAAA VVAGALSLED AARVICRRSK LMTRIAGAGA MGSVELPAKQ VNSELMARGI DDVVVSVVAS PQSTVIGGTS DTVRDLIARW EQRDVMAREV AVDVASHSPQ VDPILDDLAA ALADIAPMTP KVPYYSATLF DPREQPVCDG AYWVDNLRNT VQFAAAVQAA MEDGYRVFAE LSPHPLLTHA VEQTGRSLDM SVAALAGMRR EQPLPHGLRG LLTELHRAGA ALDYSALYPA GRLVDAPLPA WTHARLFIDD DGQEQRAQGA CTITVHPLLG SHVRLTEEPE RHVWQGDVGT SVLSWLSDHQ VHNVAALPGA AYCEMALAAA AEVFGEAAEV RDITFEQMLL LDEQTPIDAV ASIDAPGVVN FTVETNRDGE TTRHATAALR AAEDDCPPPG YDITALLQAH PHAVNGTAMR ESFAERGVTL GAAFGGLTTA HTAEAGAATV LAEVALPASI RFQQGAYRIH PALLDACFQS VGAGVQAGTA TGGLLLPLGV RSLRAYGPTR NARYCYTRLT KAFNDGTRGG EADLDVLDEH GTVLLAVRGL RMGTGTSERD ERDRLVSERL LTLGWQQRAL PEVGDGEAGS WLLIDTSNAV DTPDMLASTL TDALKSHGPQ GTECASLSWS VQDTPPNDQA GLEKLGSQLR GRDGVVIVYG PRVGDPDEHS LLAGREQVRH LVRITRELAE FEGELPRLFV VTRQAQIVKP HDSGERANLE QAGLRGLLRV ISSEHPMLRT TLIDVDEHTD VERVAQQLLS GSEEDETAWR NGDWYVARLT PSPLGHEERR TAVLDPDHDG MRVQVRRPGD LQTLEFVASD RVPPGPGQIE VAVSMSSINF ADVLIAFGRF PIIDDREPQL GMDFVGVVTA VGEGVTGHQV GDRVGGFSEG GCWRTFLTCD ANLAVTLPPG LTDEQAITAA TAHATAWYGL NDLAQIKAGD KVLIHSATGG VGQAAISIAR AKGAEIFATA GNPAKRAMLR DMGVEHVYDS RSVEFAEQIR RDTDGYGVDI VLNSLTGAAQ RAGLELLAFG GRFVEIGKAD VYGNTRLGLF PFRRGLTFYY LDLALMSVTQ PDRVRELLAT VFKLTADGVL TAPQCTHYPL AEAADAIRAM SNAEHTGKLV LDVPRSGRRS VAVTPEQAPL YRRDGSYIIT GGLGGLGLFF ASKLAAAGCG RIVLTARSQP NPKARQTIEG LRAAGADIVV ECGNIAEPDT ADRLVSAATA TGLPLRGVLH SAAVVEDATL TNITDELIDR DWSPKVFGSW NLHRATLGQP LDWFCLFSSG AALLGSPGQG AYAAANSWVD VFAHWRRAQG LPVSAIAWGA WGEVGRATFL AEGGEIMITP EEGAYAFETL VRHDRAYSGY IPILGAPWLA DLVRRSPWGE MFASTGQRSR GPSKFRMELL SLPQDEWAGR LRRLLVEQAS VILRRTIDAD RSFIEYGLDS LGMLEMRTHV ETETGIRLTP KVIATNNTAR ALAQYLADTL AEEQAAAPAA SKLAAALEHH HHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris HCl
150.0 mMSodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3135 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1055614
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 19622
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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