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万見
- EMDB-46484: Cryo-electron tomography and subtomogram averaging of WT mouse re... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46484
タイトルCryo-electron tomography and subtomogram averaging of WT mouse respiratory ciliary axoneme
マップデータCryo-electron tomography and subtomogram averaging of WT mouse respiratory ciliary axoneme
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Respiratory ciliary axonemes from mouse
キーワードaxoneme / radial spoke / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 36.0 Å
データ登録者Yanhe Z / Xuewu Z / Daniela N
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM083122 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR140082 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130289 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The cryo-EM structure of mouse radial spoke 3 reveals a unique metabolic and regulatory hub in cilia
著者: Yanhe Z / Xuewu Z / Daniela N
履歴
登録2024年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46484.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46484.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-electron tomography and subtomogram averaging of WT mouse respiratory ciliary axoneme
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.77 Å/pix.
x 100 pix.
= 1077. Å		10.77 Å/pix.
x 100 pix.
= 1077. Å		10.77 Å/pix.
x 120 pix.
= 1292.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 133.0
最小 - 最大77.907470000000004 - 181.558069999999987
平均 (標準偏差)125.630020000000002 (±8.194172)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100120100
Spacing120100100
セルA: 1292.4 Å / B: 1077.0 Å / C: 1077.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half maps are unwindowed, they need to be...

ファイルemd_46484_half_map_1.map
注釈Half maps are unwindowed, they need to be windowed, tapered, masked or etc. before FSC calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half maps are unwindowed, they need to be...

ファイルemd_46484_half_map_2.map
注釈Half maps are unwindowed, they need to be windowed, tapered, masked or etc. before FSC calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Respiratory ciliary axonemes from mouse

全体名称: Respiratory ciliary axonemes from mouse
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Respiratory ciliary axonemes from mouse

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超分子 #1: Respiratory ciliary axonemes from mouse

超分子名称: Respiratory ciliary axonemes from mouse / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 30 mM HEPES pH 7.4, 25 mM KCl, 5 mM MgSO4, 1 mM EGTA, 0.1 mM EDTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 倍率（公称値）: 13500
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 36.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 1400
抽出トモグラム数: 14 / 使用した粒子像数: 1976
CTF補正タイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.10.0)
詳細: angles (and shifts) for each subvolume are assigned by maximizing normalized cross-correlation between the subvolume and the reference

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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