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万見
- EMDB-46440: A 16-nm repeat of A-B inner junction of TMT from the central core... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46440
タイトルA 16-nm repeat of A-B inner junction of TMT from the central core region of basal body, wild-type
マップデータA 16-nm repeat of A-B inner junction of TMT from the central core region of basal body, wild-type
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Triplet and doublet microtubule from basal body and axoneme isolated from Tetrahymena thermophila
キーワードcilia / basal body / microtubule / CYTOSOLIC PROTEIN
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.31 Å
データ登録者Li S / Fernandez J / Ruehle M / Fabritius A / Pearson C / Agard DA / Winey M
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140813 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127571 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118099 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2025
タイトル: The structure of basal body inner junctions from Tetrahymena revealed by electron cryo-tomography.
著者: Sam Li / Jose-Jesus Fernandez / Marisa D Ruehle / Rachel A Howard-Till / Amy Fabritius / Chad G Pearson / David A Agard / Mark E Winey /
要旨: The cilium is a microtubule-based eukaryotic organelle critical for many cellular functions. Its assembly initiates at a basal body and continues as an axoneme that projects out of the cell to form a ...The cilium is a microtubule-based eukaryotic organelle critical for many cellular functions. Its assembly initiates at a basal body and continues as an axoneme that projects out of the cell to form a functional cilium. This assembly process is tightly regulated. However, our knowledge of the molecular architecture and the mechanism of assembly is limited. By applying cryo-electron tomography, we obtained structures of the inner junction in three regions of the cilium from Tetrahymena: the proximal, the central core of the basal body, and the axoneme. We identified several protein components in the basal body. While a few proteins are distributed throughout the entire length of the organelle, many are restricted to specific regions, forming intricate local interaction networks in the inner junction and bolstering local structural stability. By examining the inner junction in a POC1 knockout mutant, we found the triplet microtubule was destabilized, resulting in a defective structure. Surprisingly, several axoneme-specific components were found to "infiltrate" into the mutant basal body. Our findings provide molecular insight into cilium assembly at the inner junctions, underscoring its precise spatial regulation.
履歴
登録2024年8月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46440.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A 16-nm repeat of A-B inner junction of TMT from the central core region of basal body, wild-type
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0967
最小 - 最大-0.29063842 - 0.41609424
平均 (標準偏差)0.0016436084 (±0.02327501)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 432.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Triplet and doublet microtubule from basal body and axoneme isola...

全体名称: Triplet and doublet microtubule from basal body and axoneme isolated from Tetrahymena thermophila
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Triplet and doublet microtubule from basal body and axoneme isolated from Tetrahymena thermophila

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超分子 #1: Triplet and doublet microtubule from basal body and axoneme isola...

超分子名称: Triplet and doublet microtubule from basal body and axoneme isolated from Tetrahymena thermophila
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 1xTE
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 78.0 K / 最高: 78.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 6000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 実像数: 2 / 平均露光時間: 0.36 sec. / 平均電子線量: 1.33 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用したサブトモグラム数: 34006
抽出トモグラム数: 93 / 使用した粒子像数: 34006 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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