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タイトルThe structure of basal body inner junctions from Tetrahymena revealed by electron cryo-tomography.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 44, Issue 7, Page 1975-2001, Year 2025
掲載日2025年2月24日
著者Sam Li / Jose-Jesus Fernandez / Marisa D Ruehle / Rachel A Howard-Till / Amy Fabritius / Chad G Pearson / David A Agard / Mark E Winey /
PubMed 要旨The cilium is a microtubule-based eukaryotic organelle critical for many cellular functions. Its assembly initiates at a basal body and continues as an axoneme that projects out of the cell to form a ...The cilium is a microtubule-based eukaryotic organelle critical for many cellular functions. Its assembly initiates at a basal body and continues as an axoneme that projects out of the cell to form a functional cilium. This assembly process is tightly regulated. However, our knowledge of the molecular architecture and the mechanism of assembly is limited. By applying cryo-electron tomography, we obtained structures of the inner junction in three regions of the cilium from Tetrahymena: the proximal, the central core of the basal body, and the axoneme. We identified several protein components in the basal body. While a few proteins are distributed throughout the entire length of the organelle, many are restricted to specific regions, forming intricate local interaction networks in the inner junction and bolstering local structural stability. By examining the inner junction in a POC1 knockout mutant, we found the triplet microtubule was destabilized, resulting in a defective structure. Surprisingly, several axoneme-specific components were found to "infiltrate" into the mutant basal body. Our findings provide molecular insight into cilium assembly at the inner junctions, underscoring its precise spatial regulation.
リンクEMBO J / PubMed:39994484 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度5.89 - 10.1 Å
構造データ

EMDB-46437: A 16-nm repeat of A-B Inner junction of TMT from the proximal region of basal body, wild-type
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.82 Å

EMDB-46438: A 16-nm repeat of B-C Inner junction of TMT from the proximal region of basal body, wild-type
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.82 Å

EMDB-46439: A 48-nm repeat of A-B inner junction of TMT from central core region of basal body, wild-type
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.82 Å

EMDB-46440: A 16-nm repeat of A-B inner junction of TMT from the central core region of basal body, wild-type
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.31 Å

EMDB-46441: A 16-nm repeat of A-B inner junction of DMT from axoneme, wild-type
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.89 Å

EMDB-46442: A 16-nm repeat of A-B inner junction of TMT from the central core region of basal body, a subset of data from POC1 knockout mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.0 Å

EMDB-46443: A 48-nm repeat of A-B inner junction of TMT from the central core region of basal body, a subset of data from POC1 knockout mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.1 Å

由来
  • Tetrahymena thermophila (真核生物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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