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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-45956 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Carboxyltransferase Domain of Trichoplusia ni Acetyl-Coenzyme A Carboxylase | |||||||||
マップデータ | cryo-EM map of the Carboxyltransferase Domain of Trichoplusia ni Acetyl-Coenzyme A Carboxylase | |||||||||
試料 |
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キーワード | Trichoplusia ni / Carboxyltransferase Domain / Acetyl-Coenzyme A Carboxylase / Cryo-EM / Pest Control / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / fatty acid biosynthetic process / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu B / Wang D / Bu F / Yang G | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024 タイトル: Structure of the endogenous insect acetyl-coA carboxylase carboxyltransferase domain. 著者: Dong Wang / Fan Bu / Ge Yang / Hannah Brenke / Bin Liu / 要旨: Acetyl-coenzyme A carboxylases (ACCs) are pivotal in fatty acid metabolism, converting acetyl-CoA to malonyl-CoA. While ACCs in humans, plants, and microbes have been extensively studied, insect ...Acetyl-coenzyme A carboxylases (ACCs) are pivotal in fatty acid metabolism, converting acetyl-CoA to malonyl-CoA. While ACCs in humans, plants, and microbes have been extensively studied, insect ACCs, crucial for lipid biosynthesis and physiological processes, remain relatively unexplored. Unlike mammals, which have ACC1 and ACC2 in different tissues, insects possess a single ACC gene, underscoring its unique role in their metabolism. Noctuid moths, such as Trichoplusia ni, are major agricultural pests causing significant crop damage and economic loss. Their resistance to both biological and synthetic insecticides complicates pest control. Recent research has introduced cyclic ketoenols as novel insecticides targeting ACCs, yet structural information to guide their design is limited. Here, we present a 3.12 Å cryo-EM structure of the carboxyltransferase (CT) domain of T. ni ACC, offering the first detailed structural insights into insect ACCs. Our structural comparisons with ACC CT domains from other species and analyses of drug binding sites can guide future drug modification and design. Notably, unique interactions between the CT and the central domain in T. ni ACC provide new directions for studying the ACC holoenzyme. These findings contribute valuable information for pest control and basic biological understanding of lipid biosynthesis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_45956.map.gz | 108.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-45956-v30.xml emd-45956.xml | 19.1 KB 19.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_45956_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_45956.png | 72.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-45956.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_45956_additional_1.map.gz emd_45956_half_map_1.map.gz emd_45956_half_map_2.map.gz | 188.9 MB 200.2 MB 200.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45956 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45956 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_45956_validation.pdf.gz | 861.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_45956_full_validation.pdf.gz | 861 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_45956_validation.xml.gz | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_45956_validation.cif.gz | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45956 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45956 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9cv6M M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_45956.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-EM map of the Carboxyltransferase Domain of Trichoplusia ni Acetyl-Coenzyme A Carboxylase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88533 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: cryo-EM sharpened map of the Carboxyltransferase Domain of...
ファイル | emd_45956_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM sharpened map of the Carboxyltransferase Domain of Trichoplusia ni Acetyl-Coenzyme A Carboxylase | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A of the Carboxyltransferase Domain of...
ファイル | emd_45956_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A of the Carboxyltransferase Domain of Trichoplusia ni Acetyl-Coenzyme A Carboxylase | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B of the Carboxyltransferase Domain of...
ファイル | emd_45956_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B of the Carboxyltransferase Domain of Trichoplusia ni Acetyl-Coenzyme A Carboxylase | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Trichoplusia ni Acetyl-Coenzyme A Carboxylase
全体 | 名称: Trichoplusia ni Acetyl-Coenzyme A Carboxylase |
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要素 |
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-超分子 #1: Trichoplusia ni Acetyl-Coenzyme A Carboxylase
超分子 | 名称: Trichoplusia ni Acetyl-Coenzyme A Carboxylase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
-分子 #1: Acetyl-CoA carboxylase
分子 | 名称: Acetyl-CoA carboxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
分子量 | 理論値: 87.732602 KDa |
配列 | 文字列: DYLQQKRFLA TSQGTTYVYD IPDMFRQMVE RRWRECIEEG SVDGPQPDNV MTLVELVVEP DGERRVVEVT RLPGQNNVGM VAWRLTLYT PECPDGRDIV LIANDLTYYM GSFGPQEDWV YFKASQYARE LKIPRIYISV NSGARIGVAE EVKSDFNVAW L DAERPERG ...文字列: DYLQQKRFLA TSQGTTYVYD IPDMFRQMVE RRWRECIEEG SVDGPQPDNV MTLVELVVEP DGERRVVEVT RLPGQNNVGM VAWRLTLYT PECPDGRDIV LIANDLTYYM GSFGPQEDWV YFKASQYARE LKIPRIYISV NSGARIGVAE EVKSDFNVAW L DAERPERG FKYLYLTPEV YSKLGALGSV KTELIEDEGE SRYRITDIIG KEDGLGVECL RDAGLIAGET AQAYEDIVTI SI VTCRAIG IGSYIVRLGH RVIQVESSYI ILTGYAALNK VLGRAVYASN NQLGGVQVMH HNGVSHAVAP SDLEAVRTAL RWL AFVPKD KLSTVPILRV SDPVDRPVEW KPPRAAHDPR LMLAGDAARA GFFDVGSFDE IMQPWAQTVI TGRARLGGIP VGVI AVETR TVELTQPADP ANLDSEAKTL QQAGQVWFPD SAYKTAQAIN DFSRENLPIM IFANWRGFSG GQKDMYEQIL KFGAE IVRA LRGATAPVLV YIPPGAELRG GAWAVVDPSV NSLRMEMYAD PEARGGVLEA EGIVEVKFKQ RDILKTMHRL DPELLR TGA RISELKEQIK EISKGLDRRG SVDESLIRTD AGRAAETRVR ELETELLAAE KTAKAREKEL SPIYHEIAVQ FAELHDT AE RMLEKGCIFE IIPWRDSRRL FYWRLKRLLR QNEQERRVQA AVKPADNMQQ GPAAATLRRW FTEDRGETQS HQWEHDNE A VCKWLEAQAG DDNSVLERNL RAIHQDALMQ AVNNLVLELT PSQRSEFIRK LSALEMEQ UniProtKB: Acetyl-CoA carboxylase isoform X5 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 63.0 K / 最高: 77.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6463 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 53.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 47.91 |
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得られたモデル | PDB-9cv6: |