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- EMDB-45891: TRiC-ADP-S4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45891
タイトルTRiC-ADP-S4
マップデータTRiC-ADP-S4
試料
  • 複合体: TRiC at ADP state 3
    • 複合体: gamma subunit
    • 複合体: other TRiC subunits
キーワードComplex / Chaperonin / ADP / CHAPERONE
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.5 Å
データ登録者Jin M / Cong Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFA0503503 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670754, 31872714, and 31861143028 中国
引用ジャーナル: QRB Discov / : 2025
タイトル: The conformational landscape of TRiC ring-opening and its underlying stepwise mechanism revealed by cryo-EM.
著者: Mingliang Jin / Yunxiang Zang / Huping Wang / Yao Cong /
要旨: The TRiC/CCT complex assists in the folding of approximately 10% of cytosolic proteins through an ATP-driven conformational cycle, playing a crucial role in maintaining protein homeostasis. Despite ...The TRiC/CCT complex assists in the folding of approximately 10% of cytosolic proteins through an ATP-driven conformational cycle, playing a crucial role in maintaining protein homeostasis. Despite our understanding of ATP-driven TRiC ring closing and substrate folding, the process and mechanisms underlying TRiC ring-opening and substrate release remain largely unexplored. In this study, by determining an ensemble of cryo-EM structures of yeast TRiC in the presence of ADP, including three intermediate transition states, we present a comprehensive picture of the TRiC ring-opening process. During this process, CCT3 detects the loss of γ-phosphate and initiates with the dynamics of its apical protrusion, and expands to the outward leaning of the consecutive CCT6/8/7/5 subunits. This is followed by significant movements of CCT2, CCT4, and especially CCT1 subunits, resulting in the opening of the TRiC rings. We also observed an unforeseen temporary separation between the two rings in the CCT2 side, coordinating the release of the originally locked CCT4 N-terminus, which potentially participates in the ring-opening process. Collectively, our study reveals a stepwise TRiC ring-opening mechanism, provides a comprehensive view of the TRiC conformational landscape, and sheds lights on its subunit specificity in sensing nucleotide status and substrate release. Our findings deepen our understanding of protein folding assisted by TRiC and may inspire new strategies for the diagnosis and treatment of related diseases.
履歴
登録2024年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45891.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TRiC-ADP-S4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.318 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.003
最小 - 最大-0.00048980874 - 0.017514605
平均 (標準偏差)0.0003553298 (±0.0016832164)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.408 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TRiC at ADP state 3

全体名称: TRiC at ADP state 3
要素
  • 複合体: TRiC at ADP state 3
    • 複合体: gamma subunit
    • 複合体: other TRiC subunits

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超分子 #1: TRiC at ADP state 3

超分子名称: TRiC at ADP state 3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: gamma subunit

超分子名称: gamma subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / : S288C

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超分子 #3: other TRiC subunits

超分子名称: other TRiC subunits / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / : S288C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3035
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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