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万見
- EMDB-45834: KZ52 Fab fragment bound to Ebola GP, subtomogram average from a c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45834
タイトルKZ52 Fab fragment bound to Ebola GP, subtomogram average from a cylinder mask
マップデータlocres map
試料Ebola virus != Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976)

Ebola virus

  • ウイルス: Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) (エボラウイルス)
キーワードEbola virus-like particles / Human Antibody KZ52 Fab Against Ebola Virus / VIRUS LIKE PARTICLE
生物種Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) (エボラウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.7 Å
データ登録者Ke Z / Saphire EO / Briggs JAG
資金援助 英国, European Union, ドイツ, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
European Research Council (ERC)ERC-CoG-648432 MEMBRANEFUSIONEuropean Union
Max Planck Society ドイツ
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142790 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Anti-Ebola virus mAb 3A6 protects highly viremic animals from fatal outcome via binding GP in a position elevated from the virion membrane.
著者: Kathryn M Hastie / Zhe Li Salie / Zunlong Ke / Peter J Halfmann / Lisa Evans DeWald / Sara McArdle / Ariadna Grinyó / Edgar Davidson / Sharon L Schendel / Chitra Hariharan / Michael J Norris ...著者: Kathryn M Hastie / Zhe Li Salie / Zunlong Ke / Peter J Halfmann / Lisa Evans DeWald / Sara McArdle / Ariadna Grinyó / Edgar Davidson / Sharon L Schendel / Chitra Hariharan / Michael J Norris / Xiaoying Yu / Chakravarthy Chennareddy / Xiaoli Xiong / Megan Heinrich / Michael R Holbrook / Benjamin Doranz / Ian Crozier / Yoshihiro Kawaoka / Luis M Branco / Jens H Kuhn / John A G Briggs / Gabriella Worwa / Carl W Davis / Rafi Ahmed / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Monoclonal antibodies (mAbs) against Ebola virus (EBOV) glycoprotein (GP) are the standard of care for Ebola virus disease (EVD). Anti-GP mAbs targeting the stalk and membrane proximal external ...Monoclonal antibodies (mAbs) against Ebola virus (EBOV) glycoprotein (GP) are the standard of care for Ebola virus disease (EVD). Anti-GP mAbs targeting the stalk and membrane proximal external region (MPER) potently neutralize EBOV in vitro and are protective in a mouse model of EVD. However, their neutralization mechanism is poorly understood because they target a GP epitope that has evaded structural characterization. Using X-ray crystallography and cryo-electron tomography of mAb 3A6 complexed with its stalk-MPER epitope, we reveal a previously undescribed mechanism in which 3A6 binds to a conformation of GP that is lifted from the virion membrane. We further show that in both domestic guinea pig and rhesus monkey EVD models, 3A6 provides therapeutic benefit at high-viremia advanced disease stages and at the lowest dose yet demonstrated for any anti-EBOV mAb-based monotherapy. The findings reported here can guide design of next-generation highly potent anti-EBOV therapeutics and vaccines.
履歴
登録2024年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45834.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45834.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈locres map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.77 Å/pix.
x 128 pix.
= 354.816 Å		2.77 Å/pix.
x 128 pix.
= 354.816 Å		2.77 Å/pix.
x 128 pix.
= 354.816 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.772 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-4.8783126 - 9.696459000000001
平均 (標準偏差)0.0061186515 (±0.9037787)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 354.816 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45834_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half2 map

ファイルemd_45834_half_map_1.map
注釈half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half1 map

ファイルemd_45834_half_map_2.map
注釈half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ebola virus

全体名称: Ebola virus (エボラウイルス)
要素
  • ウイルス: Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) (エボラウイルス)

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超分子 #1: Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976)

超分子名称: Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: KZ52 antibody fragment bound to Ebola virus-like particles which contain GP and VP40
NCBI-ID: 129000 / 生物種: Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: relion tomo / 使用したサブトモグラム数: 13520
抽出トモグラム数: 18 / 使用した粒子像数: 130000
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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