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タイトルAnti-Ebola virus mAb 3A6 protects highly viremic animals from fatal outcome via binding GP in a position elevated from the virion membrane.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 1293, Year 2025
掲載日2025年2月3日
著者Kathryn M Hastie / Zhe Li Salie / Zunlong Ke / Peter J Halfmann / Lisa Evans DeWald / Sara McArdle / Ariadna Grinyó / Edgar Davidson / Sharon L Schendel / Chitra Hariharan / Michael J Norris / Xiaoying Yu / Chakravarthy Chennareddy / Xiaoli Xiong / Megan Heinrich / Michael R Holbrook / Benjamin Doranz / Ian Crozier / Yoshihiro Kawaoka / Luis M Branco / Jens H Kuhn / John A G Briggs / Gabriella Worwa / Carl W Davis / Rafi Ahmed / Erica Ollmann Saphire /
PubMed 要旨Monoclonal antibodies (mAbs) against Ebola virus (EBOV) glycoprotein (GP) are the standard of care for Ebola virus disease (EVD). Anti-GP mAbs targeting the stalk and membrane proximal external ...Monoclonal antibodies (mAbs) against Ebola virus (EBOV) glycoprotein (GP) are the standard of care for Ebola virus disease (EVD). Anti-GP mAbs targeting the stalk and membrane proximal external region (MPER) potently neutralize EBOV in vitro and are protective in a mouse model of EVD. However, their neutralization mechanism is poorly understood because they target a GP epitope that has evaded structural characterization. Using X-ray crystallography and cryo-electron tomography of mAb 3A6 complexed with its stalk-MPER epitope, we reveal a previously undescribed mechanism in which 3A6 binds to a conformation of GP that is lifted from the virion membrane. We further show that in both domestic guinea pig and rhesus monkey EVD models, 3A6 provides therapeutic benefit at high-viremia advanced disease stages and at the lowest dose yet demonstrated for any anti-EBOV mAb-based monotherapy. The findings reported here can guide design of next-generation highly potent anti-EBOV therapeutics and vaccines.
リンクNat Commun / PubMed:39900911 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度7.4 - 17.7 Å
構造データ

EMDB-45833: KZ52 Fab fragment bound to Ebola GP, subtomogram average from a tight mask
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.9 Å

EMDB-45834: KZ52 Fab fragment bound to Ebola GP, subtomogram average from a cylinder mask
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.7 Å

EMDB-45835: 3A6 Fab fragment bound to Ebola GP, subtomogram average from a cylinder mask
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.7 Å

EMDB-45836: 3A6 and KZ52 Fab fragments bound to Ebola GP, subtomogram average from a tight mask
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.4 Å

EMDB-45837: 3A6 and KZ52 Fab fragments bound to Ebola GP, subtomogram average from a cylinder mask
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.3 Å

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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