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- EMDB-45832: CryoEM Structure of the C-terminally truncated form of human NAD ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45832
タイトルCryoEM Structure of the C-terminally truncated form of human NAD Kinase
マップデータ
試料
  • 複合体: human NAD Kinase
    • タンパク質・ペプチド: NAD kinase
キーワードcatalyzes the reaction of ATP + NAD+ = ADP + H+ + NADP+ / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP+ biosynthetic process / Nicotinate metabolism / NAD+ metabolic process / phosphorylation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / ATP metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Li Y / Chen Z / Mary C / Labesse G / Hoxhaj G
資金援助 米国, フランス, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01GM143236 米国
Welch FoundationI-2067-20210327 米国
Welch FoundationI-2067-20240404 米国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE18-0025 フランス
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM)EQU202303016265 フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure and regulation of human NAD kinase.
著者: Prakash P Praharaj / Yang Li / Charline Mary / Mona H Soflaee / Kevin Ryu / Dohun Kim / Diem H Tran / Trishna Dey / Harrison J Tom / Halie Rion / Muriel Gelin / Andrew Lemoff / Lauren G ...著者: Prakash P Praharaj / Yang Li / Charline Mary / Mona H Soflaee / Kevin Ryu / Dohun Kim / Diem H Tran / Trishna Dey / Harrison J Tom / Halie Rion / Muriel Gelin / Andrew Lemoff / Lauren G Zacharias / João S Patricio / Thomas P Mathews / Zhe Chen / Corinne Lionne / Gerta Hoxhaj / Gilles Labesse /
要旨: Reduced nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) is a crucial reducing cofactor for reductive biosynthesis and protection from oxidative stress. To fulfill their heightened anabolic and ...Reduced nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) is a crucial reducing cofactor for reductive biosynthesis and protection from oxidative stress. To fulfill their heightened anabolic and reductive power demands, cancer cells must boost their NADPH production. Progrowth and mitogenic protein kinases promote the activity of cytosolic NAD kinase (NADK), which produces NADP, a limiting NADPH precursor. However, the molecular architecture and mechanistic regulation of human NADK remain undescribed. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of human NADK, both in its apo-form and in complex with its substrate NAD (nicotinamide adenine dinucleotide), revealing a tetrameric organization with distinct structural features. We discover that the amino (N)- and carboxyl (C)-terminal tails of NADK have opposing effects on its enzymatic activity and cellular NADP(H) levels. Specifically, the C-terminal region is critical for NADK activity, whereas the N-terminal region exhibits an inhibitory role. This study highlights molecular insights into the regulation of a vital enzyme governing NADP(H) production.
履歴
登録2024年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月8日-
マップ公開2025年1月8日-
更新2025年2月12日-
現状2025年2月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45832.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45832.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 250.2 Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 250.2 Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 250.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0425 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0017129153 - 1.9710345
平均 (標準偏差)0.0011375262 (±0.024220275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 250.20001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45832_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45832_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human NAD Kinase

全体名称: human NAD Kinase
要素
  • 複合体: human NAD Kinase
    • タンパク質・ペプチド: NAD kinase

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超分子 #1: human NAD Kinase

超分子名称: human NAD Kinase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Tetramer of c-terminally truncated form of human NAD Kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49 kDa/nm

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分子 #1: NAD kinase

分子名称: NAD kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NAD+ kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.06991 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MPSPVTTFGP KATVETQDPA SVRLTWNKSP KSVLVIKKMR DASLLQPFKE LCTHLMEENM IVYVEKKVLE DPAIASDESF GAVKKKFTT FREDYDDISN QIDFIICLGG DGTLLYASSL FQGSVPPVMA FHLGSLGFLT PFSFENFQSQ VTQVIEGNAA V VLRSRLKV ...文字列:
MPSPVTTFGP KATVETQDPA SVRLTWNKSP KSVLVIKKMR DASLLQPFKE LCTHLMEENM IVYVEKKVLE DPAIASDESF GAVKKKFTT FREDYDDISN QIDFIICLGG DGTLLYASSL FQGSVPPVMA FHLGSLGFLT PFSFENFQSQ VTQVIEGNAA V VLRSRLKV RVVKELRGKK TAVHNGLGEN GSQAAGLDMD VGKQAMQYQV LNEVVIDRGP SSYLSNVDVY LDGHLITTVQ GD GVIVSTP TGSTAYAAAA GASMIHPNVP AIMITPICPH SLSFRPIVVP AGVELKIMLS PEARNTAWVS FDGRKRQEIR HGD SISITT STYPLPSICV RDPVSDWFES LAQCLHWNVR KKQAHFELGL EHHHHHH

UniProtKB: NAD kinase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 構成要素:
濃度名称
50.0 mMTRIS
50.0 mMNaCl
2.0 mMDTT
/ 詳細: 50 mM Tris (pH 7.8), 50 mM NaCl, and 2 mM DTT.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Purified by FPLC. Monodispersed.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 6732 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4587353 / 詳細: template based picking using a low resolution map
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

45831

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 316309
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9cr4:
CryoEM Structure of the C-terminally truncated form of human NAD Kinase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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