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- EMDB-45777: Structure of the full-length Measles virus Fusion protein E170G E... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45777
タイトルStructure of the full-length Measles virus Fusion protein E170G E455G in the pre-fusion conformation in nanodisc
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: Structure of the full-length Measles virus Fusion protein E170G E455G in the pre-fusion conformation in nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F2
  • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F1
  • リガンド: water
キーワードVIRAL PROTEIN / glycoprotein / immune system / measles / high-resolution / ectodomain / pre-fusion
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Measles morbillivirus (ウイルス) / Measles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Zyla D / Saphire EO
資金援助 スイス, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationP2EZP3_195680 スイス
Swiss National Science FoundationP500PB_210992 スイス
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS105699 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS091263 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI176833 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Full-length soluble measles fusion glycoprotein as a new subunit vaccine strategy
著者: Zyla D / Saphire EO
履歴
登録2024年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45777.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45777.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.99 Å/pix.
x 400 pix.
= 396. Å		0.99 Å/pix.
x 400 pix.
= 396. Å		0.99 Å/pix.
x 400 pix.
= 396. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.99 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.713
最小 - 最大-2.0970118 - 3.6078901
平均 (標準偏差)-0.00014063985 (±0.08008963)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 396.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45777_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_45777_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half 2

ファイルemd_45777_half_map_1.map
注釈half 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half 1

ファイルemd_45777_half_map_2.map
注釈half 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of the full-length Measles virus Fusion protein E170G E...

全体名称: Structure of the full-length Measles virus Fusion protein E170G E455G in the pre-fusion conformation in nanodisc
要素
  • 複合体: Structure of the full-length Measles virus Fusion protein E170G E455G in the pre-fusion conformation in nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F2
  • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F1
  • リガンド: water

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超分子 #1: Structure of the full-length Measles virus Fusion protein E170G E...

超分子名称: Structure of the full-length Measles virus Fusion protein E170G E455G in the pre-fusion conformation in nanodisc
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Measles morbillivirus (ウイルス) / 株: Ichinose-B95a
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Fusion glycoprotein F2

分子名称: Fusion glycoprotein F2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Measles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス)
分子量理論値: 12.498768 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MGLKVNVSAI FMAVLLTLQT PTGQIHWGNL SKIGVVGIGS ASYKVMTRSS HQSLVIKLMP NITLLNNCTR VEIAEYRRLL RTVLEPIRD ALNAMTQNIR PVQSVASSRR HKR

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #2: Fusion glycoprotein F1

分子名称: Fusion glycoprotein F1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Measles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス)
分子量理論値: 50.19732 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FAGVVLAGAA LGVATAAQIT AGIALHQSML NSQAIDNLRA SLETTNQAIE AIRQAGQGMI LAVQGVQDYI NNELIPSMNQ LSCDLIGQK LGLKLLRYYT EILSLFGPSL RDPISAEISI QALSYALGGD INKVLEKLGY SGGDLLGILE SRGIKARITH V DTESYFIV ...文字列:
FAGVVLAGAA LGVATAAQIT AGIALHQSML NSQAIDNLRA SLETTNQAIE AIRQAGQGMI LAVQGVQDYI NNELIPSMNQ LSCDLIGQK LGLKLLRYYT EILSLFGPSL RDPISAEISI QALSYALGGD INKVLEKLGY SGGDLLGILE SRGIKARITH V DTESYFIV LSIAYPTLSE IKGVIVHRLE GVSYNIGSQE WYTTVPKYVA TQGYLISNFD ESSCTFMPEG TVCSQNALYP MS PLLQECL RGSTKSCART LVSGSFGNRF ILSQGNLIAN CASILCKCYT TGTIINQDPD KILTYIAADH CPVVEVNGVT IQV GSRRYP DAVYLHRIDL GPPISLGRLD VGTNLGNAIA KLEDAKELLE SSDQILRSMK GLSSTSIVYI LIAVCLGGLI GIPA LICCC RGRCNKKGEQ VGMSRPGLKP DLTGTSKSYV RSLGGGSGGW SHPQFEKGGG SGGGSGGGSW SHPQFEK

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 199 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: HEPES 50 mM, pH 8.0, NaCl 150 mM
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 9123 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 270000
CTF補正ソフトウェア: (名称: cryoSPARC, CTFFIND) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3) / 使用した粒子像数: 116000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア: (名称: cryoSPARC, RELION)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8uup


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9coe:
Structure of the full-length Measles virus Fusion protein E170G E455G in the pre-fusion conformation in nanodisc

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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