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- EMDB-45654: Complex of M. smegmatis Dop with M. tuberculosis CoaX and Pup91 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45654
タイトルComplex of M. smegmatis Dop with M. tuberculosis CoaX and Pup91 (Composite Map)
マップデータComposite map (sharpened)
試料
  • 複合体: Complex of M. smegmatis Dop with M. tuberculosis CoaX and Pup91
    • タンパク質・ペプチド: Type III pantothenate kinase
    • タンパク質・ペプチド: Pup deamidase/depupylase
    • タンパク質・ペプチド: Pup
  • リガンド: water
キーワードPantothenate Kinase Isoform / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Pup amidohydrolase / protein pupylation / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / coenzyme A biosynthetic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / proteasomal protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / peptidase activity ...Pup amidohydrolase / protein pupylation / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / coenzyme A biosynthetic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / proteasomal protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / peptidase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pup deamidase / Pup ligase/deamidase / Pup-ligase protein / Type III pantothenate kinase / Type III pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Type III pantothenate kinase / Pup deamidase/depupylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Chen J / Yoo JH / Ekiert DC / Bhabha G
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA016087 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI174646 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Identification of a depupylation regulator for an essential enzyme in .
著者: Shoshanna C Kahne / Jin Hee Yoo / James Chen / Kehilwe Nakedi / Lakshminarayan M Iyer / Gregory Putzel / Nora M Samhadaneh / Alejandro Pironti / L Aravind / Damian C Ekiert / Gira Bhabha / ...著者: Shoshanna C Kahne / Jin Hee Yoo / James Chen / Kehilwe Nakedi / Lakshminarayan M Iyer / Gregory Putzel / Nora M Samhadaneh / Alejandro Pironti / L Aravind / Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Kyu Y Rhee / K Heran Darwin /
要旨: In , proteins that are posttranslationally modified with a prokaryotic ubiquitin-like protein (Pup) can be degraded by bacterial proteasomes. A single Pup-ligase and depupylase shape the pupylome, ...In , proteins that are posttranslationally modified with a prokaryotic ubiquitin-like protein (Pup) can be degraded by bacterial proteasomes. A single Pup-ligase and depupylase shape the pupylome, but the mechanisms regulating their substrate specificity are incompletely understood. Here, we identified a depupylation regulator, a protein called CoaX, through its copurification with the depupylase Dop. CoaX is a pseudopantothenate kinase that showed evidence of binding to pantothenate, an essential nutrient synthesizes, but not its phosphorylation. In a ∆ mutant, pantothenate synthesis enzymes including PanB, a substrate of the Pup-proteasome system (PPS), were more abundant than in the parental strain. In vitro, CoaX specifically accelerated depupylation of Pup~PanB, while addition of pantothenate inhibited this reaction. In culture, media supplementation with pantothenate decreased PanB levels, which required CoaX. Collectively, we propose CoaX regulates PanB abundance in response to pantothenate levels by modulating its vulnerability to proteolysis by proteasomes.
履歴
登録2024年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45654.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45654.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map (sharpened)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0
最小 - 最大-27.590498 - 47.473689999999998
平均 (標準偏差)0.0025280416 (±1.0304433)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 297.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Composite map (halfB)

ファイルemd_45654_half_map_1.map
注釈Composite map (halfB)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Composite map (halfA)

ファイルemd_45654_half_map_2.map
注釈Composite map (halfA)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of M. smegmatis Dop with M. tuberculosis CoaX and Pup91

全体名称: Complex of M. smegmatis Dop with M. tuberculosis CoaX and Pup91
要素
  • 複合体: Complex of M. smegmatis Dop with M. tuberculosis CoaX and Pup91
    • タンパク質・ペプチド: Type III pantothenate kinase
    • タンパク質・ペプチド: Pup deamidase/depupylase
    • タンパク質・ペプチド: Pup
  • リガンド: water

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超分子 #1: Complex of M. smegmatis Dop with M. tuberculosis CoaX and Pup91

超分子名称: Complex of M. smegmatis Dop with M. tuberculosis CoaX and Pup91
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: Type III pantothenate kinase

分子名称: Type III pantothenate kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: pantothenate kinase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 29.341678 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLLAIDVRNT HTVVGLLSGM KEHAKVVQQW RIRTESEVTA DELALTIDGL IGEDSERLTG TAALSTVPSV LHEVRIMLDQ YWPSVPHVL IEPGVRTGIP LLVDNPKEVG ADRIVNCLAA YDRFRKAAIV VDFGSSICVD VVSAKGEFLG GAIAPGVQVS S DAAAARSA ...文字列:
MLLAIDVRNT HTVVGLLSGM KEHAKVVQQW RIRTESEVTA DELALTIDGL IGEDSERLTG TAALSTVPSV LHEVRIMLDQ YWPSVPHVL IEPGVRTGIP LLVDNPKEVG ADRIVNCLAA YDRFRKAAIV VDFGSSICVD VVSAKGEFLG GAIAPGVQVS S DAAAARSA ALRRVELARP RSVVGKNTVE CMQAGAVFGF AGLVDGLVGR IREDVSGFSV DHDVAIVATG HTAPLLLPEL HT VDHYDQH LTLQGLRLVF ERNLEVQRGR LKTAR

UniProtKB: Type III pantothenate kinase

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分子 #2: Pup deamidase/depupylase

分子名称: Pup deamidase/depupylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 54.638484 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQRIIGTEVE YGISSPSDPT ANPILTSTQA VLAYAAAAGI QRAKRTRWDY EVESPLRDAR GFDLSRSSGP PPIVDADEVG AANMILTNG ARLYVDHAHP EYSAPECTDP MDAVIWDKAG ERVMEAAARH VASVPGAAKL QLYKNNVDGK GASYGSHENY L MSRQTPFS ...文字列:
MQRIIGTEVE YGISSPSDPT ANPILTSTQA VLAYAAAAGI QRAKRTRWDY EVESPLRDAR GFDLSRSSGP PPIVDADEVG AANMILTNG ARLYVDHAHP EYSAPECTDP MDAVIWDKAG ERVMEAAARH VASVPGAAKL QLYKNNVDGK GASYGSHENY L MSRQTPFS AVIAGLTPFM VSRQVVTGSG RVGIGPSGDE PGFQLSQRAD YIEVEVGLET TLKRGIINTR DEPHADADKY RR LHVIIGD ANLAETSTYL KLGTTSLVLD LIEEGVDLSD LALARPVHAV HVISRDPSLR ATVALADGRE LTALALQRIY LDR VAKLVD SRDPDPRASH VIETWANVLD LLERDPMECA EILDWPAKLR LLEGFRQREN LTWQAPRLHL VDLQYSDVRL DKGL YNRLV ARGSMKRLVT EQQVLDAVEN PPTDTRAYFR GECLRRFGAD IAAASWDSVI FDLGGDSLVR IPTLEPLRGS KAHVG ALLD SVDSAVELVE QLTN

UniProtKB: Pup deamidase/depupylase

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分子 #3: Pup

分子名称: Pup / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: N-terminal TwinStrep tagged Pup91 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 7.465967 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKG SACELKLTEE TDDLLDEIDD VLEENAEDFV RAYVQKGGQ

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 130 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNH2C(CH2OH)3tris(hydroxymethyl)aminomethane
150.0 mMNaClSodium Chloride
1.0 mMHSCH2CH(OH)CH(OH)CH2SH1,4-dithiothreitol
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11015 / 平均露光時間: 1.8 sec. / 平均電子線量: 48.87 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 8793538
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Generated using Ab initio Reconstruction in cryoSPARC v4.5.1
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1) / 使用した粒子像数: 2336294
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9cku:
Complex of M. smegmatis Dop with M. tuberculosis CoaX and Pup91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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