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- EMDB-45623: MicroED structure of the C11 cysteine protease clostripain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45623
タイトルMicroED structure of the C11 cysteine protease clostripain
マップデータ
試料
  • 複合体: Clostripain
    • タンパク質・ペプチド: Clostripain
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water
キーワードHydrolase / protease / thiol protease
機能・相同性clostripain / Peptidase C11, Clostripain Clostridium species / Peptidase C11, clostripain / Clostripain family / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / Clostripain
機能・相同性情報
生物種Hathewaya histolytica (バクテリア)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ruma YN / Bu G / Hattne J / Gonen T
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM136508 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2024
タイトル: MicroED structure of the C11 cysteine protease clostripain.
著者: Yasmeen N Ruma / Guanhong Bu / Johan Hattne / Tamir Gonen /
要旨: Clostripain secreted from is the founding member of the C11 family of Clan CD cysteine peptidases, which is an important group of peptidases secreted by numerous bacteria. Clostripain is an arginine- ...Clostripain secreted from is the founding member of the C11 family of Clan CD cysteine peptidases, which is an important group of peptidases secreted by numerous bacteria. Clostripain is an arginine-specific endopeptidase. Because of its efficacy as a cysteine peptidase, it is widely used in laboratory settings. Despite its importance the structure of clostripain remains unsolved. Here we describe the first structure of an active form of clostripain determined at 2.5 Å resolution using microcrystal electron diffraction (MicroED). The structure was determined from a single nanocrystal after focused ion beam milling. The structure of clostripain shows a typical Clan CD α/β/α sandwich architecture and the Cys231/His176 catalytic dyad in the active site. It has a large electronegative substrate binding pocket showing its ability to accommodate large and diverse substrates. A loop in the heavy chain formed between residues 452 and 457 is potentially important for substrate binding. In conclusion, this result demonstrates the importance of MicroED to determine the unknown structure of macromolecules such as clostripain, which can be further used as a platform to study substrate binding and design of potential inhibitors against this class of peptidases.
履歴
登録2024年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2024年8月14日-
現状2024年8月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45623.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45623.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.05 Å/pix.
x 60 pix.
= 423. Å		7.05 Å/pix.
x 60 pix.
= 423. Å		7.05 Å/pix.
x 60 pix.
= 423. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報0.82240.82870.8293
CCP4マップ ヘッダ情報7.057.057.05
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.084372
最小 - 最大-0.32034755 - 0.5818138
平均 (標準偏差)-0.000884336 (±0.092564344)
対称性空間群: 18
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-37-58-10
サイズ11512790
Spacing80128180
セルA: 65.792 Å / B: 106.0736 Å / C: 149.274 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Clostripain

全体名称: Clostripain
要素
  • 複合体: Clostripain
    • タンパク質・ペプチド: Clostripain
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Clostripain

超分子名称: Clostripain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Hathewaya histolytica (バクテリア)
分子量理論値: 59 KDa

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分子 #1: Clostripain

分子名称: Clostripain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hathewaya histolytica (バクテリア)
分子量理論値: 59.805293 KDa
配列文字列: MLRRKVSTLL MTALITTSFL NSKPVYANPV TKSKDNNLKE VQQVTSKSNK NKNQKVTIMY YCDADNNLEG SLLNDIEEMK TGYKDSPNL NLIALVDRSP RYSSDEKVLG EDFSDTRLYK IEHNKANRLD GKNEFPEIST TSKYEANMGD PEVLKKFIDY C KSNYEADK ...文字列:
MLRRKVSTLL MTALITTSFL NSKPVYANPV TKSKDNNLKE VQQVTSKSNK NKNQKVTIMY YCDADNNLEG SLLNDIEEMK TGYKDSPNL NLIALVDRSP RYSSDEKVLG EDFSDTRLYK IEHNKANRLD GKNEFPEIST TSKYEANMGD PEVLKKFIDY C KSNYEADK YVLIMANHGG GAREKSNPRL NRAICWDDSN LDKNGEADCL YMGEISDHLT EKQSVDLLAF DACLMGTAEV AY QYRPGNG GFSADTLVAS SPVVWGPGFK YDKIFDRIKA GGGTNNEDDL TLGGKEQNFD PATITNEQLG ALFVEEQRDS THA NGRYDQ HLSFYDLKKA ESVKRAIDNL AVNLSNENKK SEIEKLRGSG IHTDLMHYFD EYSEGEWVEY PYFDVYDLCE KINK SENFS SKTKDLASNA MNKLNEMIVY SFGDPSNNFK EGKNGLSIFL PNGDKKYSTY YTSTKIPHWT MQSWYNSIDT VKYGL NPYG KLSWCKDGQD PEINKVGNWF ELLDSWFDKT NDVTGGVNHY QW

UniProtKB: Clostripain

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分子 #2: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 5.6
構成要素:
濃度式名称
0.2 MNH(4)CH(3)CO(2)Ammonium acetate
0.1 MSodium-citrate tribasic dihydrate
30.0 %PEG 4000
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP
結晶化温度: 293.0 K / 時間: 1.0 DAY

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 93.0 K / 最高: 93.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 252 / 回折像の数: 252 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 0.04 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / カメラ長: 2500 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN / 傾斜角度: -20.0, 70.0
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Molecular replacementソフトウェア - 名称: PHENIX (ver. 1.21.1_5287)
Merging software listソフトウェア - 名称: XSCALE (ver. Jun 30, 2023)
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 131476 / Number structure factors: 32113 / Fourier space coverage: 86.8 / R merge: 0.279 / Overall phase error: 34.49 / Overall phase residual: 0 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 2.5 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 2.5 Å / 殻 - Low resolution: 2.56 Å / 殻 - Number structure factors: 2318 / 殻 - Phase residual: 54.5 / 殻 - Fourier space coverage: 86.5 / 殻 - Multiplicity: 4.1

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

rr22


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 24.7
得られたモデル

PDB-9cip:
MicroED structure of the C11 cysteine protease clostripain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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