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万見
- EMDB-4562: Subtomogram average of T6SS membrane complex TssJLM -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4562
タイトルSubtomogram average of T6SS membrane complex TssJLM
マップデータ
試料
  • 複合体: Membrane complex of the type 6 secretion system
生物種Escherichia coli 042 (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Kooger R / Pilhofer M
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council スイス
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2019
タイトル: and high-resolution cryo-EM structure of a bacterial type VI secretion system membrane complex.
著者: Chiara Rapisarda / Yassine Cherrak / Romain Kooger / Victoria Schmidt / Riccardo Pellarin / Laureen Logger / Eric Cascales / Martin Pilhofer / Eric Durand / Rémi Fronzes /
要旨: Bacteria have evolved macromolecular machineries that secrete effectors and toxins to survive and thrive in diverse environments. The type VI secretion system (T6SS) is a contractile machine that is ...Bacteria have evolved macromolecular machineries that secrete effectors and toxins to survive and thrive in diverse environments. The type VI secretion system (T6SS) is a contractile machine that is related to phages. It is composed of a phage tail-like structure inserted in the bacterial cell envelope by a membrane complex (MC) comprising the TssJ, TssL and TssM proteins. We previously reported the low-resolution negative-stain electron microscopy structure of the enteroaggregative MC and proposed a rotational 5-fold symmetry with a TssJ:TssL:TssM stoichiometry of 2:2:2. Here, cryo-electron tomography analyses of the T6SS MC confirm the 5-fold symmetry and identify the regions of the structure that insert into the bacterial membranes. A high-resolution model obtained by single-particle cryo-electron microscopy highlights new features: five additional copies of TssJ, yielding a TssJ:TssL:TssM stoichiometry of 3:2:2, an 11-residue loop in TssM, protruding inside the lumen of the MC and constituting a functionally important periplasmic gate, and hinge regions. Based on these data, we propose an updated model on MC structure and dynamics during T6SS assembly and function.
履歴
登録2019年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月27日-
マップ公開2019年3月27日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 120.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 120.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4562.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4562.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 530.3 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.898 Å
密度
表面レベル登録者による: 113 / ムービー #1: 120.7
最小 - 最大106.609985 - 138.41
平均 (標準偏差)118.703415 (±2.408645)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ704444
Spacing447044
セルA: 303.512 Å / B: 482.86 Å / C: 303.512 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.8986.8986.898
M x/y/z447044
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z303.512482.860303.512
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ434333
NX/NY/NZ116118137
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS447044
D min/max/mean106.610138.410118.703

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Membrane complex of the type 6 secretion system

全体名称: Membrane complex of the type 6 secretion system
要素
  • 複合体: Membrane complex of the type 6 secretion system

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超分子 #1: Membrane complex of the type 6 secretion system

超分子名称: Membrane complex of the type 6 secretion system / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli 042 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量実験値: 1.7 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 1.3 e/Å2
詳細: STA from various tomograms taken with slightly different electron dose and frame
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 23500
抽出トモグラム数: 16 / 使用した粒子像数: 28463 / 参照モデル: one single particle
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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