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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-45614 | |||||||||
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タイトル | T cell receptor complex | |||||||||
マップデータ | Main B-factor sharpened overall map | |||||||||
試料 |
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キーワード | T cell receptor T cell immunity / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / gamma-delta T cell activation / Fc-gamma receptor signaling pathway / negative thymic T cell selection ...regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / gamma-delta T cell activation / Fc-gamma receptor signaling pathway / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of protein localization to cell surface / positive thymic T cell selection / signal complex assembly / Nef and signal transduction / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / establishment or maintenance of cell polarity / smoothened signaling pathway / positive regulation of interleukin-4 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / dendrite development / small molecule binding / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / FCGR activation / PD-1 signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / T cell receptor binding / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of smoothened signaling pathway / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / cerebellum development / protein tyrosine kinase binding / apoptotic signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / calcium-mediated signaling / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / protein complex oligomerization / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / SH3 domain binding / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell junction / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor complex adaptor activity / Downstream TCR signaling / Clathrin-mediated endocytosis / T cell receptor signaling pathway / cell body / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / dendritic spine / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å | |||||||||
データ登録者 | Gully BS / Rossjohn J | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: T cell receptor complex 著者: Gully BS / Rossjohn J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_45614.map.gz | 398.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-45614-v30.xml emd-45614.xml | 33.5 KB 33.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_45614_fsc.xml | 15.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_45614.png | 43.3 KB | ||
マスクデータ | emd_45614_msk_1.map | 421.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-45614.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_45614_additional_1.map.gz emd_45614_additional_2.map.gz emd_45614_additional_3.map.gz emd_45614_additional_4.map.gz emd_45614_additional_5.map.gz emd_45614_half_map_1.map.gz emd_45614_half_map_2.map.gz | 398.2 MB 210.3 MB 211 MB 962.1 KB 353.2 MB 392.1 MB 392.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45614 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45614 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_45614_validation.pdf.gz | 932.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_45614_full_validation.pdf.gz | 932.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_45614_validation.xml.gz | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_45614_validation.cif.gz | 32.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45614 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45614 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9ci8MC 9ciaC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_45614.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Main B-factor sharpened overall map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_45614_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local B-factor sharpened refinement of the transmembrane region
ファイル | emd_45614_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Local B-factor sharpened refinement of the transmembrane region | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local non-sharpened refinement of the transmembrane region
ファイル | emd_45614_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Local non-sharpened refinement of the transmembrane region | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Non-sharpened overall map
ファイル | emd_45614_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Non-sharpened overall map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Ab initio reconstruction for the TCR extracellular domain
ファイル | emd_45614_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Ab initio reconstruction for the TCR extracellular domain | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: DeepEMhancer postprocessed main map
ファイル | emd_45614_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | DeepEMhancer postprocessed main map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map A for overall map
ファイル | emd_45614_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map A for overall map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map B for overall map
ファイル | emd_45614_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map B for overall map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : T cell receptor complex
全体 | 名称: T cell receptor complex |
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要素 |
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-超分子 #1: T cell receptor complex
超分子 | 名称: T cell receptor complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 200 KDa |
-分子 #1: UCHT1 Fab
分子 | 名称: UCHT1 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.614113 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: MDIQMTQTTS SLSASLGDRV TISCRASQDI RNYLNWYQQK PDGTVKLLIY YTSRLHSGVP SKFSGSGSGT DYSLTISNLE QEDIATYFC QQGNTLPWTF AGGTKLEI(UNK)(UNK) RADAAPTVSI FPPASEQLTS GGASVVCFLN NFYPKSINSK WKI DGSERQ ...文字列: MDIQMTQTTS SLSASLGDRV TISCRASQDI RNYLNWYQQK PDGTVKLLIY YTSRLHSGVP SKFSGSGSGT DYSLTISNLE QEDIATYFC QQGNTLPWTF AGGTKLEI(UNK)(UNK) RADAAPTVSI FPPASEQLTS GGASVVCFLN NFYPKSINSK WKI DGSERQ NGVLNSWTDQ DSKDSTYSMS STLTLTKNEY ERHNSYTCEA THK(UNK)(UNK)(UNK)SPIV KSFNRS |
-分子 #2: UCHT1 Fab chain 2
分子 | 名称: UCHT1 Fab chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.766975 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASMKI SCKASGYSFT GYTMNWVKQS HGKNLEWMGL INPYKGVSTY NQKFKDKATL TVDKSSSTAY MELLSLTSE DSAVYYCARS GYYGDSDWYF DVWGQGTTLT VFSAKTTPPS VYPLAPGS(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)MVTLG ...文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASMKI SCKASGYSFT GYTMNWVKQS HGKNLEWMGL INPYKGVSTY NQKFKDKATL TVDKSSSTAY MELLSLTSE DSAVYYCARS GYYGDSDWYF DVWGQGTTLT VFSAKTTPPS VYPLAPGS(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)MVTLG CLVKGYFPEP VTVTWNSGSL SSGVHTFPAV LKSDLYTLSS SVTV(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)VTCNVA HPASSTTVDK KIVPR |
-分子 #3: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
分子 | 名称: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 3.605425 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: LDPKLCYLLD GILFIYGVIL TALFLRVKFS R UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain |
-分子 #4: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
分子 | 名称: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.693529 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: FKIPIEELED RVFVNCNTSI TWVEGTVGTL LSDITRLDLG KRILDPRGIY RCNGTDIYKD KESTVQVHYR MCQSCVELDP ATVAGIIVT DVIATLLLAL GVFCFA UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain |
-分子 #5: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
分子 | 名称: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.111933 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: QTPYKVSISG TTVILTCPQY PGSEILWQHN DKNIGGDEDD KNIGSDEDHL SLKEFSELEQ SGYYVCYPRG SKPEDANFYL YLRARVCEN CMEMDVMSVA TIVIVDICIT GGLLLLVYYW SKNRK UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain |
-分子 #6: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
分子 | 名称: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.900892 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: SIKGNHLVKV YDYQEDGSVL LTCDAEAKNI TWFKDGKMIG FLTEDKKKWN LGSNAKDPRG MYQCKGSQNK SKPLQVYYRM CQNCIELNA ATISGFLFAE IVSIFVLAVG VYFIAG UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain |
-分子 #7: T cell receptor delta constant
分子 | 名称: T cell receptor delta constant / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 4.104061 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: HTEKVNMMSL TVLGLRMLFA KTVAVNFLLT AKLFFL UniProtKB: T cell receptor delta constant |
-分子 #8: T cell receptor gamma constant 1
分子 | 名称: T cell receptor gamma constant 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 4.403386 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: TLLLQLTNTS AYYMYLLLLL KSVVYFAIIT CCLLRRTA UniProtKB: T cell receptor gamma constant 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: Hepes buffer saline |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |