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- EMDB-45404: DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45404
タイトルDeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Nucleosome
マップデータDeltaArp8 INO80 in complex with S.c. 0/40 Nucleosome, nucleosome, fullmap
試料
  • 複合体: DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Nucleosome
    • 複合体: Histone proteins
      • 複合体: Histone proteins H2A, H2B, and H3
        • タンパク質・ペプチド: Histone H3
        • タンパク質・ペプチド: Histone H2A.1
        • タンパク質・ペプチド: Histone H2B.1
      • 複合体: Histone H4
        • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (227-MER)
      • DNA: DNA (227-MER)
キーワードChromatin Remodeler / nucleosome / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones ...sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones / replication fork protection complex / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Oxidative Stress Induced Senescence / RMTs methylate histone arginines / postreplication repair / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / intracellular copper ion homeostasis / Ub-specific processing proteases / CENP-A containing nucleosome / aerobic respiration / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / chromatin organization / protein heterodimerization activity / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A ...: / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B.1 / Histone H2A.1 / Histone H3 / Histone H4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å
データ登録者Wu H / Kaur U / Narlikar GJ / Cheng YF
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Autoinhibition imposed by a large conformational switch of INO80 regulates nucleosome positioning
著者: Kaur U / Wu H / Cheng Y / Narlikar GJ
履歴
登録2024年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45404.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45404.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeltaArp8 INO80 in complex with S.c. 0/40 Nucleosome, nucleosome, fullmap
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 448 pix.
= 366.867 Å		0.82 Å/pix.
x 448 pix.
= 366.867 Å		0.82 Å/pix.
x 448 pix.
= 366.867 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8189 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0033
最小 - 最大-0.01379761 - 0.027472248
平均 (標準偏差)0.00005359474 (±0.0008014287)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 366.8672 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: DeltaArp8 INO80 in complex with S.c. 0/40 Nucleosome,...

ファイルemd_45404_additional_1.map
注釈DeltaArp8 INO80 in complex with S.c. 0/40 Nucleosome, INO80 Core Module
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: DeltaArp8 INO80 in complex with S.c. 0/40 Nucleosome,...

ファイルemd_45404_half_map_1.map
注釈DeltaArp8 INO80 in complex with S.c. 0/40 Nucleosome, nucleosome, halfmap
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: DeltaArp8 INO80 in complex with S.c. 0/40 Nucleosome,...

ファイルemd_45404_half_map_2.map
注釈DeltaArp8 INO80 in complex with S.c. 0/40 Nucleosome, nucleosome, halfmap
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Nucleosome

全体名称: DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Nucleosome
要素
  • 複合体: DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Nucleosome
    • 複合体: Histone proteins
      • 複合体: Histone proteins H2A, H2B, and H3
        • タンパク質・ペプチド: Histone H3
        • タンパク質・ペプチド: Histone H2A.1
        • タンパク質・ペプチド: Histone H2B.1
      • 複合体: Histone H4
        • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (227-MER)
      • DNA: DNA (227-MER)

+
超分子 #1: DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Nucleosome

超分子名称: DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: Histone proteins

超分子名称: Histone proteins / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4

+
超分子 #3: Histone proteins H2A, H2B, and H3

超分子名称: Histone proteins H2A, H2B, and H3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #1, #3-#4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #4: Histone H4

超分子名称: Histone H4 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

+
超分子 #5: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物) / Synthetically produced: Yes

+
分子 #1: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 15.391007 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LASKAARKSA PSTGGVKKPH RYKPGTVALR EIRRFQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA IGALQESVEA YLVSLFEDTN LAAIHAKRVT IQKKDIKLAR RLRGERS

UniProtKB: Histone H3

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A.1

分子名称: Histone H2A.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.013177 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGGKGGKAG SAAKASQSRS AKAGLTFPVG RVHRLLRRGN YAQRIGSGAP VYLTAVLEYL AAEILELAGN AARDNKKTRI IPRHLQLAI RNDDELNKLL GNVTIAQGGV LPNIHQNLLP KKSAKATKAS QEL

UniProtKB: Histone H2A.1

+
分子 #4: Histone H2B.1

分子名称: Histone H2B.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.280362 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSAKAEKKPA SKAPAEKKPA AKKTSTSTDG KKRSKARKET YSSYIYKVLK QTHPDTGISQ KSMSILNSFV NDIFERIATE ASKLAAYNK KSTISAREIQ TAVRLILPGE LAKHAVSEGT RAVTKYSSST QA

UniProtKB: Histone H2B.1

+
分子 #5: DNA (227-MER)

分子名称: DNA (227-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 70.34775 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA) (DC) (DT)(DA)(DT)(DC)(DC) ...文字列:
(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA) (DC) (DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC) (DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC) (DA)(DA) (DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DG)(DC) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA) (DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)

+
分子 #6: DNA (227-MER)

分子名称: DNA (227-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 69.840398 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC) (DA)(DG) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG) (DT) (DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT) (DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) (DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 47.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 36091
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る