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- EMDB-45400: Cryo-EM structure of a human MCM2-7 double hexamer formed from in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45400
タイトルCryo-EM structure of a human MCM2-7 double hexamer formed from independently loaded MCM2-7 single hexamers
マップデータDeepEMhancer sharpened EM map
試料
  • 複合体: In vitro loaded, human MCM2-7 double hexamer on dsDNA (formed by dimerization of independently loaded MCM2-7 single hexamers)
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 4種
キーワードcomplex / helicase / replication / AAA+ ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / nuclear origin of replication recognition complex / alpha DNA polymerase:primase complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / mitotic DNA replication / regulation of phosphorylation / CMG complex / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication ...Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / nuclear origin of replication recognition complex / alpha DNA polymerase:primase complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / mitotic DNA replication / regulation of phosphorylation / CMG complex / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA replication origin binding / cochlea development / DNA replication initiation / Activation of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / cellular response to interleukin-4 / DNA helicase activity / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Assembly of the pre-replicative complex / helicase activity / cellular response to xenobiotic stimulus / Orc1 removal from chromatin / nucleosome assembly / single-stranded DNA binding / histone binding / DNA helicase / chromosome, telomeric region / DNA replication / cell population proliferation / cilium / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / DNA damage response / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor MCM7, winged helix / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM4, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / : / MCM3-like, winged helix domain ...DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor MCM7, winged helix / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM4, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / : / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication licensing factor MCM6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yang R / Hunker O / Bleichert F
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM141313 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008283 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1F31-CA278331-01 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)S10OD023603 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Multiple mechanisms for licensing human replication origins.
著者: Ran Yang / Olivia Hunker / Marleigh Wise / Franziska Bleichert /
要旨: Loading of replicative helicases is obligatory for the assembly of DNA replication machineries. The eukaryotic MCM2-7 replicative helicase motor is deposited onto DNA by the origin recognition ...Loading of replicative helicases is obligatory for the assembly of DNA replication machineries. The eukaryotic MCM2-7 replicative helicase motor is deposited onto DNA by the origin recognition complex (ORC) and co-loader proteins as a head-to-head double hexamer to license replication origins. Although extensively studied in budding yeast, the mechanisms of origin licensing in multicellular eukaryotes remain poorly defined. Here we use biochemical reconstitution and electron microscopy to reconstruct the human MCM loading pathway. We find that unlike in yeast, the ORC6 subunit of the ORC is not essential for-but enhances-human MCM loading. Electron microscopy analyses identify several intermediates en route to MCM double hexamer formation in the presence and absence of ORC6, including a DNA-loaded, closed-ring MCM single hexamer intermediate that can mature into a head-to-head double hexamer through multiple mechanisms. ORC6 and ORC3 facilitate the recruitment of the ORC to the dimerization interface of the first hexamer into MCM-ORC (MO) complexes that are distinct from the yeast MO complex and may orient the ORC for second MCM hexamer loading. Additionally, MCM double hexamer formation can proceed through dimerization of independently loaded MCM single hexamers, promoted by a propensity of human MCM2-7 hexamers to self-dimerize. This flexibility in human MCM loading may provide resilience against cellular replication stress, and the reconstitution system will enable studies addressing outstanding questions regarding DNA replication initiation and replication-coupled events in the future.
履歴
登録2024年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年12月25日-
現状2024年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45400.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45400.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer sharpened EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 500 pix.
= 434. Å		0.87 Å/pix.
x 500 pix.
= 434. Å		0.87 Å/pix.
x 500 pix.
= 434. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.868 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.019387186 - 2.5334327
平均 (標準偏差)0.0019645465 (±0.031437505)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 434.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened EM map

ファイルemd_45400_additional_1.map
注釈Sharpened EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened EM map

ファイルemd_45400_additional_2.map
注釈Unsharpened EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half EM map

ファイルemd_45400_half_map_1.map
注釈Half EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half EM map

ファイルemd_45400_half_map_2.map
注釈Half EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : In vitro loaded, human MCM2-7 double hexamer on dsDNA (formed by ...

全体名称: In vitro loaded, human MCM2-7 double hexamer on dsDNA (formed by dimerization of independently loaded MCM2-7 single hexamers)
要素
  • 複合体: In vitro loaded, human MCM2-7 double hexamer on dsDNA (formed by dimerization of independently loaded MCM2-7 single hexamers)
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM5
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
    • DNA: DNA (44-MER)
    • DNA: DNA (44-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: In vitro loaded, human MCM2-7 double hexamer on dsDNA (formed by ...

超分子名称: In vitro loaded, human MCM2-7 double hexamer on dsDNA (formed by dimerization of independently loaded MCM2-7 single hexamers)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 102.034102 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAESSESFTM ASSPAQRRRG NDPLTSSPGR SSRRTDALTS SPGRDLPPFE DESEGLLGTE GPLEEEEDGE ELIGDGMERD YRAIPELDA YEAEGLALDD EDVEELTASQ REAAERAMRQ RDREAGRGLG RMRRGLLYDS DEEDEERPAR KRRQVERATE D GEEDEEMI ...文字列:
MAESSESFTM ASSPAQRRRG NDPLTSSPGR SSRRTDALTS SPGRDLPPFE DESEGLLGTE GPLEEEEDGE ELIGDGMERD YRAIPELDA YEAEGLALDD EDVEELTASQ REAAERAMRQ RDREAGRGLG RMRRGLLYDS DEEDEERPAR KRRQVERATE D GEEDEEMI ESIENLEDLK GHSVREWVSM AGPRLEIHHR FKNFLRTHVD SHGHNVFKER ISDMCKENRE SLVVNYEDLA AR EHVLAYF LPEAPAELLQ IFDEAALEVV LAMYPKYDRI TNHIHVRISH LPLVEELRSL RQLHLNQLIR TSGVVTSCTG VLP QLSMVK YNCNKCNFVL GPFCQSQNQE VKPGSCPECQ SAGPFEVNME ETIYQNYQRI RIQESPGKVA AGRLPRSKDA ILLA DLVDS CKPGDEIELT GIYHNNYDGS LNTANGFPVF ATVILANHVA KKDNKVAVGE LTDEDVKMIT SLSKDQQIGE KIFAS IAPS IYGHEDIKRG LALALFGGEP KNPGGKHKVR GDINVLLCGD PGTAKSQFLK YIEKVSSRAI FTTGQGASAV GLTAYV QRH PVSREWTLEA GALVLADRGV CLIDEFDKMN DQDRTSIHEA MEQQSISISK AGIVTSLQAR CTVIAAANPI GGRYDPS LT FSENVDLTEP IISRFDILCV VRDTVDPVQD EMLARFVVGS HVRHHPSNKE EEGLANGSAA EPAMPNTYGV EPLPQEVL K KYIIYAKERV HPKLNQMDQD KVAKMYSDLR KESMATGSIP ITVRHIESMI RMAEAHARIH LRDYVIEDDV NMAIRVMLE SFIDTQKFSV MRSMRKTFAR YLSFRRDNNE LLLFILKQLV AEQVTYQRNR FGAQQDTIEV PEKDLVDKAR QINIHNLSAF YDSELFRMN KFSHDLKRKM ILQQF

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM2

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分子 #2: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 91.110852 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAGTVVLDDV ELREAQRDYL DFLDDEEDQG IYQSKVRELI SDNQYRLIVN VNDLRRKNEK RANRLLNNAF EELVAFQRAL KDFVASIDA TYAKQYEEFY VGLEGSFGSK HVSPRTLTSC FLSCVVCVEG IVTKCSLVRP KVVRSVHYCP ATKKTIERRY S DLTTLVAF ...文字列:
MAGTVVLDDV ELREAQRDYL DFLDDEEDQG IYQSKVRELI SDNQYRLIVN VNDLRRKNEK RANRLLNNAF EELVAFQRAL KDFVASIDA TYAKQYEEFY VGLEGSFGSK HVSPRTLTSC FLSCVVCVEG IVTKCSLVRP KVVRSVHYCP ATKKTIERRY S DLTTLVAF PSSSVYPTKD EENNPLETEY GLSVYKDHQT ITIQEMPEKA PAGQLPRSVD VILDDDLVDK AKPGDRVQVV GT YRCLPGK KGGYTSGTFR TVLIACNVKQ MSKDAQPSFS AEDIAKIKKF SKTRSKDIFD QLAKSLAPSI HGHDYVKKAI LCL LLGGVE RDLENGSHIR GDINILLIGD PSVAKSQLLR YVLCTAPRAI PTTGRGSSGV GLTAAVTTDQ ETGERRLEAG AMVL ADRGV VCIDEFDKMS DMDRTAIHEV MEQGRVTIAK AGIHARLNAR CSVLAAANPV YGRYDQYKTP MENIGLQDSL LSRFD LLFI MLDQMDPEQD REISDHVLRM HRYRAPGEQD GDAMPLGSAV DILATDDPNF SQEDQQDTQI YEKHDNLLHG TKKKKE KMV SAAFMKKYIH VAKIIKPVLT QESATYIAEE YSRLRSQDSM SSDTARTSPV TARTLETLIR LATAHAKARM SKTVDLQ DA EEAVELVQYA YFKKVLEKEK KRKKRSEDES ETEDEEEKSQ EDQEQKRKRR KTRQPDAKDG DSYDPYDFSD TEEEMPQV H TPKTADSQET KESQKVELSE SRLKAFKVAL LDVFREAHAQ SIGMNRLTES INRDSEEPFS SVEIQAALSK MQDDNQVMV SEGIIFLI

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM3

+
分子 #3: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Natural variant L650M / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 96.702891 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSSPASTPSR RGSRRGRATP AQTPRSEDAR SSPSQRRRGE DSTSTGELQP MPTSPGVDLQ SPAAQDVLFS SPPQMHSSAI PLDFDVSSP LTYGTPSSRV EGTPRSGVRG TPVRQRPDLG SAQKGLQVDL QSDGAAAEDI VASEQSLGQK LVIWGTDVNV A ACKENFQR ...文字列:
MSSPASTPSR RGSRRGRATP AQTPRSEDAR SSPSQRRRGE DSTSTGELQP MPTSPGVDLQ SPAAQDVLFS SPPQMHSSAI PLDFDVSSP LTYGTPSSRV EGTPRSGVRG TPVRQRPDLG SAQKGLQVDL QSDGAAAEDI VASEQSLGQK LVIWGTDVNV A ACKENFQR FLQRFIDPLA KEEENVGIDI TEPLYMQRLG EINVIGEPFL NVNCEHIKSF DKNLYRQLIS YPQEVIPTFD MA VNEIFFD RYPDSILEHQ IQVRPFNALK TKNMRNLNPE DIDQLITISG MVIRTSQLIP EMQEAFFQCQ VCAHTTRVEM DRG RIAEPS VCGRCHTTHS MALIHNRSLF SDKQMIKLQE SPEDMPAGQT PHTVILFAHN DLVDKVQPGD RVNVTGIYRA VPIR VNPRV SNVKSVYKTH IDVIHYRKTD AKRLHGLDEE AEQKLFSEKR VELLKELSRK PDIYERLASA LAPSIYEHED IKKGI LLQL FGGTRKDFSH TGRGKFRAEI NILLCGDPGT SKSQLLQYVY NLVPRGQYTS GKGSSAVGLT AYVMKDPETR QLVLQT GAL VLSDNGICCI DEFDKMNEST RSVLHEVMEQ QTLSIAKAGI ICQLNARTSV LAAANPIESQ WNPKKTTIEN IQLPHTL LS RFDLIFLMLD PQDEAYDRRL AHHLVALYYQ SEEQAEEELL DMAVLKDYIA YAHSTIMPRL SEEASQALIE AYVDMRKI G SSRGMVSAYP RQLESLIRLA EAHAKVRLSN KVEAIDVEEA KRLHREALKQ SATDPRTGIV DISILTTGMS ATSRKRKEE LAEALKKLIL SKGKTPALKY QQLFEDIRGQ SDIAITKDMF EEALRALADD DFLTVTGKTV RLL

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM4

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分子 #4: DNA replication licensing factor MCM5

分子名称: DNA replication licensing factor MCM5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.678898 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMSGFDDP GIFYSDSFGG DAQADEGQAR KSQLQRRFKE FLRQYRVGTD RTGFTFKYRD ELKRHYNLGE YWIEVEMEDL ASFDEDLAD YLYKQPAEHL QLLEEAAKEV ADEVTRPRPS GEEVLQDIQV MLKSDASPSS IRSLKSDMMS HLVKIPGIII A ASAVRAKA ...文字列:
SNAMSGFDDP GIFYSDSFGG DAQADEGQAR KSQLQRRFKE FLRQYRVGTD RTGFTFKYRD ELKRHYNLGE YWIEVEMEDL ASFDEDLAD YLYKQPAEHL QLLEEAAKEV ADEVTRPRPS GEEVLQDIQV MLKSDASPSS IRSLKSDMMS HLVKIPGIII A ASAVRAKA TRISIQCRSC RNTLTNIAMR PGLEGYALPR KCNTDQAGRP KCPLDPYFIM PDKCKCVDFQ TLKLQELPDA VP HGEMPRH MQLYCDRYLC DKVVPGNRVT IMGIYSIKKF GLTTSRGRDR VGVGIRSSYI RVLGIQVDTD GSGRSFAGAV SPQ EEEEFR RLAALPNVYE VISKSIAPSI FGGTDMKKAI ACLLFGGSRK RLPDGLTRRG DINLLMLGDP GTAKSQLLKF VEKC SPIGV YTSGKGSSAA GLTASVMRDP SSRNFIMEGG AMVLADGGVV CIDEFDKMRE DDRVAIHEAM EQQTISIAKA GITTT LNSR CSVLAAANSV FGRWDETKGE DNIDFMPTIL SRFDMIFIVK DEHNEERDVM LAKHVITLHV SALTQTQAVE GEIDLA KLK KFIAYCRVKC GPRLSAEAAE KLKNRYIIMR SGARQHERDS DRRSSIPITV RQLEAIVRIA EALSKMKLQP FATEADV EE ALRLFQVSTL DAALSGTLSG VEGFTSQEDQ EMLSRIEKQL KRRFAIGSQV SEHSIIKDFT KQKYPEHAIH KVLQLMLR R GEIQHRMQRK VLYRLK

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM5

+
分子 #5: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.010273 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDLAAAAEPG AGSQHLEVRD EVAEKCQKLF LDFLEEFQSS DGEIKYLQLA EELIRPERNT LVVSFVDLEQ FNQQLSTTIQ EEFYRVYPY LCRALKTFVK DRKEIPLAKD FYVAFQDLPT RHKIRELTSS RIGLLTRISG QVVRTHPVHP ELVSGTFLCL D CQTVIRDV ...文字列:
MDLAAAAEPG AGSQHLEVRD EVAEKCQKLF LDFLEEFQSS DGEIKYLQLA EELIRPERNT LVVSFVDLEQ FNQQLSTTIQ EEFYRVYPY LCRALKTFVK DRKEIPLAKD FYVAFQDLPT RHKIRELTSS RIGLLTRISG QVVRTHPVHP ELVSGTFLCL D CQTVIRDV EQQFKYTQPN ICRNPVCANR RRFLLDTNKS RFVDFQKVRI QETQAELPRG SIPRSLEVIL RAEAVESAQA GD KCDFTGT LIVVPDVSKL STPGARAETN SRVSGVDGYE TEGIRGLRAL GVRDLSYRLV FLACCVAPTN PRFGGKELRD EEQ TAESIK NQMTVKEWEK VFEMSQDKNL YHNLCTSLFP TIHGNDEVKR GVLLMLFGGV PKTTGEGTSL RGDINVCIVG DPST AKSQF LKHVEEFSPR AVYTSGKASS AAGLTAAVVR DEESHEFVIE AGALMLADNG VCCIDEFDKM DVRDQVAIHE AMEQQ TISI TKAGVKATLN ARTSILAAAN PISGHYDRSK SLKQNINLSA PIMSRFDLFF ILVDECNEVT DYAIARRIVD LHSRIE ESI DRVYSLDDIR RYLLFARQFK PKISKESEDF IVEQYKHLRQ RDGSGVTKSS WRITVRQLES MIRLSEAMAR MHCCDEV QP KHVKEAFRLL NKSIIRVETP DVNLDQEEEI QMEVDEGAGG INGHADSPAP VNGINGYNED INQESAPKAS LRLGFSEY C RISNLIVLHL RKVEEEEDES ALKRSELVNW YLKEIESEID SEEELINKKR IIEKVIHRLT HYDHVLIELT QAGLKGSTE GSESYEEDPY LVVNPNYLLE D

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM6

+
分子 #6: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.684133 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMALKDYA LEKEKVKKFL QEFYQDDELG KKQFKYGNQL VRLAHREQVA LYVDLDDVAE DDPELVDSIC ENARRYAKLF ADAVQELLP QYKEREVVNK DVLDVYIEHR LMMEQRSRDP GMVRSPQNQY PAELMRRFEL YFQGPSSNKP RVIREVRADS V GKLVTVRG ...文字列:
SNAMALKDYA LEKEKVKKFL QEFYQDDELG KKQFKYGNQL VRLAHREQVA LYVDLDDVAE DDPELVDSIC ENARRYAKLF ADAVQELLP QYKEREVVNK DVLDVYIEHR LMMEQRSRDP GMVRSPQNQY PAELMRRFEL YFQGPSSNKP RVIREVRADS V GKLVTVRG IVTRVSEVKP KMVVATYTCD QCGAETYQPI QSPTFMPLIM CPSQECQTNR SGGRLYLQTR GSRFIKFQEM KM QEHSDQV PVGNIPRSIT VLVEGENTRI AQPGDHVSVT GIFLPILRTG FRQVVQGLLS ETYLEAHRIV KMNKSEDDES GAG ELTREE LRQIAEEDFY EKLAASIAPE IYGHEDVKKA LLLLLVGGVD QSPRGMKIRG NINICLMGDP GVAKSQLLSY IDRL APRSQ YTTGRGSSGV GLTAAVLRDS VSGELTLEGG ALVLADQGVC CIDEFDKMAE ADRTAIHEVM EQQTISIAKA GILTT LNAR CSILAAANPA YGRYNPRRSL EQNIQLPAAL LSRFDLLWLI QDRPDRDNDL RLAQHITYVH QHSRQPPSQF EPLDMK LMR RYIAMCREKQ PMVPESLADY ITAAYVEMRR EAWASKDATY TSARTLLAIL RLSTALARLR MVDVVEKEDV NEAIRLM EM SKDSLLGDKG QTARTQRPAD VIFATVRELV SGGRSVRFSE AEQRCVSRGF TPAQFQAALD EYEELNVWQV NASRTRIT F V

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM7

+
分子 #7: DNA (44-MER)

分子名称: DNA (44-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 13.54685 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)

+
分子 #8: DNA (44-MER)

分子名称: DNA (44-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 13.528821 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 10 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 9 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #11: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #12: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 8 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.54 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46418
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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