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- EMDB-45377: S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45377
タイトルS.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core
マップデータS.c INO80 bound to Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core, Fullmap
試料
  • 複合体: S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling ATPase INO80
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling complex subunit IES6
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Ino eighty subunit 2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードChromatin Remodeler / nucleosome / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


TTT Hsp90 cochaperone complex / R2TP complex / regulation of TOR signaling / Swr1 complex / telomere maintenance via recombination / Ino80 complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / box C/D snoRNP assembly / regulation of metabolic process / 3'-5' DNA helicase activity ...TTT Hsp90 cochaperone complex / R2TP complex / regulation of TOR signaling / Swr1 complex / telomere maintenance via recombination / Ino80 complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / box C/D snoRNP assembly / regulation of metabolic process / 3'-5' DNA helicase activity / cellular response to stress / NuA4 histone acetyltransferase complex / chromosome, centromeric region / subtelomeric heterochromatin formation / enzyme regulator activity / DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / rRNA processing / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase / histone binding / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / four-way junction helicase activity / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / protein stabilization / chromatin remodeling / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DBINO domain / DNA helicase Ino80 / DNA-binding domain / DBINO domain profile. / INO80 complex, subunit Ies6 / INO80 complex subunit B-like conserved region / INO80 complex, subunit Ies2 / PAPA-1-like conserved region / PAPA-1 / : ...DBINO domain / DNA helicase Ino80 / DNA-binding domain / DBINO domain profile. / INO80 complex, subunit Ies6 / INO80 complex subunit B-like conserved region / INO80 complex, subunit Ies2 / PAPA-1-like conserved region / PAPA-1 / : / Vps72/YL1, C-terminal / YL1 nuclear protein C-terminal domain / YL1 nuclear protein C-terminal domain / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Actin / Actin family / Actin / Helicase conserved C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromatin-remodeling complex subunit IES6 / Ino eighty subunit 2 / Chromatin-remodeling ATPase INO80 / Actin-related protein 5 / RuvB-like protein 1 / RuvB-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Wu H / Kaur U / Narlikar GJ / Cheng YF
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Autoinhibition imposed by a large conformational switch of INO80 regulates nucleosome positioning
著者: Kaur U / Wu H / Cheng Y / Narlikar GJ
履歴
登録2024年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45377.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45377.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈S.c INO80 bound to Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core, Fullmap
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 448 pix.
= 366.867 Å		0.82 Å/pix.
x 448 pix.
= 366.867 Å		0.82 Å/pix.
x 448 pix.
= 366.867 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8189 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-0.3578384 - 1.3705212
平均 (標準偏差)0.0011133738 (±0.03520148)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 366.8672 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: S.c INO80 bound to Xenopus 0/80 nucleosome, nucleosome

ファイルemd_45377_additional_1.map
注釈S.c INO80 bound to Xenopus 0/80 nucleosome, nucleosome
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: S.c INO80 bound to Xenopus 0/80 nucleosome, the Arp8 Module

ファイルemd_45377_additional_2.map
注釈S.c INO80 bound to Xenopus 0/80 nucleosome, the Arp8 Module
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: S.c INO80 bound to Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core, halfmap1

ファイルemd_45377_half_map_1.map
注釈S.c INO80 bound to Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core, halfmap1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: S.c INO80 bound to Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core, halfmap2

ファイルemd_45377_half_map_2.map
注釈S.c INO80 bound to Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core, halfmap2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core

全体名称: S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core
要素
  • 複合体: S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling ATPase INO80
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling complex subunit IES6
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Ino eighty subunit 2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core

超分子名称: S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Chromatin-remodeling ATPase INO80

分子名称: Chromatin-remodeling ATPase INO80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 171.693812 KDa
配列文字列: MSLAVLLNKE DKDISDFSKT TAGKSAKKNS RERVADVAPT RVLDKKQAYL SQLNSEFNRI KRRDSIEQLY QDWKFINLQE FELISEWNQ QSKDWQFDNT NDSQDLHFKK LYRDMSMINK EWAEYQSFKN ANLSDIINEK DADEDEEDDE DELEDGEEDM E EDEASTGR ...文字列:
MSLAVLLNKE DKDISDFSKT TAGKSAKKNS RERVADVAPT RVLDKKQAYL SQLNSEFNRI KRRDSIEQLY QDWKFINLQE FELISEWNQ QSKDWQFDNT NDSQDLHFKK LYRDMSMINK EWAEYQSFKN ANLSDIINEK DADEDEEDDE DELEDGEEDM E EDEASTGR HTNGKSMRGN GIQKSRKKDA AAAAAIGKAI KDDQTHADTV VTVNGDENED GNNGEDEDND NDNENNNDND ND NENENDN DSDNDDEEEN GEEDEEEEEI EDLDEEDFAA FEEQDDNDDE DFNPDVEKRR KRSSSSSSST KLSMNSLSLI TSK KINKNI TINSDRPKIV RELIKMCNKN KHQKIKKRRF TNCIVTDYNP IDSKLNIKIT LKQYHVKRLK KLINDAKRER EREE ALKNN VGLDGNDLDN DEDGSESHKR RKLNNNTANG ADDANKRKFN TRHGLPTYGM KMNAKEARAI QRHYDNTYTT IWKDM ARKD STKMSRLVQQ IQSIRSTNFR KTSSLCAREA KKWQSKNFKQ IKDFQTRARR GIREMSNFWK KNEREERDLK KKIEKE AME QAKKEEEEKE SKRQAKKLNF LLTQTELYSH FIGRKIKTNE LEGNNVSSND SESQKNIDIS ALAPNKNDFH AIDFDNE ND EQLRLRAAEN ASNALAETRA KAKQFDDHAN AHEEEEEEDE LNFQNPTSLG EITIEQPKIL ACTLKEYQLK GLNWLANL Y DQGINGILAD EMGLGKTVQS ISVLAHLAEN HNIWGPFLVV TPASTLHNWV NEISKFLPQF KILPYWGNAN DRKVLRKFW DRKNLRYNKN APFHVMVTSY QMVVTDANYL QKMKWQYMIL DEAQAIKSSQ SSRWKNLLSF HCRNRLLLTG TPIQNSMQEL WALLHFIMP SLFDSHDEFN EWFSKDIESH AEANTKLNQQ QLRRLHMILK PFMLRRVKKN VQSELGDKIE IDVLCDLTQR Q AKLYQVLK SQISTNYDAI ENAATNDSTS NSASNSGSDQ NLINAVMQFR KVCNHPDLFE RADVDSPFSF TTFGKTTSML TA SVANNNS SVISNSNMNL SSMSSNNISN GKFTDLIYSS RNPIKYSLPR LIYEDLILPN YNNDVDIANK LKNVKFNIFN PST NYELCL FLSKLTGEPS LNEFFRVSTT PLLKRVIERT NGPKNTDSLS FKTITQELLE VTRNAPSEGV MASLLNVEKH AYER EYLNC IQRGYHPNVS APPVTIEVLG SSHVTNSINN ELFDPLISQA LSDIPAITQY NMHVKKGIPV EDFPKTGLFP EPLNK NFSS NISMPSMDRF ITESAKLRKL DELLVKLKSE GHRVLIYFQM TKMMDLMEEY LTYRQYNHIR LDGSSKLEDR RDLVHD WQT NPEIFVFLLS TRAGGLGINL TAADTVIFYD SDWNPTIDSQ AMDRAHRLGQ TRQVTVYRLL VRGTIEERMR DRAKQKE QV QQVVMEGKTQ EKNIKTIEVG ENDSEVTREG SKSISQDGIK EAASALA

UniProtKB: Chromatin-remodeling ATPase INO80

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分子 #2: Actin-related protein 5

分子名称: Actin-related protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 87.682359 KDa
配列文字列: MSSRDASLTP LKAVVIDDPP LRQTPEPFDE QSAYNPQSPI AIDFGSSKLR AGFVNHATPT HIFPNALTKF RDRKLNKNFT FVGNDTLLD QAVRSQSRSP FDGPFVTNWN LTEEILDYTF HHLGVVPDNG IPNPILLTER LATVQSQRTN WYQILFETYN V PGVTFGID ...文字列:
MSSRDASLTP LKAVVIDDPP LRQTPEPFDE QSAYNPQSPI AIDFGSSKLR AGFVNHATPT HIFPNALTKF RDRKLNKNFT FVGNDTLLD QAVRSQSRSP FDGPFVTNWN LTEEILDYTF HHLGVVPDNG IPNPILLTER LATVQSQRTN WYQILFETYN V PGVTFGID SLFSFYNYNP SGNKTGLVIS CGHEDTNVIP VVDGAGILTD AKRINWGGHQ AVDYLNDLMA LKYPYFPTKM SY LQYETMY KDYCYVSRNY DEDIEKILTL ENLDTNDVVV EAPFTEVLQP QKTEEELRIQ AEKRKETGKR LQEQARLKRM EKL VQKQEE FEYFSKVRDQ LIDEPKKKVL SVLQNAGFDD ERDFKKYLHS LEQSLKKAQM VEAEDDSHLD EMNEDKTAQK FDLL DIADE DLNEDQIKEK RKQRFLKASQ DARQKAKEEK ERVAKEEEEK KLKEQQWRET DLNGWIKDKR LKLNKLIKRR KEKLK LRDE MKDRKSQVSQ NRMKNLASLA EDNVKQGAKR NRHQATIDND PNDTFGANDE DWLIYTDITQ NPEAFEEALE YEYKDI VEL ERLLLEHDPN FTEEDTLEAQ YDWRNSILHL FLRGPRPHDS ENIHEQHQMH LNVERIRVPE VIFQPTMGGQ DQAGICE LS ETILLKKFGS QPGKLSQTSI DMVNNVLITG GNAKVPGLKE RIVKEFTGFL PTGTNITVNM SSDPSLDAWK GMAALARN E EQYRKTVISK KEYEEYGPEY IKEHKLGNTK YFED

UniProtKB: Actin-related protein 5

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分子 #3: Chromatin-remodeling complex subunit IES6

分子名称: Chromatin-remodeling complex subunit IES6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 18.564965 KDa
配列文字列:
MSGSRGNSSN SSVSNNSNNN NNNDGGDERL LFLRSVGERN EIGFPSRFKS AHYKKPTRRH KSARQLISDE NKRINALLTK ANKAAESST AARRLVPKAT YFSVEAPPSI RPAKKYCDVT GLKGFYKSPT NNIRYHNAEI YQLIVKPMAP GVDQEYLKLR G ANFVLK

UniProtKB: Chromatin-remodeling complex subunit IES6

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分子 #4: RuvB-like protein 1

分子名称: RuvB-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 50.516941 KDa
配列文字列: MVAISEVKEN PGVNSSNSGA VTRTAAHTHI KGLGLDESGV AKRVEGGFVG QIEAREACGV IVDLIKAKKM SGRAILLAGG PSTGKTALA LAISQELGPK VPFCPLVGSE LYSVEVKKTE TLMENFRRAI GLRIKETKEV YEGEVTELTP EDAENPLGGY G KTISHVIV ...文字列:
MVAISEVKEN PGVNSSNSGA VTRTAAHTHI KGLGLDESGV AKRVEGGFVG QIEAREACGV IVDLIKAKKM SGRAILLAGG PSTGKTALA LAISQELGPK VPFCPLVGSE LYSVEVKKTE TLMENFRRAI GLRIKETKEV YEGEVTELTP EDAENPLGGY G KTISHVIV GLKSAKGTKT LRLDPTIYES IQREKVSIGD VIYIEANTGA VKRVGRSDAY ATEFDLETEE YVPLPKGEVH KK KEIVQDV TLHDLDVANA RPQGGQDVIS MMGQLLKPKK TEITEKLRQE VNKVVAKYID QGVAELIPGV LFIDEVNMLD IEI FTYLNK ALESNIAPVV VLASNRGMTT VRGTEDVISP HGVPPDLIDR LLIVRTLPYD KDEIRTIIER RATVERLQVE SSAL DLLAT MGTETSLRYA LQLLAPCGIL AQTSNRKEIV VNDVNEAKLL FLDAKRSTKI LETSANYL

UniProtKB: RuvB-like protein 1

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分子 #5: RuvB-like protein 2

分子名称: RuvB-like protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 50.539367 KDa
配列文字列: MSIQTSDPNE TSDLKSLSLI AAHSHITGLG LDENLQPRPT SEGMVGQLQA RRAAGVILKM VQNGTIAGRA VLVAGPPSTG KTALAMGVS QSLGKDVPFT AIAGSEIFSL ELSKTEALTQ AFRKSIGIKI KEETELIEGE VVEIQIDRSI TGGHKQGKLT I KTTDMETI ...文字列:
MSIQTSDPNE TSDLKSLSLI AAHSHITGLG LDENLQPRPT SEGMVGQLQA RRAAGVILKM VQNGTIAGRA VLVAGPPSTG KTALAMGVS QSLGKDVPFT AIAGSEIFSL ELSKTEALTQ AFRKSIGIKI KEETELIEGE VVEIQIDRSI TGGHKQGKLT I KTTDMETI YELGNKMIDG LTKEKVLAGD VISIDKASGK ITKLGRSFAR SRDYDAMGAD TRFVQCPEGE LQKRKTVVHT VS LHEIDVI NSRTQGFLAL FTGDTGEIRS EVRDQINTKV AEWKEEGKAE IVPGVLFIDE VHMLDIECFS FINRALEDEF API VMMATN RGVSKTRGTN YKSPHGLPLD LLDRSIIITT KSYNEQEIKT ILSIRAQEEE VELSSDALDL LTKTGVETSL RYSS NLISV AQQIAMKRKN NTVEVEDVKR AYLLFLDSAR SVKYVQENES QYIDDQGNVQ ISIAK

UniProtKB: RuvB-like protein 2

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分子 #6: Ino eighty subunit 2

分子名称: Ino eighty subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 36.210953 KDa
配列文字列: MDSEASDIEA ELSDSVSAGG EEYIDDDDYT EDIDDQIVTA KSSRRTARRS VPKGVRTSKR IRDKELSVEV DEDYDEEEDV LSPSKKRHL HTRSMDKRQV AATASEKSDI GDSKGNDGEI EDGILEEEES LEKELNRGGG KEVEKSEESY YAQNDVGQKG E EEQDGESG ...文字列:
MDSEASDIEA ELSDSVSAGG EEYIDDDDYT EDIDDQIVTA KSSRRTARRS VPKGVRTSKR IRDKELSVEV DEDYDEEEDV LSPSKKRHL HTRSMDKRQV AATASEKSDI GDSKGNDGEI EDGILEEEES LEKELNRGGG KEVEKSEESY YAQNDVGQKG E EEQDGESG GYEDNEPSIS KESDELVSVV NGNGNEEDDE VEATKENTTD STRSTTTRSK MLLDLLEDGG SKKKLTDEEI QL RRAENAR KRKNLSEKRL EEEKQDTINK LLKKRAGKSR SHLPNDDEKN DGSSSFVKPR RPYNSEGMTR ILRRYEEDLF CTF

UniProtKB: Ino eighty subunit 2

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分子 #7: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 47.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 109876
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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