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万見
- EMDB-45314: Polyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45314
タイトルPolyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of donor 5 at day 0
マップデータNegative stain map of global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA from human donor 5 at day 0
試料
  • 複合体: Polyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of donor 5 at day 0
    • 複合体: Fab
    • 複合体: hemagglutinin
キーワードinfluenza / hemagglutinin / H1 / polyclonal complex / Fab complex / viral fusion protein / VIRAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Leon AN / Rodriguez AJ / Richey ST / Torrents de la Pena A / Jackson AM / Han J / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Human Vaccines Project 米国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2025
タイトル: Structural mapping of polyclonal IgG responses to HA after influenza virus vaccination or infection.
著者: André Nicolás León / Alesandra J Rodriguez / Sara T Richey / Alba Torrents de la Pena / Rachael M Wolters / Abigail M Jackson / Katherine Webb / C Buddy Creech / Sandra Yoder / Philip A ...著者: André Nicolás León / Alesandra J Rodriguez / Sara T Richey / Alba Torrents de la Pena / Rachael M Wolters / Abigail M Jackson / Katherine Webb / C Buddy Creech / Sandra Yoder / Philip A Mudd / James E Crowe / Julianna Han / Andrew B Ward /
要旨: Cellular and molecular characterization of immune responses elicited by influenza virus infection and seasonal vaccination have informed efforts to improve vaccine efficacy, breadth, and longevity. ...Cellular and molecular characterization of immune responses elicited by influenza virus infection and seasonal vaccination have informed efforts to improve vaccine efficacy, breadth, and longevity. Here, we use negative stain electron microscopy polyclonal epitope mapping (nsEMPEM) to structurally characterize the humoral IgG antibody responses to hemagglutinin (HA) from human patients vaccinated with a seasonal quadrivalent flu vaccine or infected with influenza A viruses. Our data show that both vaccinated and infected patients had humoral IgGs targeting highly conserved regions on both H1 and H3 subtype HAs, including the stem and anchor, which are targets for universal influenza vaccine design. Responses against H1 predominantly targeted the central stem epitope in infected patients and vaccinated donors, whereas head epitopes were more prominently targeted on H3. Responses against H3 were less abundant, but a greater diversity of H3 epitopes were targeted relative to H1. While our analysis is limited by sample size, on average, vaccinated donors responded to a greater diversity of epitopes on both H1 and H3 than infected patients. These data establish a baseline for assessing polyclonal antibody responses in vaccination and infection, providing a context for future vaccine trials and emphasizing the need for further characterization of protective responses toward conserved epitopes. (201 words)IMPORTANCESeasonal influenza viruses cause hundreds of thousands of deaths each year and up to a billion infections; under the proper circumstances, influenza A viruses with pandemic potential could threaten the lives of millions more. The variable efficacies of traditional influenza virus vaccines and the desire to prevent pandemic influenzas have motivated work toward finding a universal flu vaccine. Many promising universal flu vaccine candidates currently focus on guiding immune responses to highly conserved epitopes on the central stem of the influenza hemagglutinin viral fusion protein. To support the further development of these stem-targeting vaccine candidates, in this study, we use negative stain electron microscopy to assess the prevalence of central stem-targeting antibodies in individuals who were exposed to influenza antigens through traditional vaccination and/or natural infection during the 2018-2019 flu season.
履歴
登録2024年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_45314.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45314.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain map of global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA from human donor 5 at day 0
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.77 Å/pix.
x 180 pix.
= 318.6 Å		1.77 Å/pix.
x 180 pix.
= 318.6 Å		1.77 Å/pix.
x 180 pix.
= 318.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0191
最小 - 最大-0.04690762 - 0.09436654
平均 (標準偏差)0.00006484869 (±0.0047191605)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 318.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding the...

ファイルemd_45314_additional_1.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding the H1 HA esterase epitope from human donor 5 at day 0
投影像・断面図
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ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding an...

ファイルemd_45314_additional_2.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding an H1 HA side head epitope from human donor 5 at day 0
投影像・断面図
軸ZYX

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding the...

ファイルemd_45314_additional_3.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding the H1 HA RBS epitope from human donor 5 at day 0
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding an...

ファイルemd_45314_additional_4.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding an H1 HA head epitope from human donor 5 at day 0
投影像・断面図
軸ZYX

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ハーフマップ: Negative stain map of half map A for...

ファイルemd_45314_half_map_1.map
注釈Negative stain map of half map A for global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA from human donor 5 at day 0
投影像・断面図
軸ZYX

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ハーフマップ: Negative stain map of half map B for...

ファイルemd_45314_half_map_2.map
注釈Negative stain map of half map B for global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA from human donor 5 at day 0
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Polyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of ...

全体名称: Polyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of donor 5 at day 0
要素
  • 複合体: Polyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of donor 5 at day 0
    • 複合体: Fab
    • 複合体: hemagglutinin

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超分子 #1: Polyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of ...

超分子名称: Polyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of donor 5 at day 0
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
分子量理論値: 280 KDa

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超分子 #2: Fab

超分子名称: Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: hemagglutinin

超分子名称: hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% w/v uranyl formate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4m4y


詳細: generated 40A map in chimera
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 54200
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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