EMDB-45302: mouse Seipin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-45302

タイトル

mouse Seipin complex

マップデータ

mouse seipin complex

試料

複合体: Seipin complex
- タンパク質・ペプチド: Seipin

キーワード

seipin / lipid droplets / adipose / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

Seipin family / Putative adipose-regulatory protein (Seipin) / lipid droplet formation / lipid droplet / phospholipid binding / lipid metabolic process / endoplasmic reticulum membrane / Seipin

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å

データ登録者

Li C / Han Y / Wynn RM / Chen Z / Scherer PE

資金援助

米国, 5件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	RC2-DK118620	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	R01- DK55758	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	R01-DK099110	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	R01-DK127274	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	R01-DK131537	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Adipogenin Dictates Adipose Tissue Expansion by Facilitating the Assembly of a Dodecameric Seipin Complex
著者: Li C / Sun X

履歴

登録	2024年6月12日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年8月27日	-
マップ公開	2025年8月27日	-
更新	2025年8月27日	-
現状	2025年8月27日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_45302.map.gz	189.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-45302-v30.xml emd-45302.xml	17.7 KB 17.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_45302_fsc.xml	12.7 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_45302.png	70.4 KB
Filedesc metadata	emd-45302.cif.gz	5.8 KB
その他	emd_45302_half_map_1.map.gz emd_45302_half_map_2.map.gz	200.6 MB 200.6 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45302 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45302	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_45302_validation.pdf.gz	835.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_45302_full_validation.pdf.gz	834.6 KB	表示
XML形式データ	emd_45302_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	emd_45302_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45302 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45302	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9c8eMC 45301C 9c8dC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_45302.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

mouse seipin complex

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.8344 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.08
最小 - 最大	-0.0018974592 - 2.0808237
平均 (標準偏差)	0.0011424852 (±0.025523048)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : Seipin complex

全体	名称: Seipin complex
要素	複合体: Seipin complex タンパク質・ペプチド: Seipin

-
超分子 #1: Seipin complex

超分子	名称: Seipin complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量	理論値: 700 KDa

-
分子 #1: Seipin

分子	名称: Seipin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量	理論値: 50.993406 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: MSGRWSHPQF EKIHQRREAG ARETCRDQIK GSDKDEEPSA ALSHGQGYRP CGRPARNSKP EAGARPPAVP IMVNDPPVPA LLWAQEVGH VLAGRARRLM LQFGVLFCTI LLLLWVSVFL YGSFYYSYMP TVSHLSPVHF HYRTDCDSST ASLCSFPVAN V SLAKSGRD ...文字列: MSGRWSHPQF EKIHQRREAG ARETCRDQIK GSDKDEEPSA ALSHGQGYRP CGRPARNSKP EAGARPPAVP IMVNDPPVPA LLWAQEVGH VLAGRARRLM LQFGVLFCTI LLLLWVSVFL YGSFYYSYMP TVSHLSPVHF HYRTDCDSST ASLCSFPVAN V SLAKSGRD RVLMYGQPYR VTLELELPES PVNQDLGMFL VTVSCYTRGG RIISTSSRSV MLHYRSQLLQ VLDTLLFSSL LL FGFAEQK QLLEVELYSD YRENSYVPTT GAIIEIHSKR IQMYGAYLRI HAHFTGLRYL LYNFPMTCAF VGVASNFTFL SVI VLFSYM QWVWGAVWPR HRFSLQVNIR QRDNSHHGAP RRISRHQPGQ ESTQQSDVTE DGESPEDPSG TEGQLSEEEK PEKR PLNGE EEQEPEASDG SWEDAALLTE ANPPTSASAS ALAPETLGSL RQRPTCSSS UniProtKB: Seipin

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 8
グリッド	モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁₁ (11回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 17212
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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