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万見
- EMDB-45263: Blood cell-specific tubulin in complex with Cryptophycin-52 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45263
タイトルBlood cell-specific tubulin in complex with Cryptophycin-52
マップデータpost-processed cryo-em map
試料
  • 複合体: Chicken erythrocytes tubulin in complex with cryptophycin-52
    • タンパク質・ペプチド: Detyrosinated tubulin alpha-1A chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-6 chain
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: Cryptophycin 52
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードTubulin Beta-6 chain / TBB6_CHICK / TUBB1 / Ring C8 / Hematopoietic isotype Cryptophycin / Anticancer / GTPase / Cytoskeleton / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


Intraflagellar transport / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport ...Intraflagellar transport / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta-6 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Montecinos F
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)Intramural Research 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Structure of blood cell-specific tubulin and demonstration of dimer spacing compaction in a single protofilament.
著者: Felipe Montecinos / Elif Eren / Norman R Watts / Dan L Sackett / Paul T Wingfield /
要旨: Microtubule (MT) function plasticity originates from its composition of α- and β-tubulin isotypes and the posttranslational modifications of both subunits. Aspects such as MT assembly dynamics, ...Microtubule (MT) function plasticity originates from its composition of α- and β-tubulin isotypes and the posttranslational modifications of both subunits. Aspects such as MT assembly dynamics, structure, and anticancer drug binding can be modulated by αβ-tubulin heterogeneity. However, the exact molecular mechanism regulating these aspects is only partially understood. A recent insight is the discovery of expansion and compaction of the MT lattice, which can occur via fine modulation of dimer longitudinal spacing mediated by GTP hydrolysis, taxol binding, protein binding, or isotype composition. Here, we report the first structure of the blood cell-specific α1/β1-tubulin isolated from the marginal band of chicken erythrocytes (ChET) determined to a resolution of 3.2 Å by cryo-EM. We show that ChET rings induced with cryptophycin-52 (Cp-52) are smaller in diameter than HeLa cell line tubulin (HeLaT) rings induced with Cp-52 and composed of the same number of heterodimers. We observe compacted interdimer and intradimer curved protofilament interfaces, characterized by shorter distances between ChET subunits and accompanied by conformational changes in the β-tubulin subunit. The compacted ChET interdimer interface brings more residues near the Cp-52 binding site. We measured the Cp-52 apparent binding affinities of ChET and HeLaT by mass photometry, observing small differences, and detected the intermediates of the ring assembly reaction. These findings demonstrate that compaction/expansion of dimer spacing can occur in a single protofilament context and that the subtle structural differences between tubulin isotypes can modulate tubulin small molecule binding.
履歴
登録2024年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月1日-
マップ公開2025年1月1日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45263.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45263.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈post-processed cryo-em map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 660 pix.
= 547.8 Å		0.83 Å/pix.
x 660 pix.
= 547.8 Å		0.83 Å/pix.
x 660 pix.
= 547.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.075
最小 - 最大-0.37253737 - 0.800565
平均 (標準偏差)0.0005819098 (±0.011456817)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ660660660
Spacing660660660
セルA=B=C: 547.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45263_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: locally sharpened map (DeepEmhancer)

ファイルemd_45263_additional_1.map
注釈locally sharpened map (DeepEmhancer)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map A

ファイルemd_45263_half_map_1.map
注釈half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map B

ファイルemd_45263_half_map_2.map
注釈half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chicken erythrocytes tubulin in complex with cryptophycin-52

全体名称: Chicken erythrocytes tubulin in complex with cryptophycin-52
要素
  • 複合体: Chicken erythrocytes tubulin in complex with cryptophycin-52
    • タンパク質・ペプチド: Detyrosinated tubulin alpha-1A chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-6 chain
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: Cryptophycin 52
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Chicken erythrocytes tubulin in complex with cryptophycin-52

超分子名称: Chicken erythrocytes tubulin in complex with cryptophycin-52
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Blood / Organelle: Marginal band / 細胞中の位置: Cytoskeleton
分子量理論値: 734 KDa

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分子 #1: Detyrosinated tubulin alpha-1A chain

分子名称: Detyrosinated tubulin alpha-1A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Tubulin alpha-1A chain TUBA1A,P02552,TBA1A_CHICK, NP_001292201.2
コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Blood
分子量理論値: 50.188441 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1A chain

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分子 #2: Tubulin beta-6 chain

分子名称: Tubulin beta-6 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Tubulin beta-6 chain, P09207, TBB6_CHICK, TUBB1, Hematopoietic beta-tubulin, Beta-tubulin class-VI
コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Blood
分子量理論値: 50.201469 KDa
配列文字列: MREIVHLQIG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DIAGNYCGNA SLQLERINVY FNEAYSHKYV PRSILVDLEP GTMDSVRSSK IGPLFRPDN FIHGNSGAGN NWAKGHYTEG AELIENVMDV VRNECESCDC LQGFQLIHSL GGGTGSGMGT LLINKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHLQIG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DIAGNYCGNA SLQLERINVY FNEAYSHKYV PRSILVDLEP GTMDSVRSSK IGPLFRPDN FIHGNSGAGN NWAKGHYTEG AELIENVMDV VRNECESCDC LQGFQLIHSL GGGTGSGMGT LLINKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNAILS IHQLIENTDE TFCIDNEALY DICFRTLKLT NPTYGDLNHL VSLTMSGVTT SL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTARG SQQYRALSVP ELTQQMFDAR NMMAACDPRR GRYLTVACIF RGR MSTREV DEQLLSVQTK NSSYFVEWIP NNVKVAVCDI PPRGLKMAAT FIGNNTAIQE LFIRVSEQFS AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFSEAEGNT NDLVSEYQQY QDATADVEEY EEAEASPEKE T

UniProtKB: Tubulin beta-6 chain

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分子 #3: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #4: Cryptophycin 52

分子名称: Cryptophycin 52 / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: YGY
分子量理論値: 669.204 Da
Chemical component information

ChemComp-YGY:
Cryptophycin 52

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分子 #5: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 0.1 M PIPES-KOH pH=7.0,1mM MgCL2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.88 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: homology model from amino acid sequence built with Swiss Model Online suite
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 70192
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 3次元分類クラス数: 3
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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