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万見
- EMDB-45249: Cryo-EM structure of the TPP riboswitch embedded in an RNA scaffo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45249
タイトルCryo-EM structure of the TPP riboswitch embedded in an RNA scaffold bound to thiamine pyrophosphate
マップデータ
試料
  • 複合体: TPP riboswitch embedded in an RNA scaffold bound with thiamine pyrophosphate
    • RNA: TPP riboswitch embedded in an RNA scaffold bound to thiamine pyrophosphate
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: THIAMINE DIPHOSPHATE
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードRNA / Riboswitch / Ligand
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Toor N
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM141706 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122532 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Scaffold-enabled high-resolution cryo-EM structure determination of RNA.
著者: Daniel B Haack / Boris Rudolfs / Shouhong Jin / Alexandra Khitun / Kevin M Weeks / Navtej Toor /
要旨: Cryo-EM structure determination of protein-free RNAs has remained difficult with most attempts yielding low to moderate resolution and lacking nucleotide-level detail. These difficulties are ...Cryo-EM structure determination of protein-free RNAs has remained difficult with most attempts yielding low to moderate resolution and lacking nucleotide-level detail. These difficulties are compounded for small RNAs as cryo-EM is inherently more difficult for lower molecular weight macromolecules. Here we present a strategy for fusing small RNAs to a group II intron that yields high resolution structures of the appended RNA. We demonstrate this technology by determining the structures of the 86-nucleotide (nt) thiamine pyrophosphate (TPP) riboswitch aptamer domain and the recently described 210-nt raiA bacterial non-coding RNA involved in sporulation and biofilm formation. In the case of the TPP riboswitch aptamer domain, the scaffolding approach allowed visualization of the riboswitch ligand binding pocket at 2.5 Å resolution. We also determined the structure of the ligand-free apo state and observe that the aptamer domain of the riboswitch adopts an open Y-shaped conformation in the absence of ligand. Using this scaffold approach, we determined the structure of raiA at 2.5 Å in the core. Our versatile scaffolding strategy enables efficient RNA structure determination for a broad range of small to moderate-sized RNAs, which were previously intractable for high-resolution cryo-EM studies.
履歴
登録2024年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45249.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45249.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 324.4 Å		0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 324.4 Å		0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 324.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.811 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.15170471 - 0.521266
平均 (標準偏差)-0.00007471716 (±0.004410476)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 324.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_45249_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45249_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45249_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TPP riboswitch embedded in an RNA scaffold bound with thiamine py...

全体名称: TPP riboswitch embedded in an RNA scaffold bound with thiamine pyrophosphate
要素
  • 複合体: TPP riboswitch embedded in an RNA scaffold bound with thiamine pyrophosphate
    • RNA: TPP riboswitch embedded in an RNA scaffold bound to thiamine pyrophosphate
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: THIAMINE DIPHOSPHATE
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: TPP riboswitch embedded in an RNA scaffold bound with thiamine py...

超分子名称: TPP riboswitch embedded in an RNA scaffold bound with thiamine pyrophosphate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 27 KDa

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分子 #1: TPP riboswitch embedded in an RNA scaffold bound to thiamine pyro...

分子名称: TPP riboswitch embedded in an RNA scaffold bound to thiamine pyrophosphate
タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 161.102484 KDa
配列文字列: UUAUGUGUGC CCGGCAUGGG UGCAGUCUAU AGGGUGAGAG UCCCGAACUG UGAAGGCAGA AGUAACAGUU AGCCUAACGC AAGGGUGUC CGUGGCGACA UGGAAUCUGA AGGAAGCGGA CGGCAAACCU UCGGUCUGAG GAACACGAAC UUCAUAUGAG G CUAGGUAU ...文字列:
UUAUGUGUGC CCGGCAUGGG UGCAGUCUAU AGGGUGAGAG UCCCGAACUG UGAAGGCAGA AGUAACAGUU AGCCUAACGC AAGGGUGUC CGUGGCGACA UGGAAUCUGA AGGAAGCGGA CGGCAAACCU UCGGUCUGAG GAACACGAAC UUCAUAUGAG G CUAGGUAU CAAUGGAUGA GUUUGCAUAA CAAAACAAAG UCCUUUCUGC CAAAGUUGGU ACAGAGUAAA UGAAGCAGAU UG AUGAAGG GAAAGACUGC AUUCUUACCC GGGGAGGUCU GGAAACAGAA GUCAGCAGAA GUCAUAGUAC CCUCAGUACU CGG GGUGCC CUUCUGCGUG AAGGCUGAGA AAUACCCGUA UCACCUGAUC UGGAUAAUGC CAGCGUAGGG AAGUGCUGAG GGGA AGGAC GGAACAAGUA UGGCGUUCGC GCCUAAGCUU GAACCACCGU AUACCGAACG GUACGUACGG UGGUGUGAGA GGAGU UCGC UCUACUCUAU UAG

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #3: THIAMINE DIPHOSPHATE

分子名称: THIAMINE DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: TPP
分子量理論値: 425.314 Da
Chemical component information

ChemComp-TPP:
THIAMINE DIPHOSPHATE

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分子 #4: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 655558
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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