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万見
- EMDB-45178: Cryo-EM structure of Danio rerio voltage-sensing phosphatase (VSP... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45178
タイトルCryo-EM structure of Danio rerio voltage-sensing phosphatase (VSP) phosphatase domain
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Voltage-sensing phosphatase (Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2) in lipid nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2
キーワードphosphatase / voltage-sensing / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / phosphatidylinositol dephosphorylation / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of endocytosis / dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cell projection / cell motility / monoatomic ion channel activity ...phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / phosphatidylinositol dephosphorylation / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of endocytosis / dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cell projection / cell motility / monoatomic ion channel activity / negative regulation of cell population proliferation / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
TPTE, protein tyrosine phosphatase-like catalytic domain / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Voltage-dependent channel domain superfamily / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif ...TPTE, protein tyrosine phosphatase-like catalytic domain / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Voltage-dependent channel domain superfamily / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Zhang L / Brohawn SG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM145869 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coupling sensor to enzyme in the voltage sensing phosphatase
著者: Yu Y / Zhang L / Li B / Fu Z / Brohawn SG / Isacoff EY
履歴
登録2024年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45178.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.115 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-5.5021763 - 7.2796335
平均 (標準偏差)0.0005299548 (±0.10692175)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 278.75 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Voltage-sensing phosphatase (Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosp...

全体名称: Voltage-sensing phosphatase (Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2) in lipid nanodisc
要素
  • 複合体: Voltage-sensing phosphatase (Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2) in lipid nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2

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超分子 #1: Voltage-sensing phosphatase (Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosp...

超分子名称: Voltage-sensing phosphatase (Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2) in lipid nanodisc
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 119 KDa

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分子 #1: Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2

分子名称: Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-tyrosine-phosphatase
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 59.64052 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MTSVHFNPGL DSKEVNGNSV KEEAEVQIGD GKEETKDPDT MYHQVRKKIT PFVMSFGFRV FGLVLIILDI IMVIVDLSLS EKSRDVGGA LETVSLVISF FFLIDVLLRV YVEGFKVYFS SKLNIVDACI VVITLVVTMI YAFSDFSGAS LIPRVVTFLR S LRILILVR ...文字列:
MTSVHFNPGL DSKEVNGNSV KEEAEVQIGD GKEETKDPDT MYHQVRKKIT PFVMSFGFRV FGLVLIILDI IMVIVDLSLS EKSRDVGGA LETVSLVISF FFLIDVLLRV YVEGFKVYFS SKLNIVDACI VVITLVVTMI YAFSDFSGAS LIPRVVTFLR S LRILILVR IFRLASQKRE LEKVTRRMVS ENKRRYQKDG FDLDLTYVTE RVIAMSFPSS GKQALYRNPI REVVRFLDTK HM DHYKVFN LCSEKGYDPK FFHYRVERVM IDDHNVPSLD DMLRYTACVR DWMAADSRNV IAIHSKGGKG RTGTMVCTWL IDS DQFESA QESLDYFGER RTDKSMSSKF QGVETPSQSR YVGYYEIMKN QYNRQLPPRK SLKIKSIRIH SIAGVGKGNG SDLK LKIIV KHELVFQCVC AKQHNCTVFP DTGSNAVVIS LQDGPIVTGD VKVMFESSAG LPKGYEDCPF YFWFNTSFVE NYRLF LSRE ELDNPHKPKT WDIYKEDFGV TLSFTEPSNS LEVLFQ

UniProtKB: Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.6 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3TRIS
150.0 mMNaClsodium chloride
5.0 mMEGTAethylene glycol-bis(beta-aminoethyl ether)-N,N,N,N-tetraacetic acid
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3s blot, blot force 1.
詳細VSP reconstituted in MSP2N2 lipid nanodiscs with 2:1:1:0.2 DOPE:POPS:POPC:Brain PI(3,4)P2

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 208690
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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