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万見
- EMDB-45163: Bacteriophage Sf14 Capsid Empty Icosahedral reconstruction -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45163
タイトルBacteriophage Sf14 Capsid Empty Icosahedral reconstruction
マップデータ
試料
  • ウイルス: Shigella phage Sf14 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative structural protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail protein
キーワードSf14 / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Major capsid protein GpE / Phage major capsid protein E / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Major capsid protein GpE / Phage major capsid protein E / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative tail protein / Major capsid protein / Putative structural protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella phage Sf14 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Subramanian S / Kerns HR / Braverman SG / Doore SM
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI170608 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116789 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: The structure of Shigella virus Sf14 reveals the presence of two decoration proteins and two long tail fibers.
著者: Sundharraman Subramanian / Hailey R Kerns / Samantha G Braverman / Sarah M Doore /
要旨: Bacteriophage Sf14 infects the human pathogen Shigella flexneri. A previous low-resolution structure suggested the presence of a decoration protein on its T = 9 icosahedral capsid. Here, we ...Bacteriophage Sf14 infects the human pathogen Shigella flexneri. A previous low-resolution structure suggested the presence of a decoration protein on its T = 9 icosahedral capsid. Here, we determined high-resolution structures of the Sf14 capsid and neck, along with a moderate-resolution structure of the whole Sf14 tail and baseplate. These structures indicate the capsid has not one, but two different types of decoration proteins: a trimeric β-tulip lattice that covers the entire capsid and a set of Hoc-like proteins that bind preferentially to hexamers at the quasi-3-fold axes of symmetry. The neck also contains two sets of whiskers oriented in opposite directions, and the tail has two types of long tail fibers which may bind different receptors. Based on homology and phylogenetic analysis, Sf14 may be the product of multiple horizontal gene transfer events. The structures presented here can be used to investigate further hypotheses of phage structure-function relationships and structural diversity.
履歴
登録2024年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45163.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45163.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.22 Å/pix.
x 1000 pix.
= 1224. Å		1.22 Å/pix.
x 1000 pix.
= 1224. Å		1.22 Å/pix.
x 1000 pix.
= 1224. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.224 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.651
最小 - 最大-2.864013 - 5.9227223
平均 (標準偏差)0.00069008296 (±0.24873541)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-499-499-499
サイズ100010001000
Spacing100010001000
セルA=B=C: 1224.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45163_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45163_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45163_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Shigella phage Sf14

全体名称: Shigella phage Sf14 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Shigella phage Sf14 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative structural protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail protein

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超分子 #1: Shigella phage Sf14

超分子名称: Shigella phage Sf14 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2024304 / 生物種: Shigella phage Sf14 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella phage Sf14 (ファージ)
分子量理論値: 41.595992 KDa
組換発現生物種: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)
配列文字列: MLTNSEKSRF FLADLTGEVQ SIPNTYGYIS GLGLFRSAPQ TQTTFLMDLT DWDISLLDAV DRTSRKAETS APERVRQISF PMMYFKEVE SITPDEIQGV RQPGTANELT TEAVVRAKKL MKIRTKFDIT REFLFMQALK GKVIDANGVL YADLYKQFDV T KKTIYFDL ...文字列:
MLTNSEKSRF FLADLTGEVQ SIPNTYGYIS GLGLFRSAPQ TQTTFLMDLT DWDISLLDAV DRTSRKAETS APERVRQISF PMMYFKEVE SITPDEIQGV RQPGTANELT TEAVVRAKKL MKIRTKFDIT REFLFMQALK GKVIDANGVL YADLYKQFDV T KKTIYFDL DNPNSDIDAH IEDLRMHMED EAKTGTVING EEIHIVVDRT FFSKLIKHPK IRDAYLAQQT PLAWQQITGS LR TGGTDGV QAHMNRFYYG GVVFVQYNGK FKDKRGKTHT LVSIDGVSDT NVGVGHAFPN VAMLGEANNI FEVAYAPCPK MGY ANTLGQ ELYVFEYEKD RDEGIDFEAH SYMLPYCTRP QLLVDVRSDA E

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #2: Putative structural protein

分子名称: Putative structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella phage Sf14 (ファージ)
分子量理論値: 13.574381 KDa
組換発現生物種: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)
配列文字列:
MAYQGFTKLG EREPLNDIIL WEEITPTGHS RKEYAPVAST EYRVGEVLKA DGSKVAAGQE AQADSVCIVN FYADLQLSYH GQLKVVGIY RDAELKDLLK LESGVDAAAV KSALKAKGID FVPTGL

UniProtKB: Putative structural protein

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分子 #3: Putative tail protein

分子名称: Putative tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella phage Sf14 (ファージ)
分子量理論値: 39.336539 KDa
組換発現生物種: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)
配列文字列: MIKAKTYPDF KEFVKDFVAN VKAGKRYDFR KYQEAVLPLT YSSPWPESDI PEVTDFNYTP DYTVPFSEEL LYSVGAQMRT ADFFMDLQY AIINGKDVDT VYCEWLARVK PFSMLNAKLK DSAQPPVITT QPTGGAVNEG SAINLSIVAT NATSYQWKKG S SDISGATS ...文字列:
MIKAKTYPDF KEFVKDFVAN VKAGKRYDFR KYQEAVLPLT YSSPWPESDI PEVTDFNYTP DYTVPFSEEL LYSVGAQMRT ADFFMDLQY AIINGKDVDT VYCEWLARVK PFSMLNAKLK DSAQPPVITT QPTGGAVNEG SAINLSIVAT NATSYQWKKG S SDISGATS ATYTKAGAVP ADAGSYTCVV TNDVGSTTSD AAVITINPLP VITTQPTSKA VNESSTLTLS VVATGATSYQ WK KNGTNIS GATSATYSKA NAKTTDAGSY TCVVTNAVGS VTSNAATVTI NPLPVITVQP QDQDLTVGQT LTISITATGA TGY QWRKGN SNISGATSAT YTKASVTTAD DGNYDCVVTN AVGSVTSHQA KVQVTA

UniProtKB: Putative tail protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
10.0 mMMgCl2magnesium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 33.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Full capsid was used as the initial model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98511
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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