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- EMDB-45096: The FBF-2/LST-1/gld-1 RNA complex (one FBF-2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45096
タイトルThe FBF-2/LST-1/gld-1 RNA complex (one FBF-2)
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of FBF-2 with LST-1 and RNA
    • タンパク質・ペプチド: FBF-2
    • タンパク質・ペプチド: LST-1
    • RNA: gld-1 RNA
キーワードPumillio RNA-binding protein / RNA BINDING PROTEIN
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ) / Caenorhabditis elegans/Monacrosporium haptotylum mixed EST library (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Qiu C / Hall TMT
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A higher order PUF complex is central to regulation of C. elegans germline stem cells.
著者: Chen Qiu / Sarah L Crittenden / Brian H Carrick / Lucas B Dillard / Stephany J Costa Dos Santos / Venkata P Dandey / Robert C Dutcher / Elizabeth G Viverette / Robert N Wine / Jennifer ...著者: Chen Qiu / Sarah L Crittenden / Brian H Carrick / Lucas B Dillard / Stephany J Costa Dos Santos / Venkata P Dandey / Robert C Dutcher / Elizabeth G Viverette / Robert N Wine / Jennifer Woodworth / Zachary T Campbell / Marvin Wickens / Mario J Borgnia / Judith Kimble / Traci M Tanaka Hall /
要旨: PUF RNA-binding proteins are broadly conserved stem cell regulators. Nematode PUF proteins maintain germline stem cells (GSCs) and, with key partner proteins, repress differentiation mRNAs, including ...PUF RNA-binding proteins are broadly conserved stem cell regulators. Nematode PUF proteins maintain germline stem cells (GSCs) and, with key partner proteins, repress differentiation mRNAs, including gld-1. Here we report that PUF protein FBF-2 and its partner LST-1 form a ternary complex that represses gld-1 via a pair of adjacent FBF binding elements (FBEs) in its 3'UTR. One LST-1 molecule links two FBF-2 molecules via motifs in the LST-1 intrinsically-disordered region; the gld-1 FBE pair includes a well-established 'canonical' FBE and a newly-identified noncanonical FBE. Remarkably, this FBE pair drives both full RNA repression in GSCs and full RNA activation upon differentiation. Discoveries of the LST-1-FBF-2 ternary complex, the gld-1 adjacent FBEs, and their in vivo significance predict an expanded regulatory repertoire of different assemblies of PUF-partner-RNA higher order complexes in nematode GSCs. This also suggests analogous PUF controls may await discovery in other biological contexts and organisms.
履歴
登録2024年5月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45096.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45096.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279.6 Å		0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279.6 Å		0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.2590383 - 1.9044749
平均 (標準偏差)-0.00005993427 (±0.03579487)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 279.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45096_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45096_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of FBF-2 with LST-1 and RNA

全体名称: Ternary complex of FBF-2 with LST-1 and RNA
要素
  • 複合体: Ternary complex of FBF-2 with LST-1 and RNA
    • タンパク質・ペプチド: FBF-2
    • タンパク質・ペプチド: LST-1
    • RNA: gld-1 RNA

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超分子 #1: Ternary complex of FBF-2 with LST-1 and RNA

超分子名称: Ternary complex of FBF-2 with LST-1 and RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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分子 #1: FBF-2

分子名称: FBF-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans/Monacrosporium haptotylum mixed EST library (センチュウ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSNNVLPTWS LDSNGEMRSR LSLSEVLDSG DLMKFAVDKT GCQFLEKAVK GSLTSYQKFQ LFEQVIGRKD DFLKLSTNIF GNYLVQSVIG ISLATNDDGY TKRQEKLKNF ISSQMTDMCL DKFACRVIQS SLQNMDLSLA CKLVQALPRD ARLIAICVDQ NANHVIQKVV ...文字列:
GSNNVLPTWS LDSNGEMRSR LSLSEVLDSG DLMKFAVDKT GCQFLEKAVK GSLTSYQKFQ LFEQVIGRKD DFLKLSTNIF GNYLVQSVIG ISLATNDDGY TKRQEKLKNF ISSQMTDMCL DKFACRVIQS SLQNMDLSLA CKLVQALPRD ARLIAICVDQ NANHVIQKVV AVIPLKNWEF IVDFVATPEH LRQICSDKYG CRVVQTIIEK LTADSMNVDL TSAAQNLRER ALQRLMTSVT NRCQELATNE YANYIIQHIV SNDDLAVYRE CIIEKCLMRN LLSLSQEKFA SHVVEKAFLH APLELLAEMM DEIFDGYIPH PDTGKDALDI MMFHQFGNYV VQCMLTICCD AVSGRRQTKE GGYDHAISFQ DWLKKLHSRV TKERHRLSRF SSGKKMIETL ANLRSTHPIY ELQ

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分子 #2: LST-1

分子名称: LST-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSNSTIAYSK SQHEAPKQLL QLRSEIKPLI PLNQPSNFWE SSQDSGVLSS LSSSPQQRSG LRSQKLHLTY IEKNKRVRAM IPQ

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分子 #3: gld-1 RNA

分子名称: gld-1 RNA / タイプ: rna / ID: 3
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列:
AUCAUGUGCC AUACAUCAUG UUGCCAUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl, and 2 mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 252126
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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