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- EMDB-45082: piggyBat transposase protein-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45082
タイトルpiggyBat transposase protein-DNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: piggyBat-LE44
    • DNA: DNA (35-MER)
    • DNA: DNA (35-MER)
    • タンパク質・ペプチド: piggyBat transposase
  • リガンド: ZINC ION
キーワードtransposase / piggyBat / piggyBac-like element / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
生物種Myotis lucifugus (トビイロホオヒゲコウモリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Lannes L / Hickman AB / Dyda F
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Activity of the mammalian DNA transposon piggyBat from Myotis lucifugus is restricted by its own transposon ends.
著者: Alison B Hickman / Laurie Lannes / Christopher M Furman / Christina Hong / Lidiya Franklin / Rodolfo Ghirlando / Arpita Ghosh / Wentian Luo / Parthena Konstantinidou / Hernán A Lorenzi / ...著者: Alison B Hickman / Laurie Lannes / Christopher M Furman / Christina Hong / Lidiya Franklin / Rodolfo Ghirlando / Arpita Ghosh / Wentian Luo / Parthena Konstantinidou / Hernán A Lorenzi / Anne Grove / Astrid D Haase / Matthew H Wilson / Fred Dyda /
要旨: Members of the piggyBac superfamily of DNA transposons are widely distributed in host genomes ranging from insects to mammals. The human genome has retained five piggyBac-derived genes as ...Members of the piggyBac superfamily of DNA transposons are widely distributed in host genomes ranging from insects to mammals. The human genome has retained five piggyBac-derived genes as domesticated elements although they are no longer mobile. Here, we have investigated the transposition properties of piggyBat from Myotis lucifugus, the only known active mammalian DNA transposon, and show that its low activity in human cells is due to subterminal inhibitory DNA sequences. Activity can be dramatically improved by their removal, suggesting the existence of a mechanism for the suppression of transposon activity. The cryo-electron microscopy structure of the piggyBat transposase pre-synaptic complex showed an unexpected mode of DNA binding and recognition using C-terminal domains that are topologically different from those of the piggyBac transposase. Here we show that structure-based rational re-engineering of the transposase through the removal of putative phosphorylation sites and a changed domain organization - in combination with truncated transposon ends - results in a transposition system that is at least 100-fold more active than wild-type piggyBat.
履歴
登録2024年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45082.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45082.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 240 pix.
= 206.4 Å		0.86 Å/pix.
x 240 pix.
= 206.4 Å		0.86 Å/pix.
x 240 pix.
= 206.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.00748902 - 0.019936305
平均 (標準偏差)0.00007779968 (±0.00094698474)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 206.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45082_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45082_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : piggyBat-LE44

全体名称: piggyBat-LE44
要素
  • 複合体: piggyBat-LE44
    • DNA: DNA (35-MER)
    • DNA: DNA (35-MER)
    • タンパク質・ペプチド: piggyBat transposase
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: piggyBat-LE44

超分子名称: piggyBat-LE44 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Myotis lucifugus (トビイロホオヒゲコウモリ)

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分子 #1: DNA (35-MER)

分子名称: DNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Myotis lucifugus (トビイロホオヒゲコウモリ)
分子量理論値: 10.868982 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC) (DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)

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分子 #2: DNA (35-MER)

分子名称: DNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Myotis lucifugus (トビイロホオヒゲコウモリ)
分子量理論値: 10.668859 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)

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分子 #3: piggyBat transposase

分子名称: piggyBat transposase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Myotis lucifugus (トビイロホオヒゲコウモリ)
分子量理論値: 67.609297 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GGGGSGMAQH SDYSDDEFCA DKLSNYSCDS DLENASTSDE DSSDDEVMVR PRTLRRRRIS SSSSDSESDI EGGREEWSHV DNPPVLEDF LGHQGLNTDA VINNIEDAVK LFIGDDFFEF LVEESNRYYN QNRNNFKLSK KSLKWKDITP QEMKKFLGLI V LMGQVRKD ...文字列:
GGGGSGMAQH SDYSDDEFCA DKLSNYSCDS DLENASTSDE DSSDDEVMVR PRTLRRRRIS SSSSDSESDI EGGREEWSHV DNPPVLEDF LGHQGLNTDA VINNIEDAVK LFIGDDFFEF LVEESNRYYN QNRNNFKLSK KSLKWKDITP QEMKKFLGLI V LMGQVRKD RRDDYWTTEP WTETPYFGKT MTRDRFRQIW KAWHFNNNAD IVNESDRLCK VRPVLDYFVP KFINIYKPHQ QL SLDEGIV PWRGRLFFRV YNAGKIVKYG ILVRLLCESD TGYICNMEIY CGEGKRLLET IQTVVSPYTD SWYHIYMDNY YNS VANCEA LMKNKFRICG TIRKNRGIPK DFQTISLKKG ETKFIRKNDI LLQVWQSKKP VYLISSIHSA EMEESQNIDR TSKK KIVKP NALIDYNKHM KGVDRADQYL SYYSILRRTV KWTKRLAMYM INCALFNSYA VYKSVRQRKM GFKMFLKQTA IHWLT DDIP EDMDIVPDLQ PVPSTSGMRA KPPTSDPPCR LSMDMRKHTL QAIVGSGKKK NILRRCRVCS VHKLRSETRY MCKFCN IPL HKGACFEKYH TLKNY

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 16.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 162244
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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