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- PDB-9c0f: piggyBat transposase protein-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c0f
タイトルpiggyBat transposase protein-DNA complex
要素
  • (DNA (35-MER)) x 2
  • piggyBat transposase
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / transposase / piggyBat / piggyBac-like element / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Myotis lucifugus (トビイロホオヒゲコウモリ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Lannes, L. / Hickman, A.B. / Dyda, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Activity of the mammalian DNA transposon piggyBat from Myotis lucifugus is restricted by its own transposon ends.
著者: Alison B Hickman / Laurie Lannes / Christopher M Furman / Christina Hong / Lidiya Franklin / Rodolfo Ghirlando / Arpita Ghosh / Wentian Luo / Parthena Konstantinidou / Hernán A Lorenzi / ...著者: Alison B Hickman / Laurie Lannes / Christopher M Furman / Christina Hong / Lidiya Franklin / Rodolfo Ghirlando / Arpita Ghosh / Wentian Luo / Parthena Konstantinidou / Hernán A Lorenzi / Anne Grove / Astrid D Haase / Matthew H Wilson / Fred Dyda /
要旨: Members of the piggyBac superfamily of DNA transposons are widely distributed in host genomes ranging from insects to mammals. The human genome has retained five piggyBac-derived genes as ...Members of the piggyBac superfamily of DNA transposons are widely distributed in host genomes ranging from insects to mammals. The human genome has retained five piggyBac-derived genes as domesticated elements although they are no longer mobile. Here, we have investigated the transposition properties of piggyBat from Myotis lucifugus, the only known active mammalian DNA transposon, and show that its low activity in human cells is due to subterminal inhibitory DNA sequences. Activity can be dramatically improved by their removal, suggesting the existence of a mechanism for the suppression of transposon activity. The cryo-electron microscopy structure of the piggyBat transposase pre-synaptic complex showed an unexpected mode of DNA binding and recognition using C-terminal domains that are topologically different from those of the piggyBac transposase. Here we show that structure-based rational re-engineering of the transposase through the removal of putative phosphorylation sites and a changed domain organization - in combination with truncated transposon ends - results in a transposition system that is at least 100-fold more active than wild-type piggyBat.
履歴
登録2024年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (35-MER)
B: DNA (35-MER)
C: piggyBat transposase
D: piggyBat transposase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,0188
ポリマ－156,7564
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: DNA鎖 DNA (35-MER)


分子量: 10868.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Myotis lucifugus (トビイロホオヒゲコウモリ)
#2: DNA鎖 DNA (35-MER)


分子量: 10668.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Myotis lucifugus (トビイロホオヒゲコウモリ)
#3: タンパク質 piggyBat transposase


分子量: 67609.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myotis lucifugus (トビイロホオヒゲコウモリ)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: piggyBat-LE44 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Myotis lucifugus (トビイロホオヒゲコウモリ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 16.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162244 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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