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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4503 | |||||||||
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タイトル | Human substrate-free CCT | |||||||||
マップデータ | Human substrate-free CCT | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Cuellar J / Santiago C / Ludlam WG / Bueno-Carrasco MT / Valpuesta JM / Willardson BM | |||||||||
資金援助 | 米国, スペイン, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structural and functional analysis of the role of the chaperonin CCT in mTOR complex assembly. 著者: Jorge Cuéllar / W Grant Ludlam / Nicole C Tensmeyer / Takuma Aoba / Madhura Dhavale / César Santiago / M Teresa Bueno-Carrasco / Michael J Mann / Rebecca L Plimpton / Aman Makaju / Sarah ...著者: Jorge Cuéllar / W Grant Ludlam / Nicole C Tensmeyer / Takuma Aoba / Madhura Dhavale / César Santiago / M Teresa Bueno-Carrasco / Michael J Mann / Rebecca L Plimpton / Aman Makaju / Sarah Franklin / Barry M Willardson / José M Valpuesta / 要旨: The mechanistic target of rapamycin (mTOR) kinase forms two multi-protein signaling complexes, mTORC1 and mTORC2, which are master regulators of cell growth, metabolism, survival and autophagy. Two ...The mechanistic target of rapamycin (mTOR) kinase forms two multi-protein signaling complexes, mTORC1 and mTORC2, which are master regulators of cell growth, metabolism, survival and autophagy. Two of the subunits of these complexes are mLST8 and Raptor, β-propeller proteins that stabilize the mTOR kinase and recruit substrates, respectively. Here we report that the eukaryotic chaperonin CCT plays a key role in mTORC assembly and signaling by folding both mLST8 and Raptor. A high resolution (4.0 Å) cryo-EM structure of the human mLST8-CCT intermediate isolated directly from cells shows mLST8 in a near-native state bound to CCT deep within the folding chamber between the two CCT rings, and interacting mainly with the disordered N- and C-termini of specific CCT subunits of both rings. These findings describe a unique function of CCT in mTORC assembly and a distinct binding site in CCT for mLST8, far from those found for similar β-propeller proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4503.map.gz | 66.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4503-v30.xml emd-4503.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4503_fsc.xml | 9.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4503.png | 185.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4503 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4503 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4503.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Human substrate-free CCT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.89 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human substrate-free CCT
全体 | 名称: Human substrate-free CCT |
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要素 |
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-超分子 #1: Human substrate-free CCT
超分子 | 名称: Human substrate-free CCT / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8 詳細: we have characterized the eukaryotic chaperonin CCT (1 MDa; formed by two copies of eight homologous subunits) |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T |
分子量 | 実験値: 1 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3292 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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