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万見
- EMDB-44980: Double helical structure of influenza D RNP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44980
タイトルDouble helical structure of influenza D RNP complex
マップデータsymmetrized and sharpened map of the double helix
試料
  • 複合体: influenza D virus RNP complex
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein of influenza D virus
    • RNA: FluD-NS vRNA
キーワードInfluenza / Ribonucleoprotein complex / nucleoprotein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å
データ登録者Peng R / Chang Y-W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
David and Lucile Packard Foundation2019-69645 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Double helical structure of influenza D RNP complex
著者: Peng R / Chang Y-W
履歴
登録2024年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44980.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44980.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈symmetrized and sharpened map of the double helix
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.16 Å/pix.
x 128 pix.
= 276.48 Å		2.16 Å/pix.
x 128 pix.
= 276.48 Å		2.16 Å/pix.
x 128 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.00012649185 - 1.21623
平均 (標準偏差)0.025463268 (±0.10735083)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: postprocess sharpened map from half maps

ファイルemd_44980_additional_1.map
注釈postprocess sharpened map from half maps
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: double helix composite map from local refinement

ファイルemd_44980_additional_2.map
注釈double helix composite map from local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: double helix half map 2

ファイルemd_44980_half_map_1.map
注釈double helix half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: double helix half map 1

ファイルemd_44980_half_map_2.map
注釈double helix half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : influenza D virus RNP complex

全体名称: influenza D virus RNP complex
要素
  • 複合体: influenza D virus RNP complex
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein of influenza D virus
    • RNA: FluD-NS vRNA

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超分子 #1: influenza D virus RNP complex

超分子名称: influenza D virus RNP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 2 MDa

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分子 #1: Nucleoprotein of influenza D virus

分子名称: Nucleoprotein of influenza D virus / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDSTKAQTPE EQRAKNAKTI LENIQIYERM CDLFGVSEDD KLIIENSISI ERMIRVVTDK KYQDKKLKNA GSDPEKIANA GKVFCRLVE STAGKCSARL GMALKPNVEA VLTDVLGNEL DRAAVLGKRM GFSAMFKSNL EEVLYQRGKN QLKKRNAAET F TLSQGASL ...文字列:
MDSTKAQTPE EQRAKNAKTI LENIQIYERM CDLFGVSEDD KLIIENSISI ERMIRVVTDK KYQDKKLKNA GSDPEKIANA GKVFCRLVE STAGKCSARL GMALKPNVEA VLTDVLGNEL DRAAVLGKRM GFSAMFKSNL EEVLYQRGKN QLKKRNAAET F TLSQGASL EARFRPIMEK HLGVGTVVAS IKNILASKKN GNYRNKMVRK PGGNRESWSP LEREISFLNK KLFPGPMRQL CK KFEYLNE QEKQLALNLM LDASLILKPQ VTHKMIMPWS MWLAVKKYAE MNKGSPSLED LAAYSGVRAF MAFNTACYMS KFT IGKGIV GDAEIMENGN DKMQTLAMAC FGLAYEDTGI VAAMISQPMK KRYQLRVGNF NPPEKGTIKG TSAGYFHKWA EFGN RLPFN SFGTGESKQI SNSGVFAVQR PSTTNIQRLA ELMARNTGET SDNFTQLVQK IREQVGAFAD QKANLREFTG GYIYD ITDV TKSNPKIPQL GGDSFFFEFT GSDVPRTGAK RRVGGADDVT PGTSQPKKRG RQGAGAESSM DIETVGED

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分子 #2: FluD-NS vRNA

分子名称: FluD-NS vRNA / タイプ: rna / ID: 2
由来(天然)生物種: Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
配列文字列: AGCAGUAGCA AGGGGUUUUU UCAUACUAAA GAACGAAUAC AUUCUUUUAA CAUUGAAAUU GUUCUCGAAA CUGACUUGAU UUCAUCCAAA GCGGCCCUCA UAUCCUGGUU AGUCAAAGAG UUCACCAUCG CUACUCCCAG CUUGGAUUUC AACCUUAUCA AUGACACCAA ...文字列:
AGCAGUAGCA AGGGGUUUUU UCAUACUAAA GAACGAAUAC AUUCUUUUAA CAUUGAAAUU GUUCUCGAAA CUGACUUGAU UUCAUCCAAA GCGGCCCUCA UAUCCUGGUU AGUCAAAGAG UUCACCAUCG CUACUCCCAG CUUGGAUUUC AACCUUAUCA AUGACACCAA GCAACUCCUG AACCUCUCCA GUAGUUGCGC CUUCUCUUCU CCAGAAGGGA UCUGUUUCAC AUCCAGAUUU GUAUCGUCUG AUUUCAUCUC UAGAUUCCGC AUCAACGGCA ACAACAAGUC CACUUCUCCA AAUUCUGAGU AUCUUUCGUA CUGACUUCUC UGGGUCAUCU CCUCUACGGA AAUUCUUAAG GCAGUAAGCU GGUUUCUCAG UGUUUCUGCA AAAGAGCACA AUGAUUUCUC CCAUGUCGGU CACUAAUAGU UCAGCAGUUU UUACAAAGCA AUUGCAGUUC CGAUAUUUUA CUCCAAAGAC UUCUCCUUGU CUUAUGAGCU UUGGCUCAUA CAGAGUGUCA AUGGUACAUG GGCUUAGAUA GAAAGGGUUU CCUCCUAAGG GAUAGAUAAU GUUCUUCCCC AAUUCAACAG CAUGAGUCUC CUCUGGUUUU CUUAAGGCAG CAAUAGUAGU GAAUCCUAGA AUUUCUCUAC CUUCAGCCAC UGCAUCUUCC CAAGUUCUCG GUUCAUAAAC CUGUUCGACU CUCAGUGAAU UCUCAGCAGA CUUUCUCAUU UUCUCGAAAG UCAUUAACCC AGAGGAAUCC AUCCAGCUGG CUGCGCCCAA UGCCAAUUCG GAGAUUGCUG CUCUGAUAUU UGUUGUGUUC ACUGACUUAU UUUCAGACAU AUUGAAAUUG UACACCCCUG CUUAUGCU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1x PBS
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 26.87 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 61.64 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D1 (2回x1回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 44679
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
Segment selection選択した数: 3500000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5n2u


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: cross correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9c4h:
Double helical structure of influenza D RNP complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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