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- EMDB-44931: Cryogenic electron microscopy model of talin with alternate FABD ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44931
タイトルCryogenic electron microscopy model of talin with alternate FABD conformation
マップデータFInal volume
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Talin monomer
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein, Talin-1
キーワードTalin / focal adhesion / f-actin binding / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / LIM domain binding / Smooth Muscle Contraction / Platelet degranulation / cortical microtubule organization / vinculin binding ...GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / LIM domain binding / Smooth Muscle Contraction / Platelet degranulation / cortical microtubule organization / vinculin binding / integrin activation / cell-substrate junction assembly / cortical actin cytoskeleton organization / phosphatidylserine binding / ruffle / phosphatidylinositol binding / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / structural constituent of cytoskeleton / ruffle membrane / actin filament binding / integrin binding / cytoskeleton / cell adhesion / focal adhesion / cell surface / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain ...Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin, N-terminal F0 domain / : / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Talin IBS2B domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Izard T / Rangarajan ES
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: High-resolution snapshots of talin auto-inhibitory states
著者: Izard T / Rangarajan ES
履歴
登録2024年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年10月2日-
現状2024年10月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44931.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44931.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈FInal volume
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368.64 Å		1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368.64 Å		1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.152 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.218
最小 - 最大-0.6793137 - 1.1524068
平均 (標準偏差)-0.00031288285 (±0.022471208)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 368.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44931_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_44931_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_44931_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Talin monomer

全体名称: Talin monomer
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Talin monomer
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein, Talin-1

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超分子 #1: Talin monomer

超分子名称: Talin monomer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Green fluorescent protein, Talin-1

分子名称: Green fluorescent protein, Talin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他)
配列文字列: MHHHHHHHHH HMVSKGEELF TGVVPILVEL DGDVNGHKFS VSGEGEGDAT YGKLTLKFIC TTGKLPVPWP TLVTTLTYGV QCFSRYPDHM KQHDFFKSAM PEGYVQERTI FFKDDGNYKT RAEVKFEGDT LVNRIELKGI DFKEDGNILG HKLEYNYNSH NVYIMADKQK ...文字列:
MHHHHHHHHH HMVSKGEELF TGVVPILVEL DGDVNGHKFS VSGEGEGDAT YGKLTLKFIC TTGKLPVPWP TLVTTLTYGV QCFSRYPDHM KQHDFFKSAM PEGYVQERTI FFKDDGNYKT RAEVKFEGDT LVNRIELKGI DFKEDGNILG HKLEYNYNSH NVYIMADKQK NGIKVNFKIR HNIEDGSVQL ADHYQQNTPI GDGPVLLPDN HYLSTQSALS KDPNEKRDHM VLLEFVTAAG ITLGMDELYK GSLEVLFQGP AAAMVALSLK ISIGNVVKTM QFEPSTMVYD ACRMIRERIP EALAGPPNDF GLFLSDDDPK KGIWLEAGKA LDYYMLRNGD TMEYRKKQRP LKIRMLDGTV KTIMVDDSKT VTDMLMTICA RIGITNHDEY SLVRELMEEK KDEGTGTLRK DKTLLRDEKK MEKLKQKLHT DDELNWLDHG RTLREQGVEE HETLLLRRKF FYSDQNVDSR DPVQLNLLYV QARDDILNGS HPVSFDKACE FAGFQCQIQF GPHNEQKHKA GFLDLKDFLP KEYVKQKGER KIFQAHKNCG QMSEIEAKVR YVKLARSLKT YGVSFFLVKE KMKGKNKLVP RLLGITKECV MRVDEKTKEV IQEWSLTNIK RWAASPKSFT LDFGDYQDGY YSVQTTEGEQ IAQLIAGYID IILKKKKSKD HFGLEGDEES TMLEDSVSPK KSTVLQQQYN RVGKVEHGSV ALPAIMRSGA SGPENFQVGS MPPAQQQITS GQMHRGHMPP LTSAQQALTG TINSSMQAVQ AAQATLDDFE TLPPLGQDAA SKAWRKNKMD ESKHEIHSQV DAITAGTASV VNLTAGDPAE TDYTAVGCAV TTISSNLTEM SRGVKLLAAL LEDEGGNGRP LLQAAKGLAG AVSELLRSAQ PASAEPRQNL LLAAGNVGQA SGELLQQIGE SDTDPHFQDV LMQLANAVAS AAAALVLKAK SVAQRTEDSG LQTQVIAAAT QCALSTSQLV ACTKVVAPTI SSPVCQEQLV EAGRLVAKAV EGCVSASQAA TEDGQLLRGV GAAATAVTQA LNELLQHVKA HATGAGPAGR YDQATDTILT VTENIFSSMG DAGEMVRQAR ILAQATSDLV NAIKADAEGE SDLENSRKLL SAAKILADAT AKMVEAAKGA AAHPDSEEQQ QRLREAAEGL RMATNAAAQN AIKKKLVQRL EHAAKQAAAS ATQTIAAAQH AASAPKASAG PQPLLVQSCK AVAEQIPLLV QGVRGSQAQP DSPSAQLALI AASQSFLQPG GKMVAAAKAS VPTIQDQASA MQLSQCAKNL GTALAELRTA AQKAQEACGP LEMDSALSVV QNLEKDLQEI KAAARDGKLK PLPGETMEKC TQDLGNSTKA VSSAIAKLLG EIAQGNENYA GIAARDVAGG LRSLAQAARG VAALTSDPAV QAIVLDTASD VLDKASSLIE EAKKASGHPG DPESQQRLAQ VAKAVTQALN RCVSCLPGQR DVDNALRAVG DASKRLLSDL LPPSTGTFQE AQSRLNEAAA GLNQAATELV QASRGTPQDL ARASGRFGQD FSTFLEAGVE MAGQAPSQED RAQVVSNLKG ISMSSSKLLL AAKALSTDPA SPNLKSQLAA AARAVTDSIN QLITMCTQQA PGQKECDNAL RQLETVRELL ENPVQPINDM SYFGCLDSVM ENSKVLGEAM TGISQNAKNG NLPEFGDAIA TASKALCGFT EAAAQAAYLV GVSDPNSQAG QQGLVEPTQF ARANQAIQMA CQSLGEPGCT QAQVLSAATI VAKHTSALCN SCRLASARTA NPTAKRQFVQ SAKEVANSTA NLVKTIKALD GDFTEENRAQ CRAATAPLLE AVDNLSAFAS NPEFSSVPAQ ISPEGRAAME PIVISAKTML ESAGGLIQTA RALAVNPRDP PRWSVLAGHS RTVSDSIKKL ITSMRDKAPG QLECETAIAA LNSCLRDLDQ ASLAAVSQQL APREGISQEA LHTQMLTAVQ EISHLIEPLA SAARAEASQL GHKVSQMAQY FEPLTLAAVG AASKTLSHPQ QMALLDQTKT LAESALQLLY TAKEAGGNPK QAAHTQEALE EAVQMMTEAV EDLTTTLNEA ASAAGVVGGM VDSITQAINQ LDEGPMGDPE GSFVDYQTTM VRTAKAIAVT VQEMVTKSNT SPEELGPLAN QLTSDYGRLA SQAKPAAVAA ENEEIGAHIK HRVQELGHGC SALVTKAGAL QCSPSDVYTK KELIECARRV SEKVSHVLAA LQAGNRGTQA CITAASAVSG IIADLDTTIM FATAGTLNRE GAETFADHRE GILKTAKVLV EDTKVLVQNA AGSQEKLAQA AQSSVATITR LADVVKLGAA SLGAEDPETQ VVLINAVKDV AKALGDLISA TKAAAGKVGD DPAVWQLKNS AKVMVTNVTS LLKTVKAVED EATKGTRALE ATTEHIRQEL AVFCSPEPPA KTSTPEDFIR MTKGITMATA KAVAAGNSCR QEDVIATANL SRRAIADMLR ACKEAAFHPE VAPDVRLRAL HYGRECANGY LELLDHVLLT LQKPNPDLKQ QLTGHSKRVA GSVTELIQAA EAMKGTEWVD PEDPTVIAEN ELLGAAAAIE AAAKKLEQLK PRAKPKEADE SLNFEEQILE AVKSIAAATS ALVKAASAAQ RELVAQGKVG AIPANALDDG QWSQGLISAA RMVAAATNNL CEAANAAVQG HASQEKLISS AKQVAASTAQ LLVACKVKAD QDSEAMKRLQ AAGNAVKRAS DNLVKAAQKA AAFEDQENET VVVKEKMVGG IAQIIAAQEE MLRKERELEE ARKKLAQIRQ QQYKFLPSEL RDEH

UniProtKB: Talin-1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Au-flat 1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6r9t

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 61926
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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