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- EMDB-44903: Vaccine elicited Fab c115.131 with influenza H10 JD13 HA trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44903
タイトルVaccine elicited Fab c115.131 with influenza H10 JD13 HA trimer
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: Vaccine elicited Fab c115.131 with influenza H10 JD13 HA trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
    • タンパク質・ペプチド: Fab c115.131 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab c115.131 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードVaccine / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å
データ登録者Gorman J / Kwong PD
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Simons FoundationSF349247 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2025
タイトル: Vaccination with different group 2 influenza subtypes alters epitope targeting and breadth of hemagglutinin stem-specific human B cells.
著者: Grace E Mantus / Ankita J Chopde / Jason Gorman / Lauren Y Cominsky / Amine Ourahmane / Adrian Creanga / Geoffrey D Shimberg / Rebecca A Gillespie / David J Van Wazer / Tongqing Zhou / ...著者: Grace E Mantus / Ankita J Chopde / Jason Gorman / Lauren Y Cominsky / Amine Ourahmane / Adrian Creanga / Geoffrey D Shimberg / Rebecca A Gillespie / David J Van Wazer / Tongqing Zhou / Suprabhath R Gajjala / Connor Williams / Emma Maestle / Douglas S Reed / Leonid Serebryannyy / Pamela Costner / Lasonji Holman / Joseph P Casazza / Richard A Koup / Lesia K Dropulic / Peter D Kwong / Adrian B McDermott / Masaru Kanekiyo / Sarah F Andrews /
要旨: The conserved influenza hemagglutinin stem, which is a target of cross-neutralizing antibodies, is now used in vaccine strategies focused on protecting against influenza pandemics. Antibody responses ...The conserved influenza hemagglutinin stem, which is a target of cross-neutralizing antibodies, is now used in vaccine strategies focused on protecting against influenza pandemics. Antibody responses to group 1 stem have been extensively characterized, but little is known about group 2. Here, we characterized the stem-specific repertoire of individuals vaccinated with one of three group 2 influenza subtypes (H3, H7, or H10). Epitope mapping revealed two epitope supersites on the group 2 stem. Antibodies targeting the central epitope were broadly cross-reactive, whereas antibodies targeting the lower epitope had narrower breadth but higher potency against H3 subtypes. The ratio of B cells targeting each of the supersites varied with the vaccine subtype, leading to differences in the cross-reactivity of the B cell response. Our findings suggest that vaccine strategies targeting both group 2 stem epitopes would be complementary, eliciting broader and more potent protection against both seasonal and pandemic influenza strains.
履歴
登録2024年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44903.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44903.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 344.32 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 344.32 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 344.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.076 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-0.7601986 - 1.5495586
平均 (標準偏差)0.0022873136 (±0.029893741)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 344.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44903_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: resolve map

ファイルemd_44903_additional_1.map
注釈resolve map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_44903_additional_2.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_44903_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_44903_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vaccine elicited Fab c115.131 with influenza H10 JD13 HA trimer

全体名称: Vaccine elicited Fab c115.131 with influenza H10 JD13 HA trimer
要素
  • 複合体: Vaccine elicited Fab c115.131 with influenza H10 JD13 HA trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
    • タンパク質・ペプチド: Fab c115.131 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab c115.131 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Vaccine elicited Fab c115.131 with influenza H10 JD13 HA trimer

超分子名称: Vaccine elicited Fab c115.131 with influenza H10 JD13 HA trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Hemagglutinin HA1

分子名称: Hemagglutinin HA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 35.569184 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLDKICLGHH AVANGTIVKT LTNEQEEVTN ATETVESTGI NRLCMKGRKH KDLGNCHPIG MLIGTPACDL HLTGMWDTLI ERENAIAYC YPGATVNVEA LRQKIMESGG INKISTGFTY GSSINSAGTT RACMRNGGNS FYAELKWLVS KSKGQNFPQT T NTYRNTDT ...文字列:
GLDKICLGHH AVANGTIVKT LTNEQEEVTN ATETVESTGI NRLCMKGRKH KDLGNCHPIG MLIGTPACDL HLTGMWDTLI ERENAIAYC YPGATVNVEA LRQKIMESGG INKISTGFTY GSSINSAGTT RACMRNGGNS FYAELKWLVS KSKGQNFPQT T NTYRNTDT AEHLIMWGIH HPSSTQEKND LYGTQSLSIS VGSSTYRNNF VPVVGARPQV NGQSGRIDFH WTLVQPGDNI TF SHNGGLI APSRVSKLIG RGLGIQSDAP IDNNCESKCF WRGGSINTRL PFQNLSPRTV GQCPKYVNRR SLMLATGMRN VPE LIQGR

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin HA2

分子名称: Hemagglutinin HA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 26.338871 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLFGAIAGFL ENGWEGMVDG WYGFRHQNAQ GTGQAADYKS TQAAIDQITG KLNRLVEKTN TEFESIESEF SEIEHQIGNV INWTKDSIT DIWTYQAELL VAMENQHTID MADSEMLNLY ERVRKQLRQN AEEDGKGCFE IYHACDDSCM ESIRNNTYDH S QYREEALL ...文字列:
GLFGAIAGFL ENGWEGMVDG WYGFRHQNAQ GTGQAADYKS TQAAIDQITG KLNRLVEKTN TEFESIESEF SEIEHQIGNV INWTKDSIT DIWTYQAELL VAMENQHTID MADSEMLNLY ERVRKQLRQN AEEDGKGCFE IYHACDDSCM ESIRNNTYDH S QYREEALL NRLNINPVTG SGYIPEAPRD GQAYVRKDGE WVLLSTFLGS GLNDIFEAQK IEWHEGHHHH HH

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #3: Fab c115.131 heavy chain

分子名称: Fab c115.131 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.195551 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLLESGGG LVQPGGSLRL SCVASGFTFS AYAMSWVRQA PGKGLEWVSS VSGGGYNTNY ADSVRGRFTA SIDNSKRTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKD RNWDPPYYFD SWGQGTLVTV SS

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分子 #4: Fab c115.131 light chain

分子名称: Fab c115.131 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.640926 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVS SKLAWYQQTP GQAPRLLIYG ASTRATDIPA RFSGSGSGTE FTLTISGLQS EDFAVYYCQ QYNNWPRTFG QGTKLEIK

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2831 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 52.75 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98574
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9bu8:
Vaccine elicited Fab c115.131 with influenza H10 JD13 HA trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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