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万見
- EMDB-44873: EBOV GP/Nanosota-EB2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44873
タイトルEBOV GP/Nanosota-EB2 complex
マップデータunsharpened map of EBOV GP/Nanosota-EB2
試料
  • 複合体: EBOV GP/Nanosota-EB2 complex
    • 複合体: Nanosota-EB2
      • タンパク質・ペプチド: Nanosota-EB2
    • 複合体: EBOV glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
キーワードEBOV glycoprotein / nanobody / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Vicugna pacos (アルパカ) / Ebola virus (エボラウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bu F / Ye G / Liu B / Li F
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089728 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI110700 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI171954 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: EBOV GP/Nanosota-EB2 complex
著者: Bu F / Ye G / Liu B / Li F
履歴
登録2024年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44873.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44873.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened map of EBOV GP/Nanosota-EB2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 320 pix.
= 283.307 Å		0.89 Å/pix.
x 320 pix.
= 283.307 Å		0.89 Å/pix.
x 320 pix.
= 283.307 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88533 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.079
最小 - 最大-0.36039776 - 0.66762775
平均 (標準偏差)0.000036431797 (±0.015687631)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 283.30664 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sharpened map of EBOV GP/Nanosota-EB2

ファイルemd_44873_additional_1.map
注釈sharpened map of EBOV GP/Nanosota-EB2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A of EBOV GP/Nanosota-EB2

ファイルemd_44873_half_map_1.map
注釈half map_A of EBOV GP/Nanosota-EB2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B of EBOV GP/Nanosota-EB2

ファイルemd_44873_half_map_2.map
注釈half map_B of EBOV GP/Nanosota-EB2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EBOV GP/Nanosota-EB2 complex

全体名称: EBOV GP/Nanosota-EB2 complex
要素
  • 複合体: EBOV GP/Nanosota-EB2 complex
    • 複合体: Nanosota-EB2
      • タンパク質・ペプチド: Nanosota-EB2
    • 複合体: EBOV glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose

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超分子 #1: EBOV GP/Nanosota-EB2 complex

超分子名称: EBOV GP/Nanosota-EB2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Nanosota-EB2

超分子名称: Nanosota-EB2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Recombinant nanobody protein
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)

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超分子 #3: EBOV glycoprotein

超分子名称: EBOV glycoprotein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Ebola virus (エボラウイルス)

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分子 #1: Nanosota-EB2

分子名称: Nanosota-EB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
分子量理論値: 15.719111 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG VVQAGGSLRL SCSASGRTFS NYAMAWFRQA PGKDREFAAG INYNGERTAY ADSVKGRFTI SRDDAKNTVY LQMNSLKPE DTAVYSCAAR PWSIANLAYT YDSWGQGTQV TVSSGGQHHH HHHGAYPYDV PDYAS

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分子 #2: Envelope glycoprotein

分子名称: Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus (エボラウイルス)
分子量理論値: 77.812781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGVTGILQLP RDRFKRTSFF LWVIILFQRT FSIPLGVIHN STLQVSDVDK LVCRDKLSST NQLRSVGLNL EGNGVATDVP SATKRWGFR SGVPPKVVNY EAGEWAENCY NLEIKKPDGS ECLPAAPDGI RGFPRCRYVH KVSGTGPCAG DFAFHKEGAF F LYDRLAST ...文字列:
MGVTGILQLP RDRFKRTSFF LWVIILFQRT FSIPLGVIHN STLQVSDVDK LVCRDKLSST NQLRSVGLNL EGNGVATDVP SATKRWGFR SGVPPKVVNY EAGEWAENCY NLEIKKPDGS ECLPAAPDGI RGFPRCRYVH KVSGTGPCAG DFAFHKEGAF F LYDRLAST VIYRGTTFAE GVVAFLILPQ AKKDFFSSHP LREPVNATED PSSGYYSTTI RYQATGFGTN ETEYLFEVDN LT YVQLESR FTPQFLLQLN ETIYTSGKRS NTTGKLIWKV NPEIDTTIGE WAFWETKKNL TRKIRSEELS FTVVSNGAKN ISG QSPART SSDPGTNTTT EDHKIMASEN SSAMVQVHSQ GREAAVSHLT TLATISTSPQ SLTTKPGPDN STHNTPVYKL DISE ATQVE QHHRRTDNDS TASDTPSATT AAGPPKAENT NTSKSTDFLD PATTTSPQNH SETAGNNNTH HQDTGEESAS SGKLG LITN TIAGVAGLIT GGRRTRREAI VNAQPKCNPN LHYWTTQDEG AAIGLAWIPY FGPAAEGIYI EGLMHNQDGL ICGLRQ LAN ETTQALQLFL RATTELRTFS ILNRKAIDFL LQRWGGTCHI LGPDCCIEPH DWTKNITDKI DQIIHDFVDK TLPDQGD ND NWWTGWRQWI PAGIGVTGVI IAVIALFCIC KFVFGSGYIP EAPRDGQAYV RKDGEWVLLS TFLG

UniProtKB: Envelope glycoprotein

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分子 #6: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 404158
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5jq7


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9bsv:
EBOV GP/Nanosota-EB2 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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