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- EMDB-4482: Isolated complex I class refinement from Ovine respiratory superc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4482
タイトルIsolated complex I class refinement from Ovine respiratory supercomplex I+III2
マップデータIsolated complex I class
試料
  • 複合体: Ovine mitochondrial complex I
    • タンパク質・ペプチド: x 44種
  • リガンド: x 9種
キーワードcomplex I / cellular respiration / mitochondria / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / apoptotic mitochondrial changes / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / electron transport coupled proton transport / acyl binding / acyl carrier activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity ...NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / apoptotic mitochondrial changes / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / electron transport coupled proton transport / acyl binding / acyl carrier activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / : / membrane => GO:0016020 / ATP metabolic process / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / FAD binding / regulation of mitochondrial membrane potential / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / circadian rhythm / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / mitochondrial matrix / protein-containing complex binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / : / FAD-binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / FAD binding domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa ...Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / : / FAD-binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / FAD binding domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / START-like domain superfamily / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / SLBB domain / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / Complex 1 LYR protein domain / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / Complex 1 protein (LYR family) / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / PFC0360w protein / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / PFC0360w protein / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / Flavoprotein/dehydrogenase / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Letts JA / Sazanov LA
資金援助 オーストリア, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council701309 オーストリア
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Structures of Respiratory Supercomplex I+III Reveal Functional and Conformational Crosstalk.
著者: James A Letts / Karol Fiedorczuk / Gianluca Degliesposti / Mark Skehel / Leonid A Sazanov /
要旨: The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We ...The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We demonstrate that CoQ trapping in the isolated SC I+III limits complex (C)I turnover, arguing against channeling. The SC structure, resolved at up to 3.8 Å in four distinct states, suggests that CoQ oxidation may be rate limiting because of unequal access of CoQ to the active sites of CIII. CI shows a transition between "closed" and "open" conformations, accompanied by the striking rotation of a key transmembrane helix. Furthermore, the state of CI affects the conformational flexibility within CIII, demonstrating crosstalk between the enzymes. CoQ was identified at only three of the four binding sites in CIII, suggesting that interaction with CI disrupts CIII symmetry in a functionally relevant manner. Together, these observations indicate a more nuanced functional role for the SCs.
履歴
登録2018年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月21日-
マップ公開2019年8月21日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qa9
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4482.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4482.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Isolated complex I class
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 512 pix.
= 716.8 Å		1.4 Å/pix.
x 512 pix.
= 716.8 Å		1.4 Å/pix.
x 512 pix.
= 716.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14 / ムービー #1: 0.14
最小 - 最大-0.2716648 - 1.1688511
平均 (標準偏差)-0.000009972052 (±0.016457152)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 716.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z716.800716.800716.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.2721.169-0.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_4482_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Isolated complex I class. Half map 1.

ファイルemd_4482_half_map_1.map
注釈Isolated complex I class. Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Isolated complex I class. Half map 2.

ファイルemd_4482_half_map_2.map
注釈Isolated complex I class. Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Ovine mitochondrial complex I

全体名称: Ovine mitochondrial complex I
要素
  • 複合体: Ovine mitochondrial complex I
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1
    • タンパク質・ペプチド: NDUFS2
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S3
    • タンパク質・ペプチド: NDUFS7
    • タンパク質・ペプチド: NDUFS8
    • タンパク質・ペプチド: NDUFV3
    • タンパク質・ペプチド: NDUFS6
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S4
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: NDUFB10
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S5
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A3
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B4
    • タンパク質・ペプチド: NDUFA13
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B9
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NDUFC1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: NDUFA1
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

+
超分子 #1: Ovine mitochondrial complex I

超分子名称: Ovine mitochondrial complex I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#44
詳細: Isolated Complex I class from ovine respiratory SC I+III2
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: Mitochondrial inner membrane
分子量理論値: 1.4 MDa

+
分子 #1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 48.678281 KDa
配列文字列: FSGDTTAPKK TSFGSLKDED RIFTNLYGRH DWRLKGAQSR GDWYKTKEIL LKGPDWILGE VKTSGLRGRG GAGFPTGLKW SFMNKPSDG RPKYLVVNAD EGEPGTCKDR EIIRHDPHKL VEGCLVGGRA MGARAAYIYI RGEFYNEASN LQVAIREAYE A GLIGKNAC ...文字列:
FSGDTTAPKK TSFGSLKDED RIFTNLYGRH DWRLKGAQSR GDWYKTKEIL LKGPDWILGE VKTSGLRGRG GAGFPTGLKW SFMNKPSDG RPKYLVVNAD EGEPGTCKDR EIIRHDPHKL VEGCLVGGRA MGARAAYIYI RGEFYNEASN LQVAIREAYE A GLIGKNAC GSGYDFDVFV VRGAGAYICG EETALIESIE GKQGKPRLKP PFPADVGVFG CPTTVANVET VAVSPTICRR GG AWFASFG RERNSGTKLF NISGHVNNPC TVEEEMSVPL KELIEKHAGG VTGGWDNLLA VIPGGSSTPL IPKSVCETVL MDF DALIQA QTGLGTAAVI VMDRSTDIVK AIARLIEFYK HESCGQCTPC REGVDWMNKV MARFVRGDAR PAEIDSLWEI SKQI EGHTI CALGDGAAWP VQGLIRHFRP ELEERMQRFA QQHQARQAAS

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

+
分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 23.840428 KDa
配列文字列: GAGGALFVHR DTPKNNPETP FDFTPENYKR IEAIVKNYPE GHKAAAVLPV LDLAQRQNGW LPISAMNKVA EILQVPPMRV YEVATFYTM YNRKPVGKYH IQVCTTTPCM LRNSDSILEA IQKKLGIKVG ETTPDKLFTL IEVECLGACV NAPMVQINDN Y YEDLTPKD ...文字列:
GAGGALFVHR DTPKNNPETP FDFTPENYKR IEAIVKNYPE GHKAAAVLPV LDLAQRQNGW LPISAMNKVA EILQVPPMRV YEVATFYTM YNRKPVGKYH IQVCTTTPCM LRNSDSILEA IQKKLGIKVG ETTPDKLFTL IEVECLGACV NAPMVQINDN Y YEDLTPKD IEEIIDELKA GKIPKPGPRS GRFSCEPAGG LTSLTEPPKG PGFGVQAGL

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

+
分子 #3: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 77.031156 KDa
配列文字列: TATAASNLIE VFVDGQSVMV EPGTTVLQAC EKVGMQIPRF CYHERLSVAG NCRMCLVEIE KAPKVVAACA MPVMKGWNIL TNSEKTKKA REGVMEFLLA NHPLDCPICD QGGECDLQDQ SMMFGSDRSR FLEGKRAVED KNIGPLVKTI MTRCIQCTRC I RFASEIAG ...文字列:
TATAASNLIE VFVDGQSVMV EPGTTVLQAC EKVGMQIPRF CYHERLSVAG NCRMCLVEIE KAPKVVAACA MPVMKGWNIL TNSEKTKKA REGVMEFLLA NHPLDCPICD QGGECDLQDQ SMMFGSDRSR FLEGKRAVED KNIGPLVKTI MTRCIQCTRC I RFASEIAG VDDLGTTGRG NDMQVGTYIE KMFMSELSGN IIDICPVGAL TSKPYAFTAR PWETRKTESI DVMDAVGSNI VV STRTGEV MRILPRMHED INEEWISDKT RFAYDGLKRQ RLTEPMVRNE KGLLTHTTWE DALSRVAGML QSCQGNDVAA IAG GLVDAE ALIALKDLLN RVDSDTLCTE EVFPTAGAGT DLRSNYLLNT TIAGVEEADV VLLVGTNPRF EAPLFNARIR KSWL HNDLK VALIGSPVDL TYRYDHLGDS PKILQDIASG SHPFSQVLQE AKKPMVVLGS SALQRNDGAA ILAAVSNIAQ KIRTS SGVT GDWKVMNILH RIASQVAALD LGYKPGVEAI RKNPPKMLFL LGADGGCVTR QDLPKDCFIV YQGHHGDVGA PIADVI LPG AAYTEKSATY VNTEGRAQQT KVAVMPPGLA REDWKIIRAL SEIAGMTLPY DTLDQVRNRL EEVSPNLVRY DDVEGAN YF QQASELSKLV NQQLLADPLV PPQLTIKDFY MTDSISRASQ TMAKCVKAVT EGAHAVEEPS IC

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial

+
分子 #4: NDUFS2

分子名称: NDUFS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 49.193273 KDa
配列文字列: ARQWQPDVEW AEQYGGAVMY PTKETAHWKP PPWNDVDPPK DTLVSNLTLN FGPQHPAAHG VLRLVMELSG EMVRKCDPHI GLLHRGTEK LIEYKTYLQA LPYFDRLDYV SMMCNEQAYS LAVEKLLNIQ PPPRAQWIRV LFGEITRLLN HIMAVTTHAL D IGAMTPFF ...文字列:
ARQWQPDVEW AEQYGGAVMY PTKETAHWKP PPWNDVDPPK DTLVSNLTLN FGPQHPAAHG VLRLVMELSG EMVRKCDPHI GLLHRGTEK LIEYKTYLQA LPYFDRLDYV SMMCNEQAYS LAVEKLLNIQ PPPRAQWIRV LFGEITRLLN HIMAVTTHAL D IGAMTPFF WMFEEREKMF EFYERVSGAR MHAAYVRPGG VHQDLPLGLM DDIYEFSKNF SLRIDELEEM LTNNRIWRNR TV DIGVVTA EDALNYGFSG VMLRGSGIQW DLRKTQPYDV YDQVEFDVPI GSRGDCYDRY LCRVEEMRQS IRIISQCLNK MPP GEIKVD DAKVSPPKRA EMKTSMESLI HHFKLYTEGY QVPPGATYTA IEAPKGEFGV YLVSDGSSRP YRCKIKAPGF AHLA GLDKM SKGHMLADVV AIIGTQDIVF GEVDR

+
分子 #5: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S3

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 26.441793 KDa
配列文字列: ESASADTRPT VRPRNDVAHK QLSAFGEYVA EILPKYVQQV QVSCFSELEI CIHPDGVIPV LTFLRDHSNA QFKSLADLTA VDIPTRQNR FEIVYNLLSL RFNSRIRVKT YTDELTPVES SVSVYKAANW YEREIWDMFG VFFANHPDLR RILTDYGFEG H PFRKDFPL ...文字列:
ESASADTRPT VRPRNDVAHK QLSAFGEYVA EILPKYVQQV QVSCFSELEI CIHPDGVIPV LTFLRDHSNA QFKSLADLTA VDIPTRQNR FEIVYNLLSL RFNSRIRVKT YTDELTPVES SVSVYKAANW YEREIWDMFG VFFANHPDLR RILTDYGFEG H PFRKDFPL SGYVELRYDD EVKRVVAEPV ELAQEFRKFD LNSPWEAFPA YRQPPESLKL EAGDKKPEAK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial

+
分子 #6: NDUFS7

分子名称: NDUFS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 20.104531 KDa
配列文字列:
PSSTQPAVSQ ARAVVPKPAA LPSSRGEYVV AKLDDLINWA RRSSLWPMTF GLACCAVEMM HMAAPRYDMD RFGVVFRASP RQSDVMIVA GTLTNKMAPA LRKVYDQMPE PRYVVSMGSC ANGGGYYHYS YSVVRGCDRI VPVDIYVPGC PPTAEALLYG I LQLQKKIK REKRLRIWYR R

+
分子 #7: NDUFS8

分子名称: NDUFS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 20.219947 KDa
配列文字列:
TYKYVNLREP SMDMKSVTDR AAQTLLWTEL IRGLGMTLSY LFREPATINY PFEKGPLSPR FRGEHALRRY PSGEERCIAC KLCEAVCPA QAITIEAEPR ADGSRRTTRY DIDMTKCIYC GFCQEACPVD AIVEGPNFEF STETHEELLY NKEKLLNNGD K WEAEIAAN IQADYLYR

+
分子 #8: NDUFV3

分子名称: NDUFV3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 8.423314 KDa
配列文字列:
SAESGKNEKG LPPNPKKQSP PKKPASAAPT EPFDNTTYKN LQHHDYSTYT FLDLNLDLSK FRMPQPSSGR ESPRH

+
分子 #9: NDUFS6

分子名称: NDUFS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 10.651796 KDa
配列文字列:
GVRTSPTGEK VTHTGQVYDD EDYRRVRFVG RQKEVNENFA IDLIAEQPVS QVGSRVISCD GGGGALGHPR VYINLDKETK TGTCGYCGL QFRQQHH

+
分子 #10: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S4

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 15.3753 KDa
配列文字列:
AQDQTRDTQL ITVDEKLDIT TLTGVPEEHI KTRKARIFVP ARNNMQSGVN NTKKWKMEFD TRERWENPLM GWASTADPLS NLVLTFSTK EDAIAFAEKN GWSYDVEERK VPKPKSKSYG ANFSWNKRTR VSTK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

+
分子 #11: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 38.660488 KDa
配列文字列: LHHAVIPHGK GGRSSVSGIV ATVFGATGFL GRYLVNHLGR MGSQVIVPYR CEPYDTMHLR PMGDLGQIIF MDWNGRDKDS IRRAVEHSN VVINLVGREW ETKNFDFEDV FVKIPQAIAQ VSKEAGVEKF IHISHLNADI KSSSKYLRNK AVGEKEVRET F PEATIIKP ...文字列:
LHHAVIPHGK GGRSSVSGIV ATVFGATGFL GRYLVNHLGR MGSQVIVPYR CEPYDTMHLR PMGDLGQIIF MDWNGRDKDS IRRAVEHSN VVINLVGREW ETKNFDFEDV FVKIPQAIAQ VSKEAGVEKF IHISHLNADI KSSSKYLRNK AVGEKEVRET F PEATIIKP ADIFGREDRF LNYFANIRWF GGVPLISLGK KTVKQPVYIV DVTKGIINAI KDPDARGKTF AFVGPNRYLL FD LVQYVFA VAHRPFLPYP MPHFAYRWIG RLFEISPFEP WTTRDKVERI HTTDRTLPHL PGLEDLGVQA TPLELKAIEV LRR HRTYRW LSSEIEDVQP AK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial

+
分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 10.966627 KDa
配列文字列:
AAAAAIRGVR GKLGLREIRI HLCQRSPGSQ GVRDFIEKRY VELKKANPDL PILIRECSDV QPKLWARYAF GQEKNVSLNN FSADQVTRA LENVLSSKA

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

+
分子 #13: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 13.156311 KDa
配列文字列:
AGLLKKTTGL VGLAVCETPH ERLKILYTKI LDVLGHIPKN AAYRKYTEQI TNEKLSIVKA EPDVKKLEEQ LQGGQIEEVI LQAENELSL ARKMIQWKPW EPLVEEPPAS QWKWPI

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5

+
分子 #14: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A6

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 14.923245 KDa
配列文字列:
AASGLRQAAV AASTSVKPIF SRDMNEAKRR VRELYRAWYR EVPNTVHLFQ LDISVKQGRD KVREMFKKNA HVTDPRVVDL LVIKGKMEL EETINVWKQR THVMRFFHET EAPRPKDFLS KFYVGHDP

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

+
分子 #15: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 12.399201 KDa
配列文字列:
ASATRLIQGL RNWASGRDLQ AKLQLRYQEI SKRTQPPPKL PVGPSHRLSN NYYCARDGRR EAMPPSIVMS SQKVLVAGKP AESSAVAAS EKKAVSPAPP IKRWELSQDE PYL

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7

+
分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 17.115508 KDa
配列文字列:
MELLQVLKRG LQQVSGHGGL RGYLRVLFRA NDVRVGTLVG EDKYGNKYYE DNKQFFGRHR WVIYTTEMNG KNTFWDVDGS MVPPEWHRW LHCMTDDPPT VKPPTARKFI WTNHKFNLSG TPQQYVPYST TRKKIQEWVP PSTPYK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

+
分子 #17: Acyl carrier protein

分子名称: Acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 10.119541 KDa
配列文字列:
SDAPPLTLEG IKDRVLYVLK LYDKIDPEKL SVNSHFMKDL GLDSLDQVEI IMAMEDEFGF EIPDIDAEKL MCPQEIVDYI ADKKDVYE

UniProtKB: Acyl carrier protein

+
分子 #18: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 13.10652 KDa
配列文字列:
MNLMITLLTN FTLATLLVTI AFWLPQLNVY SEKTSPYECG FDPMGSARLP FSMKFFLVAI TFLLFDLEIA LLLPLPWASQ TTNLNTMLT MALLLIFLLA VSLAYEWTQK GLEWTE

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

+
分子 #19: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: cardiac
分子量理論値: 35.884902 KDa
配列文字列: MFMINVLTLI IPILLAVAFL TLVERKVLGY MQFRKGPNVV GPYGLLQPIA DAIKLFIKEP LRPATSSISM FILAPILALT LALTMWIPL PMPYPLINMN LGVLFMLAMS SLAVYSILWS GWASNSKYAL IGALRAVAQT ISYEVTLAII LLSVLLMNGS F TLSTLIIT ...文字列:
MFMINVLTLI IPILLAVAFL TLVERKVLGY MQFRKGPNVV GPYGLLQPIA DAIKLFIKEP LRPATSSISM FILAPILALT LALTMWIPL PMPYPLINMN LGVLFMLAMS SLAVYSILWS GWASNSKYAL IGALRAVAQT ISYEVTLAII LLSVLLMNGS F TLSTLIIT QEQVWLIFPA WPLAMMWFIS TLAETNRAPF DLTEGESELV SGFNVEYAAG PFALFFMAEY ANIIMMNIFT TT LFLGAFH NPYMPELYTI NFTIKSLLLS ITFLWIRASY PRFRYDQLMH LLWKNFLPLT LALCMWHVSL PILLSSIPPQ T

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

+
分子 #20: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 19.126619 KDa
配列文字列:
MMTYIVFILS IIFVMGFVGF SSKPSPIYGG LGLIVSGGVG CGIVLNFGGS FLGLMVFLIY LGGMMVVFGY TTAMATEQYP EVWVSNKVV LGTFITGLLM EFLMVYYVLK DKEVEIVFKF NGMGDWVIYD TGDSGFFSEE AMGIAALYSY GTWLVIVTGW S LLIGVVVI MEITRGN

UniProtKB: PFC0360w protein

+
分子 #21: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 10.840228 KDa
配列文字列:
MSLVYMNIMM AFTVSLTGLL MYRSHLMSSL LCLEGMMLSL FILATLMILN SHFTLASMMP IILLVFAACE AALGLSLLVM VSNTYGTDY VQNLNLLQC

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

+
分子 #22: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 68.410898 KDa
配列文字列: MNLFSSLTLV TLILLTMPIA AINFNTHKFT NYPLYVKTTI SCAFITSMIP TMMFIHTGQE MIISNWHWLT IQTLKLSLSF KMDFFSMMF VPVALFVTWS IMEFSMWYMH SDPNINQFFK YLLLFLITML ILVTANNLFQ LFIGWEGVGI MSFLLIGWWY G RTDANTAA ...文字列:
MNLFSSLTLV TLILLTMPIA AINFNTHKFT NYPLYVKTTI SCAFITSMIP TMMFIHTGQE MIISNWHWLT IQTLKLSLSF KMDFFSMMF VPVALFVTWS IMEFSMWYMH SDPNINQFFK YLLLFLITML ILVTANNLFQ LFIGWEGVGI MSFLLIGWWY G RTDANTAA LQAILYNRIG DIGFILAMAW FLINLNTWDL QQIFMLNPND SNLPLMGLIL AATGKSAQFG LHPWLPSAME GP TPVSALL HSSTMVVAGI FLLIRFYPLT ENNKFGQSIM LCLGAMTTLF TAMCALTQND IKKIIAFSTS SQLGLMMVTI GIN QPHLAF LHICTHAFFK AMLFMCSGSI IHSLNDEQDI RKMGGLFKAM PFTTTALIIG SLALTGMPFL TGFYSKDLII ESAN TSYTN AWALLMTLVA TSFTAIYSTR IIFFALLGQP RFPTLININE NNPFLINSIK RLLIGSLFAG FIISNNIPPM TIPQM TMPH YLKMTALTVT ILGFILALEI SNTTHYLKFN YPSNTFKFSN LLGYYPTIMH RLTPYMNLTM SQKSASSLLD LIWLET ILP KTISLAQMKM STTITSQKGL IKLYFLSFLI TILISTTLLN FHE

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

+
分子 #23: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 52.058734 KDa
配列文字列: MLKYIIPTMM LMPLTWLSKN SMIWINTTLH SLLISLTSLL LLNQFGDNSL NFSLTFFSDS LSTPLLILTM WLLPLMLMAS QHHLSKENL ARKKLFISML ILLQLFLIMT FTATELIFFY IMFEATLVPT LIIITRWGNQ TERLNAGLYF LFYTLAGSLP L LVALIYIQ ...文字列:
MLKYIIPTMM LMPLTWLSKN SMIWINTTLH SLLISLTSLL LLNQFGDNSL NFSLTFFSDS LSTPLLILTM WLLPLMLMAS QHHLSKENL ARKKLFISML ILLQLFLIMT FTATELIFFY IMFEATLVPT LIIITRWGNQ TERLNAGLYF LFYTLAGSLP L LVALIYIQ NTMGSLNFLI LQYWVQPMPN SWSNTFMWLA CMMAFMVKMP LYGLHLWLPK AHVEAPIAGS MVLAAILLKL GG YGMMRIT LLLNPITDFM AYPFIMLSLW GMIMTSSICL RQTDLKSLIA YSSVSHMALV IVAILIQTPW SYMGATALMI AHG LTSSML FCLANSNYER VHSRTMILAR GLQTLLPLMA AWWLLASLTN LALPPSINLI GELFVVMSTF SWSNITIILM GLNM VITAL YSLYMLITTQ RGKHTHHINN ILPSFTRENA LMSLHMLPLL LLSLNPKIIL GPLY

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

+
分子 #24: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: cardiac
分子量理論値: 39.149805 KDa
配列文字列: MNPIILIIIL MTVMLGTIIV MISTHWLLIW IGFEMNMLAI IPIMMKKHNP RATEASTKYF LTQSTASMLL MMAIIINLMF SGQWTVMKL FNPMASMLMT MALAMKLGMA PFHFWVPEVT QGIPLSSGLI LLTWQKLAPM SVLYQILPSI NLDLILTLSI L SITIGGWG ...文字列:
MNPIILIIIL MTVMLGTIIV MISTHWLLIW IGFEMNMLAI IPIMMKKHNP RATEASTKYF LTQSTASMLL MMAIIINLMF SGQWTVMKL FNPMASMLMT MALAMKLGMA PFHFWVPEVT QGIPLSSGLI LLTWQKLAPM SVLYQILPSI NLDLILTLSI L SITIGGWG GLNQTQLRKI MAYSSIAHMG WMTAVLLYNP TMTLLNLIIY IIMTSTMFTL FMANSTTTTL SLSHTWNKAP IM TILVLIT LLSMGGLPPL SGFMPKWMII QEMTKNDSII LPTLMAITAL LNLYFYMRLT YSTALTMFPS TNNMKMKWQF PTT KRMTLL PTMTVLSTML LPLTPILSIL E

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2

+
分子 #25: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 14.610776 KDa
配列文字列:
AKTLLHQYWD IPEGTECHRK TYAATSIGGA SGLVVSAYSV ALKTPTSFLE GVARTGRYTF TAAAIGAIFG LTSCISAQVR EKPDDPLNY LIGGCAGGLT LGARTRSYGI GAAACAYMGL TAALVKMGQL EGWKVFAEPK V

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11

+
分子 #26: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 16.714369 KDa
配列文字列:
SGDHGKRLFI IKPSGFYDKR FLKLLRFYIL LTGIPVVIGI TLINVFIGEA ELAEIPEGYV PEHWEYFKHP ISRWIARTFF DAPEKNYER TMAILQIESE KAELRLKELE VRRLMRAKGD GPWFQYPTID KALIDHSPKA TPDN

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial

+
分子 #27: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 20.008014 KDa
配列文字列:
PGIVELPSLE DLKVQEVKVS SSVLKAAAHH YGAQCDKPNK EFMLCRWEEK DPRRCLEEGK LVNQCALEFF RQIKRHCAEP FTEYWTCID YSGLQLFRRC RKEQAQFDKC VLDKLGWVRP DLGELSKVTK VKTDRPLPEN PYHSRARPEP NPEVEGDLKP A RHGSRLFF WTM

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8

+
分子 #28: NDUFB10

分子名称: NDUFB10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 20.880752 KDa
配列文字列:
PDSWDKDVYP EPPRRTPAPS PQTSLPNPIT YLTKAFDLLV DRPVTLVREF IERQHAKNKY YYYHREFRRV PDITECHEKD VLCMFEAEM QWKRDYKVDQ EIVNIIQERL KACQQREGES HRQNCAKELQ QFTQVVKAYQ DRYHDLGAHY SARKCLAKQK Q RMLAERKA TKEAAAA

+
分子 #29: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mi...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 36.803762 KDa
配列文字列: LQYGPLAYIL GEKTTKKMTE NSKLITVDGN ICSGKSKLAK EVAEKLGLKH FPEAGIHYAD STTGDGKPLP VRFSGNCSLE KFYDDPKSN DGNSYRLQAW LYASRLLQYA DALEHLLSTG QGVVLERSIY SDFVFLEAMY RQGFIRKQCV DHYNQVKKVT V CEYLPPHV ...文字列:
LQYGPLAYIL GEKTTKKMTE NSKLITVDGN ICSGKSKLAK EVAEKLGLKH FPEAGIHYAD STTGDGKPLP VRFSGNCSLE KFYDDPKSN DGNSYRLQAW LYASRLLQYA DALEHLLSTG QGVVLERSIY SDFVFLEAMY RQGFIRKQCV DHYNQVKKVT V CEYLPPHV VIYVDVPVSE VQSRIQKKGN PHEMKITSAY LQDIENVYKG TFLPEMSEKC EVLQYSAWEA EDAEKVVEDI QY LKYDKGP WLDQDDRKLH NLRMLVQDKL EVLNYTSIPV FLPEVTIGAH QSDRVFQEFT ELPGRKYRAG YNEDVGDKWI WLK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial

+
分子 #30: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S5

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 12.474397 KDa
配列文字列:
PFFDVQKKLG VDLDHWMTIQ SAEQPHRIPA RCHAFEKEWI ECAHGIGSIR AEKECKIEFE DFRECLLRQK TMKRLNAIKR QRDKLIKEG KYTPPPHHSG QEDLRP

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5

+
分子 #31: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A3

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 9.194655 KDa
配列文字列:
APRVAAFLKN VWAKEPVLVA SFAIAGLAVI LPTLSPYTKY SLMINRATPY NYPVPLRDDG NMPDVPSHPQ DPQGPSLEWL KRL

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3

+
分子 #32: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B3

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 11.015482 KDa
配列文字列:
AHGHGHEHGP SKMELPDYKQ WKIEGTPLET VQEKLAARGL RDPWGRNEAW RYMGGFANNV SFVGALLKGF KWGFAAFVVA VGAEYYLES QKKDKKHH

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3

+
分子 #33: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 14.23142 KDa
配列文字列:
MMTGRQARAP LQFLPDEARS LPPPKLTDPR LAYIGFLGYC SGLIDNAIRR RPVLSAGLHR QFLYITSFVF VGYYLLKRQD YMYAVRDHD MFSYIKSHPE DFPEKDKKTY REVFEEFHPV R

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2

+
分子 #34: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B4

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 14.975999 KDa
配列文字列:
SFPKYEPSRL ASLPTTLDPA EYDISSETRK AQAERLAIRS RLKREYQLQY NDPSRRGVVE DPALIRWTCA RSANVYPNFR PNTKTSLLG ALFGIGPLIF WYYVFKTDRD RKEKLIQEGK LDRTFNISY

UniProtKB: Flavoprotein/dehydrogenase

+
分子 #35: NDUFA13

分子名称: NDUFA13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 16.635264 KDa
配列文字列:
AASKVKQDMP PVGGYGPIDY KRNLPRRGLS GYSMFAVGIG ALLFGYWSMM RWNRERRRLQ IEDFEARIAL MPLLQAEKDR RVLQMLREN LEEEATIMKD VPGWKVGESV FHTTRWVTPM MGELYGLRTG EEILSSTYGF IWYT

+
分子 #36: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: cardiac
分子量理論値: 15.433929 KDa
配列文字列:
SGYTPDEKLR LQQLRELRRR WLKDQELSPR EPVLPPRRVS PVERFWNKFL QDGALWKNVI YKTYRHSIFA FTHVLIPVWI IHYYLKYHV TTKPYTIVEK KPRIFPGDTI LETGEVIPPM KEFPDQHH

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6

+
分子 #37: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: cardiac
分子量理論値: 16.28261 KDa
配列文字列:
GAHLARRYLG DASVEPEPLR MPTFPPDYGF PERKEREMVA TQQEMNDAQL VLQQRDYCAH YLIRFLKCKR DSFPNFLACK HEQHDWDYC EHLDYVKRMK EFERERRLLQ RKKRREQREA DMAKGLGPGE VAPEVAL

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7

+
分子 #38: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B9

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: cardiac
分子量理論値: 21.648715 KDa
配列文字列:
AFLPSAAYLT HQQKVLQLYK RALRHLESRC VHRDKYRYFA CLLRARFDEH KNEKDMVKAT QLLREAEKEF WHGQHPQPYI FPESPGGTS YERYECYKVP EWCLDDWHPS EKAMYPDYFA KREQWKKLRR ESWEREVKQL QEETPVGGPR TEALPPARKQ G DLPPLWWH IVTRPRERPM

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9

+
分子 #39: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B2

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 8.500289 KDa
配列文字列:
AGGGAHIEPR YRQFPQLTRS QVIQAEFFSA TMWFWILWRF WHDSDAVLGH FPYPDPSQWT DEELGIPPDD ED

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial

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分子 #40: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: cardiac
分子量理論値: 18.81807 KDa
配列文字列:
ASHITKDMLP GPYPKTPEER AAAAKKYNMR VEDYEPYPDD GMGYGDYPKL PDRSQQERDP WYDWDHPDLR LNWGEPMHWD LDMYIRNRV DTSPTPVNWN LMCKHLFGFV AFMLFMFWVG ETYPTYQPVG PKQYPYNNLY LERGGDPNKE PEPVVHYEI

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial

+
分子 #41: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mit...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: cardiac
分子量理論値: 14.455033 KDa
配列文字列:
ESSSSRAVIA PSTLAGKRPS EPTLRWQEDP EPEDENLYEK NPDSHGYDKD PAVDVWNMRV VFFFGFSIVL VLGSTFVAYL PDYRMQEWA RREAERLVKY REAHGLPLME SNCFDPSKIQ LPEDED

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial

+
分子 #42: NDUFC1

分子名称: NDUFC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: cardiac
分子量理論値: 5.808645 KDa
配列文字列:
KFYIQEPPHG SPNWLKVGLT LGTSAFLWIY LIKQHNEDVL EYKRRNGLE

+
分子 #43: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: cardiac
分子量理論値: 6.930083 KDa
配列文字列:
MNLLQVVRDH WIHVLVPVGF VFGYYLDRKN DEKLAAFRNK SLLYKRELKP NEEVTWK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1

+
分子 #44: NDUFA1

分子名称: NDUFA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: cardiac
分子量理論値: 8.211519 KDa
配列文字列:
MWFEVLPGIA VMGVCLFIPG MATARIHRFS NGGREKRVAH YSYQWYLMER DRRVSGVNRY YVSKGLENID

+
分子 #45: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #46: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

+
分子 #47: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #48: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #49: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 1 / 式: NDP
分子量理論値: 745.421 Da
Chemical component information

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

+
分子 #50: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...

分子名称: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate
タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 2 / 式: ZMP
分子量理論値: 568.704 Da
Chemical component information

ChemComp-ZMP:
S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate

+
分子 #51: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 4 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #52: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 1 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #53: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 1 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
0.25 MNaClsodium chloride
0.02 MHEPES
0.02 %Brij-35

詳細: 250 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.7, 0.02% Brij-35
凍結凍結剤: PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blotting for 30 seconds at 4 degrees Celsius, 95% humidity and flash freezing.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1854 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 400000
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5lnk

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 57160
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ppj


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 90
得られたモデル

PDB-6qa9:
Isolated complex I class refinement from Ovine respiratory supercomplex I+III2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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