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万見
- EMDB-44774: Tethered respiratory III2IV2 supercomplex from Saccharomyces cere... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44774
タイトルTethered respiratory III2IV2 supercomplex from Saccharomyces cerevisiae, CIVa local refinement
マップデータTethered respiratory supercomplex from Saccharomyces cerevisiae, CIVa local refinement
試料
  • 複合体: Tethered supercomplex
    • 複合体: Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase
    • 複合体: Cytochrome c oxidase
キーワードComplex / Oxidoreductase / Respiration / ELECTRON TRANSPORT
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Eldeeb MH / Carlstrom A / Berndtsson J / Ott M / Fontanesi F
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Defense (DOD, United States)W911NF-21-1-0359 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Differential substrate utilization by yeast respiratory supercomplexes
著者: Eldeeb MH / Cosner Z / Mays J / Carlstrom A / Rodriguez G / Berndtsson J / Ott M / Fontanesi F
履歴
登録2024年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44774.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44774.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tethered respiratory supercomplex from Saccharomyces cerevisiae, CIVa local refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.13 Å/pix.
x 450 pix.
= 508.05 Å		1.13 Å/pix.
x 450 pix.
= 508.05 Å		1.13 Å/pix.
x 450 pix.
= 508.05 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.129 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-1.6092021 - 2.741347
平均 (標準偏差)-0.0012745715 (±0.073394336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 508.05 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44774_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Tethered respiratory supercomplex from Saccharomyces cerevisiae, CIVa local...

ファイルemd_44774_half_map_1.map
注釈Tethered respiratory supercomplex from Saccharomyces cerevisiae, CIVa local refinement half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Tethered respiratory supercomplex from Saccharomyces cerevisiae, CIVa local...

ファイルemd_44774_half_map_2.map
注釈Tethered respiratory supercomplex from Saccharomyces cerevisiae, CIVa local refinement half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tethered supercomplex

全体名称: Tethered supercomplex
要素
  • 複合体: Tethered supercomplex
    • 複合体: Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase
    • 複合体: Cytochrome c oxidase

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超分子 #1: Tethered supercomplex

超分子名称: Tethered supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303

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超分子 #2: Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase

超分子名称: Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303

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超分子 #3: Cytochrome c oxidase

超分子名称: Cytochrome c oxidase / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11-#21
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Tris-HCl pH 7.5
150.0 mMNaClSodium chloride
1.0 mMC7H7FO2SPhenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF)
1.0 mMC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)
0.1 %C56H92O29Digitonin
150.0 ng/uLC120H169N31O49S3X FLAG peptide
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: 3 uL sample, 5 s blot time, 30 s hold time, 0 blot force
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 uL of sample, 5 s blot time, 30 s hold time, 0 blot force..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12211 / 平均露光時間: 2.6 sec. / 平均電子線量: 55.452 e/Å2
詳細: Images were collected as movies composed of 40 frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1646359
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: Initial model for refinement was generated ab-initio in cryoSPARC.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / 使用した粒子像数: 47746
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / 詳細: Local refinement after particle subtraction
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 9785 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
詳細: Classification was performed in 3D to remove junk particles from the dataset. The final round of classification used 48,925 particles, with 48,218 ultimately being used for refinement of the predominant class.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ymx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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