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- EMDB-44770: Tethered respiratory III2IV2 supercomplex from Saccharomyces cere... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44770
タイトルTethered respiratory III2IV2 supercomplex from Saccharomyces cerevisiae
マップデータSaccharomyces cerevisiae tethered supercomplex
試料
  • 複合体: Tethered supercomplex
    • 複合体: Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase
      • タンパク質・ペプチド: x 10種
    • 複合体: Cytochrome c oxidase
      • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 19種
キーワードComplex / Oxidoreductase / Respiration / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / : / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration ...Complex III assembly / : / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / ubiquinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / proton transmembrane transport / nuclear periphery / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb ...Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial ...Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Eldeeb MH / Carlstrom A / Berndtsson J / Ott M / Fontanesi F
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Defense (DOD, United States)W911NF-21-1-0359 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Differential substrate utilization by yeast respiratory supercomplexes
著者: Eldeeb MH / Cosner Z / Mays J / Carlstrom A / Rodriguez G / Berndtsson J / Ott M / Fontanesi F
履歴
登録2024年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44770.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Saccharomyces cerevisiae tethered supercomplex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.129 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.0693736 - 3.231026
平均 (標準偏差)0.00038229115 (±0.08181127)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 508.05 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tethered supercomplex

全体名称: Tethered supercomplex
要素
  • 複合体: Tethered supercomplex
    • 複合体: Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial,Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
    • 複合体: Cytochrome c oxidase
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate
  • リガンド: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate
  • リガンド: (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate
  • リガンド: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate
  • リガンド: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: DINUCLEAR COPPER ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Tethered supercomplex

超分子名称: Tethered supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 株: W303

+
超分子 #2: Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase

超分子名称: Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 株: W303

+
超分子 #3: Cytochrome c oxidase

超分子名称: Cytochrome c oxidase / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11-#21
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 株: W303

+
分子 #1: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 50.282594 KDa
配列文字列: MLRTVTSKTV SNQFKRSLAT AVATPKAEVT QLSNGIVVAT EHNPSAHTAS VGVVFGSGAA NENPYNNGVS NLWKNIFLSK ENSAVAAKE GLALSSNISR DFQSYIVSSL PGSTDKSLDF LNQSFIQQKA NLLSSSNFEA TKKSVLKQVQ DFEENDHPNR V LEHLHSTA ...文字列:
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UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

+
分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 40.528008 KDa
配列文字列: MLSAARLQFA QGSVRRLTVS ARDAPTKIST LAVKVHGGSR YATKDGVAHL LNRFNFQNTN TRSALKLVRE SELLGGTFKS TLDREYITL KATFLKDDLP YYVNALADVL YKTAFKPHEL TESVLPAARY DYAVAEQCPV KSAEDQLYAI TFRKGLGNPL L YDGVERVS ...文字列:
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UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

+
分子 #3: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 43.68659 KDa
配列文字列: MAFRKSNVYL SLVNSYIIDS PQPSSINYWW NMGSLLGLCL VIQIVTGIFM AMHYSSNIEL AFSSVEHIMR DVHNGYILRY LHANGASFF FMVMFMHMAK GLYYGSYRSP RVTLWNVGVI IFILTIATAF LGYCCVYGQM SHWGATVITN LFSAIPFVGN D IVSWLWGG ...文字列:
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UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #4: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 34.097523 KDa
配列文字列: MFSNLSKRWA QRTLSKSFYS TATGAASKSG KLTQKLVTAG VAAAGITAST LLYADSLTAE AMTAAEHGLH APAYAWSHNG PFETFDHAS IRRGYQVYRE VCAACHSLDR VAWRTLVGVS HTNEEVRNMA EEFEYDDEPD EQGNPKKRPG KLSDYIPGPY P NEQAARAA ...文字列:
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UniProtKB: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 23.393973 KDa
配列文字列: MLGIRSSVKT CFKPMSLTSK RLISQSLLAS KSTYRTPNFD DVLKENNDAD KGRSYAYFMV GAMGLLSSAG AKSTVETFIS SMTATADVL AMAKVEVNLA AIPLGKNVVV KWQGKPVFIR HRTPHEIQEA NSVDMSALKD PQTDADRVKD PQWLIMLGIC T HLGCVPIG ...文字列:
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UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 17.276074 KDa
配列文字列:
MGMLELVGEY WEQLKITVVP VVAAAEDDDN EQHEEKAAEG EEKEEENGDE DEDEDEDEDD DDDDDEDEEE EEEVTDQLED LREHFKNTE EGKALVHHYE ECAERVKIQQ QQPGYADLEH KEDCVEEFFH LQHYLDTATA PRLFDKLK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

+
分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial,Cytochrome c oxi...

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial,Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7
詳細: Fusion protein composed of ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 7 (Qcr7) fused by a linker (GGGGS) to a copy of cytochrome c oxidase subunit 8 (Cox8) without its mitochondrial ...詳細: Fusion protein composed of ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 7 (Qcr7) fused by a linker (GGGGS) to a copy of cytochrome c oxidase subunit 8 (Cox8) without its mitochondrial targeting sequence.,Fusion protein composed of ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 7 (Qcr7) fused by a linker (GGGGS) to a copy of cytochrome c oxidase subunit 8 (Cox8) without its mitochondrial targeting sequence.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 20.618779 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列:
MPQSFTSIAR IGDYILKSPV LSKLCVPVAN QFINLAGYKK LGLKFDDLIA EENPIMQTAL RRLPEDESYA RAYRIIRAHQ TELTHHLLP RNEWIKAQED VPYLLPYILE AEAAAKEKDE LDNIEVSKGG GGSVHFKDGV YENIPFKVKG RKTPYALSHF G FFAIGFAV PFVACYVQLK KSGAF

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial, Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 10.987511 KDa
配列文字列:
MGPPSGKTYM GWWGHMGGPK QKGITSYAVS PYAQKPLQGI FHNAVFNSFR RFKSQFLYVL IPAGIYWYWW KNGNEYNEFL YSKAGREEL ERVNV

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial

+
分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 7.485334 KDa
配列文字列:
MSFSSLYKTF FKRNAVFVGT IFAGAFVFQT VFDTAITSWY ENHNKGKLWK DVKARIAAGD GDDDDE

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial

+
分子 #10: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 8.602913 KDa
配列文字列:
MAYTSHLSSK TGLHFGRLSL RSLTAYAPNL MLWGGASMLG LFVFTEGWPK FQDTLYKKIP LLGPTLEDHT PPEDKPN

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial

+
分子 #11: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 58.832586 KDa
配列文字列: MVQRWLYSTN AKDIAVLYFM LAIFSGMAGT AMSLIIRLEL AAPGSQYLHG NSQLFNVLVV GHAVLMIFFL VMPALIGGFG NYLLPLMIG ATDTAFPRIN NIAFWVLPMG LVCLVTSTLV ESGAGTGWTV YPPLSSIQAH SGPSVDLAIF ALHLTSISSL L GAINFIVT ...文字列:
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UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 1

+
分子 #12: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 28.585055 KDa
配列文字列: MLDLLRLQLT TFIMNDVPTP YACYFQDSAT PNQEGILELH DNIMFYLLVI LGLVSWMLYT IVMTYSKNPI AYKYIKHGQT IEVIWTIFP AVILLIIAFP SFILLYLCDE VISPAMTIKA IGYQWYWKYE YSDFINDSGE TVEFESYVIP DELLEEGQLR L LDTDTSMV ...文字列:
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UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 2

+
分子 #13: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 30.383582 KDa
配列文字列: MTHLERSRHQ QHPFHMVMPS PWPIVVSFAL LSLALSTALT MHGYIGNMNM VYLALFVLLT SSILWFRDIV AEATYLGDHT MAVRKGINL GFLMFVLSEV LIFAGLFWAY FHSAMSPDVT LGACWPPVGI EAVQPTELPL LNTIILLSSG ATVTYSHHAL I AGNRNKAL ...文字列:
MTHLERSRHQ QHPFHMVMPS PWPIVVSFAL LSLALSTALT MHGYIGNMNM VYLALFVLLT SSILWFRDIV AEATYLGDHT MAVRKGINL GFLMFVLSEV LIFAGLFWAY FHSAMSPDVT LGACWPPVGI EAVQPTELPL LNTIILLSSG ATVTYSHHAL I AGNRNKAL SGLLITFWLI VIFVTCQYIE YTNAAFTISD GVYGSVFYAG TGLHFLHMVM LAAMLGVNYW RMRNYHLTAG HH VGYETTI IYTHVLDVIW LFLYVVFYWW GV

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 3

+
分子 #14: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 詳細: Subunit contains a FLAG tag. / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 17.164557 KDa
配列文字列:
MLSLRQSIRF FKPATRTLCS SRYLLQQKPV VKTAQNLAEV NGPETLIGPG AKEGTVPTDL DQETGLARLE LLGKLEGIDV FDTKPLDSS RKGTMKDPII IESYDDYRYV GCTGSPAGSH TIMWLKPTVN EVARCWECGS VYKLNPVGVP NDDHHH

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial

+
分子 #15: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 17.161465 KDa
配列文字列:
MLRNTFTRAG GLSRITSVRF AQTHALSNAA VMDLQSRWEN MPSTEQQDIV SKLSERQKLP WAQLTEPEKQ AVWYISYGEW GPRRPVLNK GDSSFIAKGV AAGLLFSVGL FAVVRMAGGQ DAKTMNKEWQ LKSDEYLKSK NANPWGGYSQ VQSK

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial

+
分子 #16: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 17.3666 KDa
配列文字列:
MLSRAIFRNP VINRTLLRAR PGAYHATRLT KNTFIQSRKY SDAHDEETFE EFTARYEKEF DEAYDLFEVQ RVLNNCFSYD LVPAPAVIE KALRAARRVN DLPTAIRVFE ALKYKVENED QYKAYLDELK DVRQELGVPL KEELFPSSS

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial

+
分子 #17: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 6.942349 KDa
配列文字列:
MANKVIQLQK IFQSSTKPLW WRHPRSALYL YPFYAIFAVA VVTPLLYIPN AIRGIKAKKA

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial

+
分子 #18: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 6.974226 KDa
配列文字列:
MTIAPITGTI KRRVIMDIVL GFSLGGVMAS YWWWGFHMDK INKREKFYAE LAERKKQEN

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial

+
分子 #19: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 9.799895 KDa
配列文字列:
MADQENSPLH TVGFDARFPQ QNQTKHCWQS YVDYHKCVNM KGEDFAPCKV FWKTYNALCP LDWIEKWDDQ REKGIFAGDI NSD

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial

+
分子 #20: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 15.046146 KDa
配列文字列:
MFRQCAKRYA SSLPPNALKP AFGPPDKVAA QKFKESLMAT EKHAKDTSNM WVKISVWVAL PAIALTAVNT YFVEKEHAEH REHLKHVPD SEWPRDYEFM NIRSKPFFWG DGDKTLFWNP VVNRHIEHDD

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial

+
分子 #21: Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 7.461718 KDa
配列文字列:
MFFSQVLRSS ARAAPIKRYT GGRIGESWVI TEGRRLIPEI FQWSAVLSVC LGWPGAVYFF SKARKA

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial

+
分子 #22: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 8 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #23: (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate

分子名称: (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: 6PH
分子量理論値: 592.785 Da
Chemical component information

ChemComp-6PH:
(1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate

+
分子 #24: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradeca...

分子名称: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: 8PE
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-8PE:
(2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate / リン脂質*YM

+
分子 #25: (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-penta...

分子名称: (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate
タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: CN5
分子量理論値: 634.631 Da
Chemical component information

ChemComp-CN5:
(5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate

+
分子 #26: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)...

分子名称: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 4 / 式: UQ6
分子量理論値: 592.891 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ6:
5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL

+
分子 #27: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #28: (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoy...

分子名称: (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: 9PE
分子量理論値: 593.773 Da
Chemical component information

ChemComp-9PE:
(1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate / リン脂質*YM

+
分子 #29: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 6 / 式: PEF
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-PEF:
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DPPE / リン脂質*YM

+
分子 #30: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #31: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #32: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 8 / 式: PCF
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PCF:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

+
分子 #33: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 10 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #34: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 4 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #35: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 2 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #36: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #37: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16...

分子名称: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 2 / 式: CN3
分子量理論値: 834.862 Da
Chemical component information

ChemComp-CN3:
(2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate

+
分子 #38: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #39: DINUCLEAR COPPER ION

分子名称: DINUCLEAR COPPER ION / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 2 / 式: CUA
分子量理論値: 127.092 Da
Chemical component information

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

+
分子 #40: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Tris-HCl pH 7.5
150.0 mMNaClSodium chloride
1.0 mMC7H7FO2SPhenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF)
1.0 mMC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)
0.1 %C56H92O29Digitonin
150.0 ng/uLC120H169N31O49S3X FLAG peptide
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: The grid is covered with a 3 nm ultrathin carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 uL of sample, 5 s blot time, 30 s hold time, 0 blot force..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12211 / 平均露光時間: 2.6 sec. / 平均電子線量: 55.452 e/Å2
詳細: Images were collected as movies composed of 40 frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1646359
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: Initial model for refinement was generated ab-initio in cryoSPARC.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / 使用した粒子像数: 47746
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / 詳細: Non-uniform refinement
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 9785 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
詳細: Classification was performed in 3D to remove junk particles from the dataset. The final round of classification used 48,925 particles, with 48,218 ultimately being used for refinement of the predominant class.

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ymx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9bpb:
Tethered respiratory III2IV2 supercomplex from Saccharomyces cerevisiae

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る