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万見
- EMDB-44734: 16E10 Fab bound to norovirus GI.1 P domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44734
タイトル16E10 Fab bound to norovirus GI.1 P domain
マップデータ
試料
  • 複合体: P domain dimer bound by two copies of 16E10 Fab
    • 複合体: P domain dimer from GI.1 norovirus
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • 複合体: 16E10 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 16E10 Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: 16E10 Heavy Chain
キーワードnorovirus / VP1 / P-domain / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Norovirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Olia AS / Morano NC / Shapiro L / Kwong PD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: A broadly protective human antibody for GI genogroup noroviruses.
著者: Inga Rimkute / Adam S Olia / Mehin Suleiman / Kamron D Woods / Tatsiana Bylund / Nicholas C Morano / Ena S Tully / Raffaello Verardi / Saran Bao / Margaret H Beddall / Natthawan Chaimongkol / ...著者: Inga Rimkute / Adam S Olia / Mehin Suleiman / Kamron D Woods / Tatsiana Bylund / Nicholas C Morano / Ena S Tully / Raffaello Verardi / Saran Bao / Margaret H Beddall / Natthawan Chaimongkol / Mitzi M Donaldson / Renguang Du / Caitlyn N M Dulan / Jason Gorman / Amy R Henry / Chaim A Schramm / Stanislav V Sosnovtsev / Tyler Stephens / John-Paul Todd / Yaroslav Tsybovsky / Daniel C Douek / Kim Y Green / Reda Rawi / Lawrence Shapiro / Tongqing Zhou / Peter D Kwong / Mario Roederer /
要旨: Noroviruses infect millions each year, and while effective countermeasures are eagerly sought, none have been reported for the GI genogroup, first described more than 50 years ago. Here, to provide ...Noroviruses infect millions each year, and while effective countermeasures are eagerly sought, none have been reported for the GI genogroup, first described more than 50 years ago. Here, to provide insight into GI norovirus neutralization, we isolated a broad GI antibody, 16E10, from a human blood donor and showed it neutralizes noroviruses in human enteroid cultures and abrogates or reduces infection in rhesus macaques. The cryogenic electron microscopy reconstruction of 16E10 with a norovirus protruding-domain dimer at 2.56-Å resolution reveals an exceptionally large binding surface, overlapping an antibody supersite, distal from host receptor-binding or cofactor-binding sites. Cryogenic electron microscopy reconstructions with virus-like particles (VLPs) showed that 16E10 disrupts protruding domains on the VLP surface and disassembles VLPs, altering viral organization required for avidity. While its epitope was generally conserved, 16E10 recognized multiple sequence-divergent residues, binding to which was enabled by corresponding cavities in the 16E10-norovirus interface. Broad recognition of noroviruses can thus incorporate sequence-divergent residues, through a cavity-based mechanism of diversity tolerance.
履歴
登録2024年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44734.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44734.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.158
最小 - 最大-0.24736898 - 0.5017555
平均 (標準偏差)0.000873665 (±0.017618582)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44734_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44734_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : P domain dimer bound by two copies of 16E10 Fab

全体名称: P domain dimer bound by two copies of 16E10 Fab
要素
  • 複合体: P domain dimer bound by two copies of 16E10 Fab
    • 複合体: P domain dimer from GI.1 norovirus
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • 複合体: 16E10 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 16E10 Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: 16E10 Heavy Chain

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超分子 #1: P domain dimer bound by two copies of 16E10 Fab

超分子名称: P domain dimer bound by two copies of 16E10 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Norovirus (ウイルス)

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超分子 #2: P domain dimer from GI.1 norovirus

超分子名称: P domain dimer from GI.1 norovirus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Norovirus (ウイルス)

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超分子 #3: 16E10 Fab

超分子名称: 16E10 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Norovirus (ウイルス)
分子量理論値: 31.337105 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPKTRPFTLP NLPLSSLSNS RAPLPISSIG ISPDNVQSVQ FQNGRCTLDG RLVGTTPVSL SHVAKIRGTS NGTVINLTEL DGTPFHPFE GPAPIGFPDL GGCDWHINMT QFGHSSQTQY DVDTTPDTFV PHLGSIQANG IGSGNYVGVL SWISPPSHPS G SQVDLWKI ...文字列:
GPKTRPFTLP NLPLSSLSNS RAPLPISSIG ISPDNVQSVQ FQNGRCTLDG RLVGTTPVSL SHVAKIRGTS NGTVINLTEL DGTPFHPFE GPAPIGFPDL GGCDWHINMT QFGHSSQTQY DVDTTPDTFV PHLGSIQANG IGSGNYVGVL SWISPPSHPS G SQVDLWKI PNYGSSITEA THLAPSVYPP GFGEVLVFFM SKMPGPGAYN LPCLLPQEYI SHLASEQAPT VGEAALLHYV DP DTGRNLG EFKAYPDGFL TCVPNGASSG PQQLPINGVF VFVSWVSRFY QLKPVGT

UniProtKB: Capsid protein VP1

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分子 #2: 16E10 Light Chain

分子名称: 16E10 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.908594 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMSQSPVS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL HSNGYNYVDW YLQKPGQSPQ LLLYLGSNRA AGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQALQT PYTFGQGTKL DIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
DIVMSQSPVS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL HSNGYNYVDW YLQKPGQSPQ LLLYLGSNRA AGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQALQT PYTFGQGTKL DIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #3: 16E10 Heavy Chain

分子名称: 16E10 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.514283 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VQLLESGGAL VHPGGSLRLS CAASGFTFSS SSFSWVRQAP GKGLEWVSGI NPSGHDTYYA DSVKGRFTIS RDNSKDTLFL EMNSLRAED TAQYYCAKKI DFPFRGGRRY SDSRPYNTGS LDSWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG C LVKDYFPE ...文字列:
VQLLESGGAL VHPGGSLRLS CAASGFTFSS SSFSWVRQAP GKGLEWVSGI NPSGHDTYYA DSVKGRFTIS RDNSKDTLFL EMNSLRAED TAQYYCAKKI DFPFRGGRRY SDSRPYNTGS LDSWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG C LVKDYFPE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 393251
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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