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タイトルA broadly protective human antibody for GI genogroup noroviruses.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 10, Issue 5, Page 1227-1239, Year 2025
掲載日2025年4月10日
著者Inga Rimkute / Adam S Olia / Mehin Suleiman / Kamron D Woods / Tatsiana Bylund / Nicholas C Morano / Ena S Tully / Raffaello Verardi / Saran Bao / Margaret H Beddall / Natthawan Chaimongkol / Mitzi M Donaldson / Renguang Du / Caitlyn N M Dulan / Jason Gorman / Amy R Henry / Chaim A Schramm / Stanislav V Sosnovtsev / Tyler Stephens / John-Paul Todd / Yaroslav Tsybovsky / Daniel C Douek / Kim Y Green / Reda Rawi / Lawrence Shapiro / Tongqing Zhou / Peter D Kwong / Mario Roederer /
PubMed 要旨Noroviruses infect millions each year, and while effective countermeasures are eagerly sought, none have been reported for the GI genogroup, first described more than 50 years ago. Here, to provide ...Noroviruses infect millions each year, and while effective countermeasures are eagerly sought, none have been reported for the GI genogroup, first described more than 50 years ago. Here, to provide insight into GI norovirus neutralization, we isolated a broad GI antibody, 16E10, from a human blood donor and showed it neutralizes noroviruses in human enteroid cultures and abrogates or reduces infection in rhesus macaques. The cryogenic electron microscopy reconstruction of 16E10 with a norovirus protruding-domain dimer at 2.56-Å resolution reveals an exceptionally large binding surface, overlapping an antibody supersite, distal from host receptor-binding or cofactor-binding sites. Cryogenic electron microscopy reconstructions with virus-like particles (VLPs) showed that 16E10 disrupts protruding domains on the VLP surface and disassembles VLPs, altering viral organization required for avidity. While its epitope was generally conserved, 16E10 recognized multiple sequence-divergent residues, binding to which was enabled by corresponding cavities in the 16E10-norovirus interface. Broad recognition of noroviruses can thus incorporate sequence-divergent residues, through a cavity-based mechanism of diversity tolerance.
リンクNat Microbiol / PubMed:40211068
手法EM (単粒子)
解像度2.32 - 3.03 Å
構造データ

EMDB-44672: GI.1 DS1 virus-like particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-44673: Norovirus GI.1 VLP bound to 16E10 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.32 Å

44734

9bof

EMDB-44734, PDB-9bof:
16E10 Fab bound to norovirus GI.1 P domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.61 Å

由来
  • norovirus (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / norovirus / VP1 / P-domain / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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