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- EMDB-44729: Cryo-EM structure of rhesus antibody 6070-a.01 in complex with HI... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44729
タイトルCryo-EM structure of rhesus antibody 6070-a.01 in complex with HIV-1 Env trimer Q23.17 MD39
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of 6070-a.01 with HIV-1 Q23.17 envelope trimer
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein Gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein Gp41
    • タンパク質・ペプチド: 6070-a.01 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 6070-a.01 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードNeutralizing antibody / HIV-1 V2 apex / SHIV-elicited / Viral protein / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Roark RS / Shapiro L / Kwong PD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J Exp Med / 年: 2025
タイトル: Structural and genetic basis of HIV-1 envelope V2 apex recognition by rhesus broadly neutralizing antibodies.
著者: Ryan S Roark / Rumi Habib / Jason Gorman / Hui Li / Andrew Jesse Connell / Mattia Bonsignori / Yicheng Guo / Michael P Hogarty / Adam S Olia / Kirsten J Sowers / Baoshan Zhang / Frederic ...著者: Ryan S Roark / Rumi Habib / Jason Gorman / Hui Li / Andrew Jesse Connell / Mattia Bonsignori / Yicheng Guo / Michael P Hogarty / Adam S Olia / Kirsten J Sowers / Baoshan Zhang / Frederic Bibollet-Ruche / Tatsiana Bylund / Sean Callaghan / John W Carey / Gabriele Cerutti / Darcy R Harris / Wanting He / Emily Lewis / Tracy Liu / Rosemarie D Mason / Yujie Qiao / Younghoon Park / Juliette M Rando / Ajay Singh / Jeremy J Wolff / Q Paula Lei / Mark K Louder / Raiees Andrabi / Nicole A Doria-Rose / Kevin O Saunders / Michael S Seaman / Barton F Haynes / Daniel W Kulp / John R Mascola / Mario Roederer / Theodore C Pierson / Zizhang Sheng / Beatrice H Hahn / George M Shaw / Peter D Kwong / Lawrence Shapiro /
要旨: Broadly neutralizing antibodies targeting the V2 apex of HIV-1 envelope are desired as vaccine design templates, but few have been described. Here, we report 11 lineages of V2 apex-neutralizing ...Broadly neutralizing antibodies targeting the V2 apex of HIV-1 envelope are desired as vaccine design templates, but few have been described. Here, we report 11 lineages of V2 apex-neutralizing antibodies from simian-human immunodeficiency virus (SHIV)-infected rhesus macaques and determine cryo-EM structures for 9. A single V2 apex-neutralizing lineage accounted for cross-clade breadth in most macaques, and somatic hypermutation relative to breadth was generally low, exemplified by antibody V033-a.01 with <5% nucleotide mutation and 37% breadth (208-strain panel). Envelope complex structures revealed eight different antibody classes (one multi-donor) and the complete repertoire of all five possible recognition topologies, recapitulating canonical human modes of apex insertion and C-strand hydrogen bonding. Despite this diversity in recognition, all rhesus-V2 apex antibodies were derived from reading frame two of the DH3-15*01 gene. Collectively, these results define-in rhesus-the structural and genetic basis of HIV-1 V2 apex recognition and demonstrate unprecedented structural plasticity of a highly selected immunogenetic element.
履歴
登録2024年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44729.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44729.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.11504728 - 0.38108554
平均 (標準偏差)0.0015629113 (±0.015050944)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 318.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44729_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44729_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of 6070-a.01 with HIV-1 Q23.17 envelope trimer

全体名称: Complex of 6070-a.01 with HIV-1 Q23.17 envelope trimer
要素
  • 複合体: Complex of 6070-a.01 with HIV-1 Q23.17 envelope trimer
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein Gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein Gp41
    • タンパク質・ペプチド: 6070-a.01 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 6070-a.01 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of 6070-a.01 with HIV-1 Q23.17 envelope trimer

超分子名称: Complex of 6070-a.01 with HIV-1 Q23.17 envelope trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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分子 #1: Envelope glycoprotein Gp120

分子名称: Envelope glycoprotein Gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 52.382375 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NLWVTVYYGV PVWRDADTTL FCASDAKAYE TEKHNVWATH ACVPTDPNPQ EIHLDNVTEK FNMWKNNMVE QMHEDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLHC TNVTSVNTTG DREGLKNCSF NMTTELRDKR QKVYSLFYRL DIVPINENQG SEYRLINCNT S AITQACPK ...文字列:
NLWVTVYYGV PVWRDADTTL FCASDAKAYE TEKHNVWATH ACVPTDPNPQ EIHLDNVTEK FNMWKNNMVE QMHEDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLHC TNVTSVNTTG DREGLKNCSF NMTTELRDKR QKVYSLFYRL DIVPINENQG SEYRLINCNT S AITQACPK VSFEPIPIHY CTPAGFAILK CKDEGFNGTG LCKNVSTVQC THGIKPVVST QLLLNGSLAE KNIIIRSENI TN NAKIIIV QLVQPVTIKC IRPNNNTVKS IRIGPGQAFY YTGDIIGDIR QAHCNVTRSR WNKTLQEVAE KLRTYFGNKT IIF ANSSGG DLEITTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWYV NSTWNDTDST QESNDTITLP CRIKQIINMW QRAGQAMYAP PIPG VIKCE SNITGLLLTR DGGKDNNVNE TFRPGGSDMR DNWRSELYKY KVVEIEPLGV APTRCKRRV

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Envelope glycoprotein Gp41

分子名称: Envelope glycoprotein Gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 16.291532 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
LGFLGAAGST MGAASITLTV QARNLLSGIV QQQNNLLRAI EAQQHLLKLT HWGIKQLQAR VLAVEHYLRD QQLLGIWGCS GKLICCTNV PWNSSWSNKS LDEIWNNMTW LQWDKEINNY TQLIYRLIEE SQNQQEKNEK ELL

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: 6070-a.01 heavy chain

分子名称: 6070-a.01 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 14.704397 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVTLKESGPA LVKPTQTLTL TCTFSGFSLS TSGMAVGWIR QPPGKALEWL ANIYWDGDTY YSTSLKSRLT ISKDTSKNQV ALKMTNMDP VDTATYFCAR GEESFYEDD(TYS) GQMEWLHSFD AWGQGLRVTV SS

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分子 #4: 6070-a.01 light chain

分子名称: 6070-a.01 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 11.548874 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQMTQSPPS LSASIGDRVT ITCRASQGIS NYLAWYQQKP GKAPKRLVYD ASTLQGGVPS RFSGSGSGTY FSLTISSLQP EDFATYYCL QHNSHPLTFG GGTKVDIK

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 20 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7llk

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 62547
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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