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- EMDB-44725: SARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T3A trimeric ant... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44725
タイトルSARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T3A trimeric antagonist
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of SARS-CoV-2 spike HexaPro protein with trimeric T3A antagonist
    • 複合体: Trimeric T3A antagonist
      • タンパク質・ペプチド: Collagen alpha-1(XVIII) chain,Processed angiotensin-converting enzyme 2
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike HexaPro protein trimer
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードtrimeric antagonist SARS-CoV-2 complex / PROTEIN BINDING / VIRAL PROTEIN-ANTAGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to hydrostatic pressure / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Laminin interactions / endothelial cell morphogenesis / collagen trimer / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / positive regulation of amino acid transport ...response to hydrostatic pressure / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Laminin interactions / endothelial cell morphogenesis / collagen trimer / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / Collagen degradation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / basement membrane / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / maternal process involved in female pregnancy / Integrin cell surface interactions / peptidyl-dipeptidase activity / regulation of vasoconstriction / transporter activator activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / Attachment and Entry / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / metallocarboxypeptidase activity / viral life cycle / visual perception / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / animal organ morphogenesis / skeletal system development / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / metallopeptidase activity / regulation of cell population proliferation / : / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / angiogenesis / endopeptidase activity / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / host cell surface receptor binding / cilium / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF959, collagen XVIII, N-terminal / Collagen alpha-1(XVIII) chain, frizzled domain / Domain of Unknown Function (DUF959) / Collagenase NC10/endostatin / Collagen type XV/XVIII, trimerization domain / Collagenase NC10 and Endostatin / Collagen trimerization domain / : / Thrombospondin N-terminal -like domains. / : ...Domain of unknown function DUF959, collagen XVIII, N-terminal / Collagen alpha-1(XVIII) chain, frizzled domain / Domain of Unknown Function (DUF959) / Collagenase NC10/endostatin / Collagen type XV/XVIII, trimerization domain / Collagenase NC10 and Endostatin / Collagen trimerization domain / : / Thrombospondin N-terminal -like domains. / : / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin-like/link domain superfamily / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / C-type lectin fold / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Collagen alpha-1(XVIII) chain / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Young T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development of an ultrahigh affinity, trimeric ACE2 biologic as a universal COVID antagonist
著者: Young T / Williams JC
履歴
登録2024年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44725.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.0982994 - 0.2880127
平均 (標準偏差)0.001151857 (±0.01236423)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 319.488 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of SARS-CoV-2 spike HexaPro protein with trimeric T3A ant...

全体名称: Complex of SARS-CoV-2 spike HexaPro protein with trimeric T3A antagonist
要素
  • 複合体: Complex of SARS-CoV-2 spike HexaPro protein with trimeric T3A antagonist
    • 複合体: Trimeric T3A antagonist
      • タンパク質・ペプチド: Collagen alpha-1(XVIII) chain,Processed angiotensin-converting enzyme 2
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike HexaPro protein trimer
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of SARS-CoV-2 spike HexaPro protein with trimeric T3A ant...

超分子名称: Complex of SARS-CoV-2 spike HexaPro protein with trimeric T3A antagonist
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Purified spike protein and T3A antagonist complex isolated by size exclusion chromatography.

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超分子 #2: Trimeric T3A antagonist

超分子名称: Trimeric T3A antagonist / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: Collagen XVIII trimerization domain with extracellular ACE2 domain (3 residue linker), trimer
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: Transmembrane

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超分子 #3: SARS-CoV-2 spike HexaPro protein trimer

超分子名称: SARS-CoV-2 spike HexaPro protein trimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: Stabilized SARS-CoV-2 spike protein, trimer
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Collagen alpha-1(XVIII) chain,Processed angiotensin-converting en...

分子名称: Collagen alpha-1(XVIII) chain,Processed angiotensin-converting enzyme 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: residues 1442-1496 (Uniprot numbering) of collagen chain, followed by a linker and then residues 19-614 of ACE2
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 78.565625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSLILLFL VAVATRVLSH HHHHHGSSGV RLWATRQAML GQVHEVPEGW LIFVAEQEEL YVRVQNGFRK VQLEARTPLP RGSGSTIEE QAKTFLDKFN HEAEDLFYQS SLASWNYNTN ITEENVQNMN NAGDKWSAFL KEQSTLAQMY PLQEIQNLTV K LQLQALQQ ...文字列:
MGWSLILLFL VAVATRVLSH HHHHHGSSGV RLWATRQAML GQVHEVPEGW LIFVAEQEEL YVRVQNGFRK VQLEARTPLP RGSGSTIEE QAKTFLDKFN HEAEDLFYQS SLASWNYNTN ITEENVQNMN NAGDKWSAFL KEQSTLAQMY PLQEIQNLTV K LQLQALQQ NGSSVLSEDK SKRLNTILNT MSTIYSTGKV CNPDNPQECL LLEPGLNEIM ANSLDYNERL WAWESWRSEV GK QLRPLYE EYVVLKNEMA RANHYEDYGD YWRGDYEVNG VDGYDYSRGQ LIEDVEHTFE EIKPLYEHLH AYVRAKLMNA YPS YISPIG CLPAHLLGDM WGRFWTNLYS LTVPFGQKPN IDVTDAMVDQ AWDAQRIFKE AEKFFVSVGL PNMTQGFWEN SMLT DPGNV QKAVCHPTAW DLGKGDFRIL MCTKVTMDDF LTAHHEMGHI QYDMAYAAQP FLLRNGANEG FHEAVGEIMS LSAAT PKHL KSIGLLSPDF QEDNETEINF LLKQALTIVG TLPFTYMLEK WRWMVFKGEI PKDQWMKKWW EMKREIVGVV EPVPHD ETY CDPASLFHVS NDYSFIRYYT RTLYQFQFQE ALCQAAKHEG PLHKCDISNS TEAGQKLFNM LRLGKSEPWT LALENVV GA KNMNVRPLLN YFEPLFTWLK DQNKNSFVGW STDWSPYA

UniProtKB: Collagen alpha-1(XVIII) chain, Angiotensin-converting enzyme 2

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分子 #2: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 142.427438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGPALQIPFP MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STPSALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSA WSHP QFEK

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 33 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.33 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
0.137 MNaClsodium chloride
0.0027 MKClpotassium chloride
0.01 MNa2HPO4sodium phosophate dibasic
0.0018 MKH2PO4potassium phosphate monobasic

詳細: 1x PBS 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5234 / 平均露光時間: 2.157 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1616068 / 詳細: Automated Blob Picker Diameter 150 - 300
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: Patch motion correction and Patch CTF applied after Import Movies and before Blob Picker
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 225636
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 113000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6m0j

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6vxx

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細Initial fitting done by superposition of three components of 6M0J (complex of ACE2 and RBD of SARS-CoV-2 spike protein) onto each of the three RBDs of 6VXX (full SARS-CoV-2 spike hexapro protein trimer)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9bne:
SARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T3A trimeric antagonist

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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