+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-44650 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 52 nt RNA (local refinement map) | |||||||||
マップデータ | local map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | RNA polymerase / pre-termination complex / FttA / archaea / TRANSCRIPTION | |||||||||
生物種 | Thermococcus kodakarensis (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.34 Å | |||||||||
データ登録者 | You L / Ebright RH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis of archaeal FttA-dependent transcription termination 著者: You L / Ebright RH | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_44650.map.gz | 176.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-44650-v30.xml emd-44650.xml | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_44650_fsc.xml | 14.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_44650.png | 98.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-44650.cif.gz | 4.2 KB | ||
その他 | emd_44650_half_map_1.map.gz emd_44650_half_map_2.map.gz | 327.2 MB 327.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44650 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44650 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_44650_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_44650_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_44650_validation.xml.gz | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_44650_validation.cif.gz | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44650 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44650 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_44650.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 352.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | local map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.73 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_44650_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_44650_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : FttA-dependent transcription termination complex containing 52 nt RNA
全体 | 名称: FttA-dependent transcription termination complex containing 52 nt RNA |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: FttA-dependent transcription termination complex containing 52 nt RNA
超分子 | 名称: FttA-dependent transcription termination complex containing 52 nt RNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌) |
分子量 | 理論値: 556 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 300 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 48.33 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |