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- EMDB-44510: Cryo-EM structure of mAb8-24 bound to 426c.WITO.TM.SOSIP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44510
タイトルCryo-EM structure of mAb8-24 bound to 426c.WITO.TM.SOSIP
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Complex of 426c.WITO.TM.SOSIP bound to three mAb 8-24 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: 426c.WITO.TM.SOSIP
    • タンパク質・ペプチド: Fv domain of heavy chain of mAb 8-24
    • タンパク質・ペプチド: Fv domain of light chain of mAb 8-24
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV / antibody / IMMUNE SYSTEM
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Hurlburt NK / Pancera M
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI104384 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI174242-01 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2024
タイトル: Short CDRL1 in intermediate VRC01-like mAbs is not sufficient to overcome key glycan barriers on HIV-1 Env.
著者: Parul Agrawal / Maria L Knudsen / Anna MacCamy / Nicholas K Hurlburt / Arineh Khechaduri / Kelsey R Salladay / Gargi M Kher / Latha Kallur Siddaramaiah / Andrew B Stuart / Ilja Bontjer / ...著者: Parul Agrawal / Maria L Knudsen / Anna MacCamy / Nicholas K Hurlburt / Arineh Khechaduri / Kelsey R Salladay / Gargi M Kher / Latha Kallur Siddaramaiah / Andrew B Stuart / Ilja Bontjer / Xiaoying Shen / David Montefiori / Harry B Gristick / Pamela J Bjorkman / Rogier W Sanders / Marie Pancera / Leonidas Stamatatos /
要旨: VRC01-class broadly neutralizing antibodies (bnAbs) have been isolated from people with HIV-1, but they have not yet been elicited by vaccination. They are extensively somatically mutated and ...VRC01-class broadly neutralizing antibodies (bnAbs) have been isolated from people with HIV-1, but they have not yet been elicited by vaccination. They are extensively somatically mutated and sometimes accumulate CDRL1 deletions. Such indels may allow VRC01-class antibodies to accommodate the glycans expressed on a conserved N276 N-linked glycosylation site in loop D of the gp120 subunit. These glycans constitute a major obstacle in the development of VRC01-class antibodies, as unmutated antibody forms are unable to accommodate them. Although immunizations of knock-in mice expressing human VRC01-class B-cell receptors (BCRs) with specifically designed Env-derived immunogens lead to the accumulation of somatic mutations in VRC01-class BCRs, CDRL1 deletions are rarely observed, and the elicited antibodies display narrow neutralizing activities. The lack of broad neutralizing potential could be due to the absence of deletions, the lack of appropriate somatic mutations, or both. To address this point, we modified our previously determined prime-boost immunization with a germline-targeting immunogen nanoparticle (426c.Mod.Core), followed by a heterologous core nanoparticle (HxB2.WT.Core), by adding a final boost with a cocktail of various stabilized soluble Env trimers. We isolated VRC01-like antibodies with extensive somatic mutations and, in one case, a seven-amino acid CDRL1 deletion. We generated chimeric antibodies that combine the vaccine-elicited somatic mutations with CDRL1 deletions present in human mature VRC01 bnAbs. We observed that CDRL1 indels did not improve the neutralizing antibody activities. Our study indicates that CDRL1 length by itself is not sufficient for the broadly neutralizing phenotype of this class of antibodies.
IMPORTANCE: HIV-1 broadly neutralizing antibodies will be a key component of an effective HIV-1 vaccine, as they prevent viral acquisition. Over the past decade, numerous broadly neutralizing ...IMPORTANCE: HIV-1 broadly neutralizing antibodies will be a key component of an effective HIV-1 vaccine, as they prevent viral acquisition. Over the past decade, numerous broadly neutralizing antibodies (bnAbs) have been isolated from people with HIV. Despite an in-depth knowledge of their structures, epitopes, ontogenies, and, in a few rare cases, their maturation pathways during infection, bnAbs have, so far, not been elicited by vaccination. This necessitates the identification of key obstacles that prevent their elicitation by immunization and overcoming them. Here we examined whether CDRL1 shortening is a prerequisite for the broadly neutralizing potential of VRC01-class bnAbs, which bind within the CD4 receptor binding site of Env. Our findings indicate that CDRL1 shortening by itself is important but not sufficient for the acquisition of neutralization breadth, and suggest that particular combinations of amino acid mutations, not elicited so far by vaccination, are most likely required for the development of such a feature.
履歴
登録2024年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44510.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44510.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 384 pix.
= 430.848 Å		1.12 Å/pix.
x 384 pix.
= 430.848 Å		1.12 Å/pix.
x 384 pix.
= 430.848 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.122 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.2593368 - 3.5536525
平均 (標準偏差)0.0010939913 (±0.0888946)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 430.848 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened Map

ファイルemd_44510_additional_1.map
注釈Unsharpened Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_44510_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_44510_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of 426c.WITO.TM.SOSIP bound to three mAb 8-24 Fabs

全体名称: Complex of 426c.WITO.TM.SOSIP bound to three mAb 8-24 Fabs
要素
  • 複合体: Complex of 426c.WITO.TM.SOSIP bound to three mAb 8-24 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: 426c.WITO.TM.SOSIP
    • タンパク質・ペプチド: Fv domain of heavy chain of mAb 8-24
    • タンパク質・ペプチド: Fv domain of light chain of mAb 8-24
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of 426c.WITO.TM.SOSIP bound to three mAb 8-24 Fabs

超分子名称: Complex of 426c.WITO.TM.SOSIP bound to three mAb 8-24 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 210 KDa

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分子 #1: 426c.WITO.TM.SOSIP

分子名称: 426c.WITO.TM.SOSIP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 69.535422 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDAKA YEKEVHNVWA THACVPTDPN PQEVVLENVT ENFNMWKNDM VDQMQEDVIS IWDQSLKPC VKLTPLCVTL HCTNVTISST NGSTANVTMR EEMKNCSFNT TTVIRDKIQK EYALFYKLDI VPIEGKNTNT G YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDAKA YEKEVHNVWA THACVPTDPN PQEVVLENVT ENFNMWKNDM VDQMQEDVIS IWDQSLKPC VKLTPLCVTL HCTNVTISST NGSTANVTMR EEMKNCSFNT TTVIRDKIQK EYALFYKLDI VPIEGKNTNT G YRLINCNT STCTQACPKV TFDPIPIHYC APAGYAILKC NNKTFNGKGP CNNVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EI VIRSKNL ADNAKIIIVQ LNKSVEIVCT RPNNNTRRSI RIGPGQTFYA TDIIGDIRQA YCNISGRNWS EAVNQVKKKL KEH FPHKNI SFQSSSGGDL EITTHSFNCG GEFFYCNTSG LFNDTISNAT IMLPCRIKQI INMWQEVGKC IYAPPIKGNI TCKS DITGL LLLRDGGNTA NNAEIFRPGG GDMRDNWRSE LYKYKVVKIE PLGVAPTRCK RRVVGRRRRR RAVGIGAVFL VFLGA AGST MGAASMTLTV QARNLLSGIV QQQSNLLRAP EAQQHLLKLT VWGIKQLQAR VLAVERYLRD QQLLGIWGCS GKLICC TNV PWNSSWSNRN LSEIWDNMTW LQWDKEISNY TQIIYGLLEE SQNQQEKNEQ DLLALD

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分子 #2: Fv domain of heavy chain of mAb 8-24

分子名称: Fv domain of heavy chain of mAb 8-24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.560518 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGPE VKEPGASVRV SCKATGYTFT DHFIHWVRQA PGQGLDWMGW INPFRGGTNY PQKFQGRVTM TRDTSFTTAY MELNRLRSD DTAVYFCARG KNSDYNWDFQ HWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLVQSGPE VKEPGASVRV SCKATGYTFT DHFIHWVRQA PGQGLDWMGW INPFRGGTNY PQKFQGRVTM TRDTSFTTAY MELNRLRSD DTAVYFCARG KNSDYNWDFQ HWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSCDKTH HHHHH

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分子 #3: Fv domain of light chain of mAb 8-24

分子名称: Fv domain of light chain of mAb 8-24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 22.049486 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMSQSPSS LAVSLGERIT LSCKSSLTLI YSYNGENYLA WYQQKPGQSP KLLIYSTSTR ESGVPDRFTG SGSGTDFTLT ISSVKAEDL AVYYCQQYEY FGGGTKLEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
DIVMSQSPSS LAVSLGERIT LSCKSSLTLI YSYNGENYLA WYQQKPGQSP KLLIYSTSTR ESGVPDRFTG SGSGTDFTLT ISSVKAEDL AVYYCQQYEY FGGGTKLEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV TH

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 21 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 36000

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2600000
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6myy

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.1) / 使用した粒子像数: 23004
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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