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万見
- EMDB-44408: The Anti-Mullerian Hormone prodomain in complex with the growth f... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44408
タイトルThe Anti-Mullerian Hormone prodomain in complex with the growth factor and 6E11 Fab in C2 symmetry
マップデータB-factor sharpened main map
試料
  • 複合体: Fab-bound AMH procomplex
    • タンパク質・ペプチド: Muellerian-inhibiting factor
    • タンパク質・ペプチド: Muellerian-inhibiting factor
    • タンパク質・ペプチド: 6E11 Antibody IgG2A Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 6E11 Antibody kappa Light Chain
キーワードComplex / TGF-beta prodomain / Signaling ligand / Helical bundle / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


preantral ovarian follicle growth / anti-Mullerian hormone receptor signaling pathway / negative regulation of ovarian follicle development / gonadal mesoderm development / Mullerian duct regression / urogenital system development / sex determination / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / Leydig cell differentiation ...preantral ovarian follicle growth / anti-Mullerian hormone receptor signaling pathway / negative regulation of ovarian follicle development / gonadal mesoderm development / Mullerian duct regression / urogenital system development / sex determination / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / Leydig cell differentiation / type II transforming growth factor beta receptor binding / Signaling by BMP / positive regulation of SMAD protein signal transduction / ovarian follicle development / growth factor activity / hormone activity / cell-cell signaling / response to xenobiotic stimulus / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Anti-Mullerian hormone, N-terminal / Muellerian-inhibiting factor / Anti-Mullerian hormone, N terminal region / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Muellerian-inhibiting factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Howard JA / Thompson TB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)HD105818 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: A divergent two-domain structure of the anti-Müllerian hormone prodomain.
著者: James A Howard / Lucija Hok / Richard L Cate / Nathaniel J Sanford / Kaitlin N Hart / Edmund A E Leach / Alena S Bruening / Nicholas Nagykery / Patricia K Donahoe / David Pépin / Thomas B Thompson /
要旨: TGFβ family ligands are synthesized as precursors consisting of an N-terminal prodomain and C-terminal growth factor (GF) signaling domain. After proteolytic processing, the prodomain typically ...TGFβ family ligands are synthesized as precursors consisting of an N-terminal prodomain and C-terminal growth factor (GF) signaling domain. After proteolytic processing, the prodomain typically remains noncovalently associated with the GF, sometimes forming a high-affinity latent procomplex that requires activation. For the TGFβ family ligand anti-Müllerian hormone (AMH), the prodomain maintains a high-affinity interaction with its GF that does not render it latent. While the prodomain can be displaced by the type II receptor, AMHR2, the nature of the GF:prodomain interaction and the mechanism of prodomain displacement by AMHR2 are currently unknown. We show here that the AMH prodomain exhibits an atypical two-domain structure, containing a dimerizing and a GF-binding domain connected through a flexible linker. Cryo-EM and genomic analyses show that the distinctive GF-binding domain, the result of an exon insertion 450 Mya, comprises a helical bundle and a belt-like structure which interact with the GF at the type II and I receptor binding sites, respectively. The dimerizing domain, which adopts a TGFβ-like propeptide fold, covalently connects two prodomains through intermolecular disulfide bonds. Disease mutations map to both the GF-binding and dimerization domains. Our results support a model where AMHR2 displaces the helical bundle and induces a conformational change in the GF, followed by release of the prodomain and engagement of the type I receptor. Collectively, this study shows that the AMH prodomain has evolved an atypical binding interaction with the GF that favors, without disrupting signaling, the maintenance of a noncovalent complex until receptors are engaged.
履歴
登録2024年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44408.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44408.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B-factor sharpened main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.45 Å/pix.
x 600 pix.
= 269.7 Å		0.45 Å/pix.
x 600 pix.
= 269.7 Å		0.45 Å/pix.
x 600 pix.
= 269.7 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.4495 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.17505443 - 0.24664116
平均 (標準偏差)0.000055719145 (±0.005989646)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 269.69998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44408_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer sharpened main map using the HighRes model

ファイルemd_44408_additional_1.map
注釈DeepEMhancer sharpened main map using the HighRes model
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: local resolution map of the main map

ファイルemd_44408_additional_2.map
注釈local resolution map of the main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened main map

ファイルemd_44408_additional_3.map
注釈Unsharpened main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: unsharpened main map halfmap A

ファイルemd_44408_half_map_1.map
注釈unsharpened main map halfmap A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: unsharpened main map halfmap B

ファイルemd_44408_half_map_2.map
注釈unsharpened main map halfmap B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Fab-bound AMH procomplex

全体名称: Fab-bound AMH procomplex
要素
  • 複合体: Fab-bound AMH procomplex
    • タンパク質・ペプチド: Muellerian-inhibiting factor
    • タンパク質・ペプチド: Muellerian-inhibiting factor
    • タンパク質・ペプチド: 6E11 Antibody IgG2A Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 6E11 Antibody kappa Light Chain

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超分子 #1: Fab-bound AMH procomplex

超分子名称: Fab-bound AMH procomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Fab generated by ficin cleavage of full-length 6E11 antibody
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 240 KDa

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分子 #1: Muellerian-inhibiting factor

分子名称: Muellerian-inhibiting factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.207711 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LRAEEPAVGT SGLIFREDLD WPPGSPQEPL CLVALGGDSN GSSSPLRVVG ALSAYEQAFL GAVQRARWGP RDLATFGVCN TGDRQAALP SLRRLGAWLR DPGGQRLVVL HLEEVTWEPT PSLRFQEPPP GGAGPPELAL LVLYPGPGPE VTVTRAGLPG A QSLCPSRD ...文字列:
LRAEEPAVGT SGLIFREDLD WPPGSPQEPL CLVALGGDSN GSSSPLRVVG ALSAYEQAFL GAVQRARWGP RDLATFGVCN TGDRQAALP SLRRLGAWLR DPGGQRLVVL HLEEVTWEPT PSLRFQEPPP GGAGPPELAL LVLYPGPGPE VTVTRAGLPG A QSLCPSRD TRYLVLAVDR PAGAWRGSGL ALTLQPRGED SRLSTARLQA LLFGDDHRCF TRMTPALLLL PRSEPAPLPA HG QLDTVPF PPPRPSAELE ESPPSADPFL ETLTRLVRAL RVPPARASAP RLALDPDALA GFPQGLVNLS DPAALERLLD GEE PLLLLL RPTAATTGDP APLHDPTSAP WATALARRVA AELQAAAAEL RSLPGLPPAT APLLARLLAL CPGGPGGLGD PLRA LLLLK ALQGLRVEWR GRDPRGPGRA RR

UniProtKB: Muellerian-inhibiting factor

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分子 #2: Muellerian-inhibiting factor

分子名称: Muellerian-inhibiting factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.659373 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SAGATAADGP CALRELSVDL RAERSVLIPE TYQANNCQGV CGWPQSDRNP RYGNHVVLLL KMQARGAALA RPPCCVPTAY AGKLLISLS EERISAHHVP NMVATECGCR

UniProtKB: Muellerian-inhibiting factor

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分子 #3: 6E11 Antibody IgG2A Heavy Chain

分子名称: 6E11 Antibody IgG2A Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.079996 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: EVQLQQSGAE LVKPGASVKL SCTASGFNIK DTYMHWVKQR PEQGLEWIGR IDPANGNTIY ASKFQGKATI TADTSSNTAY MQLSSLTSG DTAVYYCALF ITTATYAMDY WGQGTSVTVS SAKTTAPSVY PLAPVCGDTT GSSVTLGCLV KGYFPEPVTL T WNSGSLSS ...文字列:
EVQLQQSGAE LVKPGASVKL SCTASGFNIK DTYMHWVKQR PEQGLEWIGR IDPANGNTIY ASKFQGKATI TADTSSNTAY MQLSSLTSG DTAVYYCALF ITTATYAMDY WGQGTSVTVS SAKTTAPSVY PLAPVCGDTT GSSVTLGCLV KGYFPEPVTL T WNSGSLSS GVHTFPAVLQ SDLYTLSSSV TVTSSTWPSQ SITCNVAHPA SSTKVDKKIE PRGPTIKPC

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分子 #4: 6E11 Antibody kappa Light Chain

分子名称: 6E11 Antibody kappa Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.609125 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: SIVMTQTPKF LLVSAGDRVT ITCKASQSVS NDVAWYQQKP GQSPKLLIYY ASNRYTGVPD RFTGSGYGTD FTFTISTVQA EDLAVYFCQ QDYSSLTFGA GTKLELKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列:
SIVMTQTPKF LLVSAGDRVT ITCKASQSVS NDVAWYQQKP GQSPKLLIYY ASNRYTGVPD RFTGSGYGTD FTFTISTVQA EDLAVYFCQ QDYSSLTFGA GTKLELKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 5.5
構成要素:
濃度名称式
10.0 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid
150.0 nNsodium chlorideNaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranium Formate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa / 詳細: 15mA current
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample was as indicated by negative stain. Grids were prepared immediately following SEC.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5276 / 平均電子線量: 50.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3486824
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 69149
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 25000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9bao:
The Anti-Mullerian Hormone prodomain in complex with the growth factor and 6E11 Fab in C2 symmetry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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