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- PDB-9bao: The Anti-Mullerian Hormone prodomain in complex with the growth f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bao
タイトルThe Anti-Mullerian Hormone prodomain in complex with the growth factor and 6E11 Fab in C2 symmetry
要素
  • (Muellerian-inhibiting factor) x 2
  • 6E11 Antibody IgG2A Heavy Chain
  • 6E11 Antibody kappa Light Chain
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Complex / TGF-beta prodomain / Signaling ligand / Helical bundle / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


preantral ovarian follicle growth / anti-Mullerian hormone receptor signaling pathway / negative regulation of ovarian follicle development / gonadal mesoderm development / Mullerian duct regression / urogenital system development / sex determination / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / Leydig cell differentiation ...preantral ovarian follicle growth / anti-Mullerian hormone receptor signaling pathway / negative regulation of ovarian follicle development / gonadal mesoderm development / Mullerian duct regression / urogenital system development / sex determination / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / Leydig cell differentiation / type II transforming growth factor beta receptor binding / Signaling by BMP / positive regulation of SMAD protein signal transduction / ovarian follicle development / growth factor activity / : / hormone activity / cell-cell signaling / response to xenobiotic stimulus / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Anti-Mullerian hormone, N-terminal / Muellerian-inhibiting factor / Anti-Mullerian hormone, N terminal region / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Muellerian-inhibiting factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Howard, J.A. / Thompson, T.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)HD105818 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: A divergent two-domain structure of the anti-Müllerian hormone prodomain.
著者: James A Howard / Lucija Hok / Richard L Cate / Nathaniel J Sanford / Kaitlin N Hart / Edmund A E Leach / Alena S Bruening / Nicholas Nagykery / Patricia K Donahoe / David Pépin / Thomas B Thompson /
要旨: TGFβ family ligands are synthesized as precursors consisting of an N-terminal prodomain and C-terminal growth factor (GF) signaling domain. After proteolytic processing, the prodomain typically ...TGFβ family ligands are synthesized as precursors consisting of an N-terminal prodomain and C-terminal growth factor (GF) signaling domain. After proteolytic processing, the prodomain typically remains noncovalently associated with the GF, sometimes forming a high-affinity latent procomplex that requires activation. For the TGFβ family ligand anti-Müllerian hormone (AMH), the prodomain maintains a high-affinity interaction with its GF that does not render it latent. While the prodomain can be displaced by the type II receptor, AMHR2, the nature of the GF:prodomain interaction and the mechanism of prodomain displacement by AMHR2 are currently unknown. We show here that the AMH prodomain exhibits an atypical two-domain structure, containing a dimerizing and a GF-binding domain connected through a flexible linker. Cryo-EM and genomic analyses show that the distinctive GF-binding domain, the result of an exon insertion 450 Mya, comprises a helical bundle and a belt-like structure which interact with the GF at the type II and I receptor binding sites, respectively. The dimerizing domain, which adopts a TGFβ-like propeptide fold, covalently connects two prodomains through intermolecular disulfide bonds. Disease mutations map to both the GF-binding and dimerization domains. Our results support a model where AMHR2 displaces the helical bundle and induces a conformational change in the GF, followed by release of the prodomain and engagement of the type I receptor. Collectively, this study shows that the AMH prodomain has evolved an atypical binding interaction with the GF that favors, without disrupting signaling, the maintenance of a noncovalent complex until receptors are engaged.
履歴
登録2024年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muellerian-inhibiting factor
B: Muellerian-inhibiting factor
C: Muellerian-inhibiting factor
D: Muellerian-inhibiting factor
E: 6E11 Antibody IgG2A Heavy Chain
F: 6E11 Antibody kappa Light Chain
G: 6E11 Antibody IgG2A Heavy Chain
H: 6E11 Antibody kappa Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,1128
ポリマ－209,1128
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Muellerian-inhibiting factor / Anti-Muellerian hormone / AMH / Muellerian-inhibiting substance / MIS


分子量: 45207.711 Da / 分子数: 2 / 断片: prodomain (UNP residues 25-451) / 変異: Q450R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AMH, MIF / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03971
#2: タンパク質 Muellerian-inhibiting factor / Anti-Muellerian hormone / AMH / Muellerian-inhibiting substance / MIS


分子量: 11659.373 Da / 分子数: 2 / 断片: growth factor domain (UNP residues 459-560) / 変異: V565A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AMH, MIF / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03971
#3: 抗体 6E11 Antibody IgG2A Heavy Chain


分子量: 24079.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): B-cell Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 6E11 Antibody kappa Light Chain


分子量: 23609.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): B-cell Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Fab-bound AMH procomplex / タイプ: COMPLEX
詳細: Fab generated by ficin cleavage of full-length 6E11 antibody
Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: .24 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 5.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid1
2150 nNsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES
詳細: Sample was as indicated by negative stain. Grids were prepared immediately following SEC.
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranium Formate
試料支持詳細: 15mA current / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 0.1 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5276

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7ISOLDEモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3486824
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69149 / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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