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万見
- EMDB-44386: Integrin alpha-5 beta-1 in complex with BIIG2 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44386
タイトルIntegrin alpha-5 beta-1 in complex with BIIG2 Fab
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: Protein complex of integrin alpha-5 beta-1 with BIIG2 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-5 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-1
    • タンパク質・ペプチド: BIIG2 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: BIIG2 Fab Light Chain
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードIntegrin / Antibody Fab / Inhibitory / SIGNALING PROTEIN / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alpha8-beta1 complex / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification / integrin alpha9-beta1 complex ...integrin alpha8-beta1 complex / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification / integrin alpha9-beta1 complex / regulation of collagen catabolic process / cardiac cell fate specification / integrin alpha1-beta1 complex / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha4-beta1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / reactive gliosis / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / formation of radial glial scaffolds / Other semaphorin interactions / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / Formation of the ureteric bud / myelin sheath abaxonal region / CD40 signaling pathway / calcium-independent cell-matrix adhesion / Fibronectin matrix formation / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of synapse pruning / integrin alphav-beta1 complex / CHL1 interactions / basement membrane organization / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / cardiac muscle cell myoblast differentiation / MET interacts with TNS proteins / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / Laminin interactions / cardiac muscle cell differentiation / Platelet Adhesion to exposed collagen / germ cell migration / leukocyte tethering or rolling / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / cell projection organization / myoblast fusion / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / Elastic fibre formation / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / platelet-derived growth factor receptor binding / myoblast differentiation / axon extension / cell migration involved in sprouting angiogenesis / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / central nervous system neuron differentiation / positive regulation of cell-substrate adhesion / regulation of spontaneous synaptic transmission / heterophilic cell-cell adhesion / wound healing, spreading of epidermal cells / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of fibroblast migration / integrin complex / lamellipodium assembly / sarcomere organization / heterotypic cell-cell adhesion / MET activates PTK2 signaling / Basigin interactions / Molecules associated with elastic fibres / negative regulation of vasoconstriction / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / leukocyte cell-cell adhesion / muscle organ development / Syndecan interactions / cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of wound healing / dendrite morphogenesis / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of Rho protein signal transduction / response to muscle activity / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of sprouting angiogenesis / cell-substrate adhesion / homophilic cell-cell adhesion / endodermal cell differentiation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / cleavage furrow / establishment of mitotic spindle orientation / fibronectin binding / negative regulation of anoikis / intercalated disc / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of GTPase activity / RHOG GTPase cycle / glial cell projection / neuroblast proliferation / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / ECM proteoglycans
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-1 / Integrin alpha-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Nguyen A / Azumaya CM / Campbell MG
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM147414-01 米国
The Pew Charitable Trusts 米国
Other privateP30 CA015704-40
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Shared ligand-blocking mechanism but distinct conformational modulation by α5-targeting antibodies BIIG2 and MINT1526A.
著者: Adam Nguyen / Joel B Heim / Gabriele Cordara / Matthew C Chan / Hedda Johannesen / Cristine Charlesworth / Ming Li / Caleigh M Azumaya / Benjamin Madden / Ute Krengel / Alexander Meves / Melody G Campbell /
要旨: Integrins are heterodimeric receptors important for cell adhesion and signaling. Integrin α5β1 is a key mediator of angiogenesis and its dysregulation is associated with tumor progression and ...Integrins are heterodimeric receptors important for cell adhesion and signaling. Integrin α5β1 is a key mediator of angiogenesis and its dysregulation is associated with tumor progression and metastasis. Despite numerous efforts, α5β1-targeting therapeutics have been unsuccessful due to poor efficacy and off-target effects. A contributing factor is our limited understanding of how integrin conformation influences interactions with therapeutics. Using cell-based functional assays, patient derived xenografts, biophysics, and electron microscopy, we shed light on these relationships by characterizing two anti-α5β1 antibodies, BIIG2 and MINT1526A. We show that both antibodies bind α5β1 with nanomolar affinity, reduce angiogenesis , and bind overlapping epitopes that block fibronectin binding. However, using cryoEM, we reveal that while BIIG2 binding doesn't alter the conformational states, MINT1526A restricts α5β1's range of flexibility. These insights can guide which aspects to prioritize and improve the design of future integrin-targeted therapeutics.
履歴
登録2024年4月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44386.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44386.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 352 pix.
= 394.944 Å		1.12 Å/pix.
x 352 pix.
= 394.944 Å		1.12 Å/pix.
x 352 pix.
= 394.944 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.122 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.24
最小 - 最大-1.2029454 - 2.5084114
平均 (標準偏差)0.00006917498 (±0.037841413)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 394.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_44386_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44386_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44386_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Protein complex of integrin alpha-5 beta-1 with BIIG2 Fab

全体名称: Protein complex of integrin alpha-5 beta-1 with BIIG2 Fab
要素
  • 複合体: Protein complex of integrin alpha-5 beta-1 with BIIG2 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-5 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-1
    • タンパク質・ペプチド: BIIG2 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: BIIG2 Fab Light Chain
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Protein complex of integrin alpha-5 beta-1 with BIIG2 Fab

超分子名称: Protein complex of integrin alpha-5 beta-1 with BIIG2 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Integrin alpha-5 light chain

分子名称: Integrin alpha-5 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Integrin alpha-5 ectodomain with cleaved, HRV 3C cute site, acid coil and Strep-Tag II.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 108.693734 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MGSRTPESPL HAVQLRWGPR RRPPLLPLLL LLLPPPPRVG GFNLDAEAPA VLSGPPGSFF GFSVEFYRPG TDGVSVLVGA PKANTSQPG VLQGGAVYLC PWGASPTQCT PIEFDSKGSR LLESSLSSSE GEEPVEYKSL QWFGATVRAH GSSILACAPL Y SWRTEKEP ...文字列:
MGSRTPESPL HAVQLRWGPR RRPPLLPLLL LLLPPPPRVG GFNLDAEAPA VLSGPPGSFF GFSVEFYRPG TDGVSVLVGA PKANTSQPG VLQGGAVYLC PWGASPTQCT PIEFDSKGSR LLESSLSSSE GEEPVEYKSL QWFGATVRAH GSSILACAPL Y SWRTEKEP LSDPVGTCYL STDNFTRILE YAPCRSDFSW AAGQGYCQGG FSAEFTKTGR VVLGGPGSYF WQGQILSATQ EQ IAESYYP EYLINLVQGQ LQTRQASSIY DDSYLGYSVA VGEFSGDDTE DFVAGVPKGN LTYGYVTILN GSDIRSLYNF SGE QMASYF GYAVAATDVN GDGLDDLLVG APLLMDRTPD GRPQEVGRVY VYLQHPAGIE PTPTLTLTGH DEFGRFGSSL TPLG DLDQD GYNDVAIGAP FGGETQQGVV FVFPGGPGGL GSKPSQVLQP LWAASHTPDF FGSALRGGRD LDGNGYPDLI VGSFG VDKA VVYRGRPIVS ASASLTIFPA MFNPEERSCS LEGNPVACIN LSFCLNASGK HVADSIGFTV ELQLDWQKQK GGVRRA LFL ASRQATLTQT LLIQNGARED CREMKIYLRN ESEFRDKLSP IHIALNFSLD PQAPVDSHGL RPALHYQSKS RIEDKAQ IL LDCGEDNICV PDLQLEVFGE QNHVYLGDKN ALNLTFHAQN VGEGGAYEAE LRVTAPPEAE YSGLVRHPGN FSSLSCDY F AVNQSRLLVC DLGNPMKAGA SLWGGLRFTV PHLRDTKKTI QFDFQILSKN LNNSQSDVVS FRLSVEAQAQ VTLNGVSKP EAVLFPVSDW HPRDQPQKEE DLGPAVHHVY ELINQGPSSI SQGVLELSCP QALEGQQLLY VTRVTGLNCT TNHPINPKGL ELDPEGSLH HQQKREAPSR SSASSGPQIL KCPEAECFRL RCELGPLHQQ ESQSLQLHFR VWAKTFLQRE HQPFSLQCEA V YKALKMPY RILPRQLPQK ERQVATAVQW TKAEGSY

UniProtKB: Integrin alpha-5

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分子 #2: Integrin beta-1

分子名称: Integrin beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Integrin beta-1 ectodomain with cleaved HRV 3C cut site, base coil, and 6x His-tag.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.653781 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MNLQPIFWIG LISSVCCVFA QTDENRCLKA NAKSCGECIQ AGPNCGWCTN STFLQEGMPT SARCDDLEAL KKKGCPPDDI ENPRGSKDI KKNKNVTNRS KGTAEKLKPE DITQIQPQQL VLRLRSGEPQ TFTLKFKRAE DYPIDLYYLM DLSYSMKDDL E NVKSLGTD ...文字列:
MNLQPIFWIG LISSVCCVFA QTDENRCLKA NAKSCGECIQ AGPNCGWCTN STFLQEGMPT SARCDDLEAL KKKGCPPDDI ENPRGSKDI KKNKNVTNRS KGTAEKLKPE DITQIQPQQL VLRLRSGEPQ TFTLKFKRAE DYPIDLYYLM DLSYSMKDDL E NVKSLGTD LMNEMRRITS DFRIGFGSFV EKTVMPYIST TPAKLRNPCT SEQNCTSPFS YKNVLSLTNK GEVFNELVGK QR ISGNLDS PEGGFDAIMQ VAVCGSLIGW RNVTRLLVFS TDAGFHFAGD GKLGGIVLPN DGQCHLENNM YTMSHYYDYP SIA HLVQKL SENNIQTIFA VTEEFQPVYK ELKNLIPKSA VGTLSANSSN VIQLIIDAYN SLSSEVILEN GKLSEGVTIS YKSY CKNGV NGTGENGRKC SNISIGDEVQ FEISITSNKC PKKDSDSFKI RPLGFTEEVE VILQYICECE CQSEGIPESP KCHEG NGTF ECGACRCNEG RVGRHCECST DEVNSEDMDA YCRKENSSEI CSNNGECVCG QCVCRKRDNT NEIYSGKFCE CDNFNC DRS NGLICGGNGV CKCRVCECNP NYTGSACDCS LDTSTCEASN GQICNGRGIC ECGVCKCTDP KFQGQTCEMC QTCLGVC AE HKECVQCRAF NKGEKKDTCT QECSYFNITK VESRDKLPQP VQPDPVSHCK EKDVDDCWFY FTYSVNGNNE VMVHVVEN P ECPTGPD

UniProtKB: Integrin beta-1

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分子 #3: BIIG2 Fab Heavy Chain

分子名称: BIIG2 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 23.400129 KDa
配列文字列: DVQLMESGPG LVQPSETLSL TCTVSGFSLT SYNVHWVRQP PGKGLEWMGV MWSGGSTDYN STLKSRLSIS RDTSQNQVFL KMNSLQSED TTTYYCARDR TMGMTTPFDY WGQGVMVTVS SAQTTAPSVY PLAPGCGDTT SSTVTLGCLV KGYFPEPVTV T WNSGALSS ...文字列:
DVQLMESGPG LVQPSETLSL TCTVSGFSLT SYNVHWVRQP PGKGLEWMGV MWSGGSTDYN STLKSRLSIS RDTSQNQVFL KMNSLQSED TTTYYCARDR TMGMTTPFDY WGQGVMVTVS SAQTTAPSVY PLAPGCGDTT SSTVTLGCLV KGYFPEPVTV T WNSGALSS DVHTFPAVLQ SGLYTLTSSV TSSTWPSQTV TCNVAHPASS TKVDKKVER

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分子 #4: BIIG2 Fab Light Chain

分子名称: BIIG2 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 23.421041 KDa
配列文字列: DVQMTQSPSN LAASPGESVS INCKASKRIS KYLAWYQQKP GKANKLLIYS GSTLQSGTPS RFSGSGSGTD FTLTIRNLEP EDFGLYYCQ QHKEYPPTFG AGTKLELKRA DAAPTVSIFP PSTEQLATGG ASVVCLMNNF YPRDISVKWK IDGTERRDGV L DSVTDQDS ...文字列:
DVQMTQSPSN LAASPGESVS INCKASKRIS KYLAWYQQKP GKANKLLIYS GSTLQSGTPS RFSGSGSGTD FTLTIRNLEP EDFGLYYCQ QHKEYPPTFG AGTKLELKRA DAAPTVSIFP PSTEQLATGG ASVVCLMNNF YPRDISVKWK IDGTERRDGV L DSVTDQDS KDSTYSMSST LSLTKADYES HNLYTCEVVH (UNK)TSSSPVVKS FNRNEC

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分子 #9: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 7 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-HClTris Hydrochloride
150.0 mMNaCSodium chloride
5.0 mMCaCl2calcium chloride

詳細: 20mM Tris-HCL, 150mM NaCl, 5mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3656 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2425530
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab initio model from selected particles within the dataset
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 317066
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3vi3

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3vi3

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細Initial local fitting was done using ChimeraX and then Phenix, ISOLDE and COOT for flexible fitting and modeling.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 93
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9b9j:
Integrin alpha-5 beta-1 in complex with BIIG2 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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