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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-44356 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of S. cerevisiae PolE-core-DNA | ||||||||||||
マップデータ | structure of S. cerevisiae PolE-core-DNA | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Pol2 / DNA / REPLICATION / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 epsilon DNA polymerase complex / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / DNA molecule (その他) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yuan Z / Georgescu R / O'Donnell M / Li H | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Mechanism of PCNA loading by Ctf18-RFC for leading-strand DNA synthesis 著者: Yuan Z / Georgescu R / Yao NY / Yurieva O / O'Donnell ME / Li H | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_44356.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-44356-v30.xml emd-44356.xml | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_44356.png | 185.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-44356.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_44356_half_map_1.map.gz emd_44356_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44356 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44356 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_44356_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_44356_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_44356_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_44356_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44356 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44356 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9b8rMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_44356.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | structure of S. cerevisiae PolE-core-DNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.828 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half A map
ファイル | emd_44356_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half A map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half B map
ファイル | emd_44356_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half B map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : PolE-core-DNA complex
全体 | 名称: PolE-core-DNA complex |
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要素 |
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-超分子 #1: PolE-core-DNA complex
超分子 | 名称: PolE-core-DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: Primer DNA
分子 | 名称: Primer DNA / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: DNA molecule (その他) |
分子量 | 理論値: 3.026977 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC) |
-分子 #2: Template DNA
分子 | 名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: DNA molecule (その他) |
分子量 | 理論値: 3.680432 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC) (DA)(DG) |
-分子 #3: DNA polymerase epsilon catalytic subunit
分子 | 名称: DNA polymerase epsilon catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 133.898031 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: SNNYALSAQQ LLNASKIDDI DSMMGFERYV PPQYNGRFDA KDIDQIPGRV GWLTNMHATL VSQETLSSGS NGGGNSNDGE RVTTNQGIS GVDFYFLDEE GGSFKSTVVY DPYFFIACND ESRVNDVEEL VKKYLESCLK SLQIIRKEDL TMDNHLLGLQ K TLIKLSFV ...文字列: SNNYALSAQQ LLNASKIDDI DSMMGFERYV PPQYNGRFDA KDIDQIPGRV GWLTNMHATL VSQETLSSGS NGGGNSNDGE RVTTNQGIS GVDFYFLDEE GGSFKSTVVY DPYFFIACND ESRVNDVEEL VKKYLESCLK SLQIIRKEDL TMDNHLLGLQ K TLIKLSFV NSNQLFEARK LLRPILQDNA NNNVQRNIYN VAANGSEKVD AKHLIEDIRE YDVPYHVRVS IDKDIRVGKW YK VTQQGFI EDTRKIAFAD PVVMAFDIET TKPPLKFPDS AVDQIMMISY MIDGEGFLIT NREIISEDIE DFEYTPKPEY PGF FTIFNE NDEVALLQRF FEHIRDVRPT VISTFNGDFF DWPFIHNRSK IHGLDMFDEI GFAPDAEGEY KSSYCSHMDC FRWV KRDSY LPQGSQGLKA VTQSKLGYNP IELDPELMTP YAFEKPQHLS EYSVSDAVAT YYLYMKYVHP FIFSLCTIIP LNPDE TLRK GTGTLCEMLL MVQAYQHNIL LPNKHTDPIE RFYDGHLLES ETYVGGHVES LEAGVFRSDL KNEFKIDPSA IDELLQ ELP EALKFSVEVE NKSSVDKVTN FEEIKNQITQ KLLELKENNI RNELPLIYHV DVASMYPNIM TTNRLQPDSI KAERDCA SC DFNRPGKTCA RKLKWAWRGE FFPSKMDEYN MIKRALQNET FPNKNKFSKK KVLTFDELSY ADQVIHIKKR LTEYSRKV Y HRVKVSEIVE REAIVCQREN PFYVDTVKSF RDRRYEFKGL AKTWKGNLSK IDPSDKHARD EAKKMIVLYD SLQLAHKVI LNSFYGYVMR KGSRWYSMEM AGITCLTGAT IIQMARALVE RVGRPLELDT DGIWCILPKS FPETYFFTLE NGKKLYLSYP CSMLNYRVH QKFTNHQYQE LKDPLNYIYE THSENTIFFE VDGPYKAMIL PSSKEEGKGI KKRYAVFNED GSLAELKGFE L KRRGELQL IKNFQSDIFK VFLEGDTLEG CYSAVASVCN RWLDVLDSHG LMLEDEDLVS LICENRSMSK TLKEYEGQKS TS ITTARRL GDFLGEDMVK DKGLQCKYII SSKPFNAPVT ERAIPVAIFS ADIPIKRSFL RRWTLDPSLE DLDIRTIIDW GYY RERLGS AIQKIITIPA ALQGVSNPVP RVEHPDWLKR KIAT UniProtKB: DNA polymerase epsilon catalytic subunit |
-分子 #4: IRON/SULFUR CLUSTER
分子 | 名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SF4 |
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分子量 | 理論値: 351.64 Da |
Chemical component information | ChemComp-FS1: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 121833 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |