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万見
- EMDB-44356: Cryo-EM structure of S. cerevisiae PolE-core-DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44356
タイトルCryo-EM structure of S. cerevisiae PolE-core-DNA
マップデータstructure of S. cerevisiae PolE-core-DNA
試料
  • 複合体: PolE-core-DNA complex
    • DNA: Primer DNA
    • DNA: Template DNA
  • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon catalytic subunit
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワードPol2 / DNA / REPLICATION / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epsilon DNA polymerase complex / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily ...DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase epsilon catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / DNA molecule (その他)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yuan Z / Georgescu R / O'Donnell M / Li H
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115809 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)M.E.O. 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Mechanism of PCNA loading by Ctf18-RFC for leading-strand DNA synthesis.
著者: Zuanning Yuan / Roxana Georgescu / Nina Y Yao / Olga Yurieva / Michael E O'Donnell / Huilin Li /
要旨: The proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamp encircles DNA to hold DNA polymerases (Pols) to DNA for processivity. The Ctf18-RFC PCNA loader, a replication factor C (RFC) variant, is specific ...The proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamp encircles DNA to hold DNA polymerases (Pols) to DNA for processivity. The Ctf18-RFC PCNA loader, a replication factor C (RFC) variant, is specific to the leading-strand Pol (Polε). We reveal here the underlying mechanism of Ctf18-RFC specificity to Polε using cryo-electron microscopy and biochemical studies. We found that both Ctf18-RFC and Polε contain specific structural features that direct PCNA loading onto DNA. Unlike other clamp loaders, Ctf18-RFC has a disordered ATPase associated with a diverse cellular activities (AAA+) motor that requires Polε to bind and stabilize it for efficient PCNA loading. In addition, Ctf18-RFC can pry prebound Polε off of DNA, then load PCNA onto DNA and transfer the PCNA-DNA back to Polε. These elements in both Ctf18-RFC and Polε provide specificity in loading PCNA onto DNA for Polε.
履歴
登録2024年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44356.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44356.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of S. cerevisiae PolE-core-DNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.968 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.968 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.968 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.68114114 - 1.9891208
平均 (標準偏差)0.002016878 (±0.046768963)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.968 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half A map

ファイルemd_44356_half_map_1.map
注釈half A map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half B map

ファイルemd_44356_half_map_2.map
注釈Half B map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PolE-core-DNA complex

全体名称: PolE-core-DNA complex
要素
  • 複合体: PolE-core-DNA complex
    • DNA: Primer DNA
    • DNA: Template DNA
  • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon catalytic subunit
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: PolE-core-DNA complex

超分子名称: PolE-core-DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Primer DNA

分子名称: Primer DNA / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 3.026977 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)

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分子 #2: Template DNA

分子名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 3.680432 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC) (DA)(DG)

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分子 #3: DNA polymerase epsilon catalytic subunit

分子名称: DNA polymerase epsilon catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 133.898031 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: SNNYALSAQQ LLNASKIDDI DSMMGFERYV PPQYNGRFDA KDIDQIPGRV GWLTNMHATL VSQETLSSGS NGGGNSNDGE RVTTNQGIS GVDFYFLDEE GGSFKSTVVY DPYFFIACND ESRVNDVEEL VKKYLESCLK SLQIIRKEDL TMDNHLLGLQ K TLIKLSFV ...文字列:
SNNYALSAQQ LLNASKIDDI DSMMGFERYV PPQYNGRFDA KDIDQIPGRV GWLTNMHATL VSQETLSSGS NGGGNSNDGE RVTTNQGIS GVDFYFLDEE GGSFKSTVVY DPYFFIACND ESRVNDVEEL VKKYLESCLK SLQIIRKEDL TMDNHLLGLQ K TLIKLSFV NSNQLFEARK LLRPILQDNA NNNVQRNIYN VAANGSEKVD AKHLIEDIRE YDVPYHVRVS IDKDIRVGKW YK VTQQGFI EDTRKIAFAD PVVMAFDIET TKPPLKFPDS AVDQIMMISY MIDGEGFLIT NREIISEDIE DFEYTPKPEY PGF FTIFNE NDEVALLQRF FEHIRDVRPT VISTFNGDFF DWPFIHNRSK IHGLDMFDEI GFAPDAEGEY KSSYCSHMDC FRWV KRDSY LPQGSQGLKA VTQSKLGYNP IELDPELMTP YAFEKPQHLS EYSVSDAVAT YYLYMKYVHP FIFSLCTIIP LNPDE TLRK GTGTLCEMLL MVQAYQHNIL LPNKHTDPIE RFYDGHLLES ETYVGGHVES LEAGVFRSDL KNEFKIDPSA IDELLQ ELP EALKFSVEVE NKSSVDKVTN FEEIKNQITQ KLLELKENNI RNELPLIYHV DVASMYPNIM TTNRLQPDSI KAERDCA SC DFNRPGKTCA RKLKWAWRGE FFPSKMDEYN MIKRALQNET FPNKNKFSKK KVLTFDELSY ADQVIHIKKR LTEYSRKV Y HRVKVSEIVE REAIVCQREN PFYVDTVKSF RDRRYEFKGL AKTWKGNLSK IDPSDKHARD EAKKMIVLYD SLQLAHKVI LNSFYGYVMR KGSRWYSMEM AGITCLTGAT IIQMARALVE RVGRPLELDT DGIWCILPKS FPETYFFTLE NGKKLYLSYP CSMLNYRVH QKFTNHQYQE LKDPLNYIYE THSENTIFFE VDGPYKAMIL PSSKEEGKGI KKRYAVFNED GSLAELKGFE L KRRGELQL IKNFQSDIFK VFLEGDTLEG CYSAVASVCN RWLDVLDSHG LMLEDEDLVS LICENRSMSK TLKEYEGQKS TS ITTARRL GDFLGEDMVK DKGLQCKYII SSKPFNAPVT ERAIPVAIFS ADIPIKRSFL RRWTLDPSLE DLDIRTIIDW GYY RERLGS AIQKIITIPA ALQGVSNPVP RVEHPDWLKR KIAT

UniProtKB: DNA polymerase epsilon catalytic subunit

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分子 #4: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 121833
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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