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- EMDB-44242: Focused refinement map on RanGAP1 C-terminal domain-SUMO1/UBC9/RA... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44242
タイトルFocused refinement map on RanGAP1 C-terminal domain-SUMO1/UBC9/RANBP2 E3 domain for human RANBP2/RAN(GTP)/SUMO1-RANGAP1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex where SUMO1-RANGAP1/UBC9 was present
マップデータFocused refinement map on RanGAP1 C-terminal domain-SUMO1/UBC9/RANBP2 E3 domain for human RANBP2/RAN(GTP)/SUMO1-RANGAP1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex where SUMO1-RANGAP1/UBC9 was present
試料
  • 複合体: Human RANBP2/RAN(GTP)/RANGAP1-SUMO1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex
    • タンパク質・ペプチド: Exportin-1
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding nuclear protein Ran(Q69L)
    • タンパク質・ペプチド: SUMO-conjugating enzyme UBC9
    • タンパク質・ペプチド: Small ubiquitin-related modifier 1 (Q94P)
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin - E3 SUMO-protein ligase RanBP2
    • タンパク質・ペプチド: Ran GTPase-activating protein 1
キーワードkaryopherin / SUMO E3 / SUMO E2 / transporter / GTPase / GTPase activating protein / exportin / G-protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cellular response to vasopressin / SUMO conjugating enzyme activity / cytoplasmic periphery of the nuclear pore complex / RING-like zinc finger domain binding / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / SUMO ligase complex / SUMO ligase activity / protein localization to nuclear pore / negative regulation of transcription by transcription factor localization ...: / cellular response to vasopressin / SUMO conjugating enzyme activity / cytoplasmic periphery of the nuclear pore complex / RING-like zinc finger domain binding / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / SUMO ligase complex / SUMO ligase activity / protein localization to nuclear pore / negative regulation of transcription by transcription factor localization / transferase complex / annulate lamellae / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is proteolytically processed / Negative regulation of activity of TFAP2 (AP-2) family transcription factors / negative regulation of delayed rectifier potassium channel activity / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / PML body organization / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / nuclear stress granule / Vitamin D (calciferol) metabolism / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / nuclear pore cytoplasmic filaments / mitotic nuclear membrane reassembly / snRNA import into nucleus / synaptonemal complex / regulation of centrosome duplication / nuclear export signal receptor activity / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / small protein activating enzyme binding / negative regulation of action potential / nuclear inclusion body / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / nuclear pore nuclear basket / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SUMOylation of DNA methylation proteins / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of immune response proteins / regulation of calcium ion transmembrane transport / XY body / SUMOylation of SUMOylation proteins / NLS-bearing protein import into nucleus / regulation of protein export from nucleus / activation of GTPase activity / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Maturation of nucleoprotein / negative regulation of protein export from nucleus / Nuclear import of Rev protein / SUMOylation of RNA binding proteins / nuclear export / regulation of cardiac muscle cell contraction / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / kinase activator activity / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / SUMO transferase activity / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / negative regulation of DNA binding / nucleocytoplasmic transport / aggresome / Maturation of nucleoprotein / centrosome localization / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Viral Messenger RNA Synthesis / regulation of gluconeogenesis / DNA metabolic process / negative regulation of protein import into nucleus / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / cellular response to cadmium ion / ubiquitin-specific protease binding / Vpr-mediated nuclear import of PICs / transcription factor binding / Maturation of hRSV A proteins / roof of mouth development / ubiquitin-like protein ligase binding / SUMOylation of transcription factors / mitotic sister chromatid segregation / protein sumoylation / SUMOylation of DNA replication proteins / postsynaptic cytosol / ribosomal large subunit export from nucleus / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / protein localization to nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / response to axon injury / mRNA transport / viral process / potassium channel regulator activity / Regulation of IFNG signaling
類似検索 - 分子機能
Ran-GTPase activating protein 1, C-terminal / Ran-GTPase activating protein 1, C-terminal domain superfamily / RanGAP1 C-terminal domain / : / Nup358/RanBP2 E3 ligase domain / Nup358/RanBP2 E3 ligase domain / Small ubiquitin-related modifier 1, Ubl domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 ...Ran-GTPase activating protein 1, C-terminal / Ran-GTPase activating protein 1, C-terminal domain superfamily / RanGAP1 C-terminal domain / : / Nup358/RanBP2 E3 ligase domain / Nup358/RanBP2 E3 ligase domain / Small ubiquitin-related modifier 1, Ubl domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / small GTPase Ran family profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / : / Zinc finger domain / Leucine Rich repeat / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Leucine-rich repeat / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Leucine-rich repeat domain superfamily / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Ubiquitin homologues / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Exportin-1 / Ran GTPase-activating protein 1 / E3 SUMO-protein ligase RanBP2 / GTP-binding nuclear protein Ran / Small ubiquitin-related modifier 1 / SUMO-conjugating enzyme UBC9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Lima CD / DiMattia MA
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118080 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Structural basis for a nucleoporin exportin complex between RanBP2, SUMO1-RanGAP1, the E2 Ubc9, Crm1 and the Ran GTPase.
著者: Vladimir Baytshtok / Michael A DiMattia / Christopher D Lima /
要旨: The human nucleoporin RanBP2/Nup358 interacts with SUMO1-modified RanGAP1 and the SUMO E2 Ubc9 at the nuclear pore complex (NPC) to promote export and disassembly of exportin Crm1/Ran(GTP)/cargo ...The human nucleoporin RanBP2/Nup358 interacts with SUMO1-modified RanGAP1 and the SUMO E2 Ubc9 at the nuclear pore complex (NPC) to promote export and disassembly of exportin Crm1/Ran(GTP)/cargo complexes. In mitosis, RanBP2/SUMO1-RanGAP1/Ubc9 remains intact after NPC disassembly and is recruited to kinetochores and mitotic spindles by Crm1 where it contributes to mitotic progression. Interestingly, RanBP2 binds SUMO1-RanGAP1/Ubc9 via motifs that also catalyze SUMO E3 ligase activity. Here, we resolve cryo-EM structures of a RanBP2 C-terminal fragment in complex with Crm1, SUMO1-RanGAP1/Ubc9, and two molecules of Ran(GTP). These structures reveal several unanticipated interactions with Crm1 including a nuclear export signal (NES) for RanGAP1, the deletion of which mislocalizes RanGAP1 and the Ran GTPase in cells. Our structural and biochemical results support models in which RanBP2 E3 ligase activity is dependent on Crm1, the RanGAP1 NES and Ran GTPase cycling.
履歴
登録2024年3月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44242.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44242.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused refinement map on RanGAP1 C-terminal domain-SUMO1/UBC9/RANBP2 E3 domain for human RANBP2/RAN(GTP)/SUMO1-RANGAP1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex where SUMO1-RANGAP1/UBC9 was present
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 326.4 Å		1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 326.4 Å		1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 326.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.088 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.12975714 - 0.26890892
平均 (標準偏差)0.00012588776 (±0.0023776528)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 326.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44242_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 for focused refinement on RanGAP1...

ファイルemd_44242_half_map_1.map
注釈Half map 1 for focused refinement on RanGAP1 C-terminal domain-SUMO1/UBC9/RANBP2 E3 domain for human RANBP2/RAN(GTP)/SUMO1-RANGAP1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex where SUMO1-RANGAP1/UBC9 was present
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 for focused refinement on RanGAP1...

ファイルemd_44242_half_map_2.map
注釈Half map 2 for focused refinement on RanGAP1 C-terminal domain-SUMO1/UBC9/RANBP2 E3 domain for human RANBP2/RAN(GTP)/SUMO1-RANGAP1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex where SUMO1-RANGAP1/UBC9 was present
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human RANBP2/RAN(GTP)/RANGAP1-SUMO1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex

全体名称: Human RANBP2/RAN(GTP)/RANGAP1-SUMO1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex
要素
  • 複合体: Human RANBP2/RAN(GTP)/RANGAP1-SUMO1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex
    • タンパク質・ペプチド: Exportin-1
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding nuclear protein Ran(Q69L)
    • タンパク質・ペプチド: SUMO-conjugating enzyme UBC9
    • タンパク質・ペプチド: Small ubiquitin-related modifier 1 (Q94P)
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin - E3 SUMO-protein ligase RanBP2
    • タンパク質・ペプチド: Ran GTPase-activating protein 1

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超分子 #1: Human RANBP2/RAN(GTP)/RANGAP1-SUMO1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex

超分子名称: Human RANBP2/RAN(GTP)/RANGAP1-SUMO1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: SUMO1 Gly97 is covalently linked to RANGAP1 Lys524 through a isopeptide bond
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Exportin-1

分子名称: Exportin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: SHM N-terminal amino acids remnants of expression tag
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SHMMPAIMTM LADHAARQLL DFSQKLDINL LDNVVNCLYH GEGAQQRMAQ EVLTHLKEHP DAWTRVDTIL EFSQNMNTKY YGLQILENV IKTRWKILPR NQCEGIKKYV VGLIIKTSSD PTCVEKEKVY IGKLNMILVQ ILKQEWPKHW PTFISDIVGA S RTSESLCQ ...文字列:
SHMMPAIMTM LADHAARQLL DFSQKLDINL LDNVVNCLYH GEGAQQRMAQ EVLTHLKEHP DAWTRVDTIL EFSQNMNTKY YGLQILENV IKTRWKILPR NQCEGIKKYV VGLIIKTSSD PTCVEKEKVY IGKLNMILVQ ILKQEWPKHW PTFISDIVGA S RTSESLCQ NNMVILKLLS EEVFDFSSGQ ITQVKSKHLK DSMCNEFSQI FQLCQFVMEN SQNAPLVHAT LETLLRFLNW IP LGYIFET KLISTLIYKF LNVPMFRNVS LKCLTEIAGV SVSQYEEQFV TLFTLTMMQL KQMLPLNTNI RLAYSNGKDD EQN FIQNLS LFLCTFLKEH DQLIEKRLNL RETLMEALHY MLLVSEVEET EIFKICLEYW NHLAAELYRE SPFSTSASPL LSGS QHFDV PPRRQLYLPM LFKVRLLMVS RMAKPEEVLV VENDQGEVVR EFMKDTDSIN LYKNMRETLV YLTHLDYVDT ERIMT EKLH NQVNGTEWSW KNLNTLCWAI GSISGAMHEE DEKRFLVTVI KDLLGLCEQK RGKDNKAIIA SNIMYIVGQY PRFLRA HWK FLKTVVNKLF EFMHETHDGV QDMACDTFIK IAQKCRRHFV QVQVGEVMPF IDEILNNINT IICDLQPQQV HTFYEAV GY MIGAQTDQTV QEHLIEKYML LPNQVWDSII QQATKNVDIL KDPETVKQLG SILKTNVRAC KAVGHPFVIQ LGRIYLDM L NVYKCLSENI SAAIQANGEM VTKQPLIRSM RTVKRETLKL ISGWVSRSND PQMVAENFVP PLLDAVLIDY QRNVPAARE PEVLSTMAII VNKLGGHITA EIPQIFDAVF ECTLNMINKD FEEYPEHRTN FFLLLQAVNS HCFPAFLAIP PTQFKLVLDS IIWAFKHTM RNVADTGLQI LFTLLQNVAQ EEAAAQSFYQ TYFCDILQHI FSVVTDTSHT AGLTMHASIL AYMFNLVEEG K ISTSLNPG NPVNNQIFLQ EYVANLLKSA FPHLQDAQVK LFVTGLFSLN QDIPAFKEHL RDFLVQIKEF AGEDTSDLFL EE REIALRQ ADEEKHKRQM SVPGIFNPHE IPEEMCD

UniProtKB: Exportin-1

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分子 #2: GTP-binding nuclear protein Ran(Q69L)

分子名称: GTP-binding nuclear protein Ran(Q69L) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: GSHMAS N-terminal amino acids residual after removal of purification epitope tag
光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSHMASMAAQ GEPQVQFKLV LVGDGGTGKT TFVKRHLTGE FEKKYVATLG VEVHPLVFHT NRGPIKFNVW DTAGLEKFGG LRDGYYIQA QCAIIMFDVT SRVTYKNVPN WHRDLVRVCE NIPIVLCGNK VDIKDRKVKA KSIVFHRKKN LQYYDISAKS N YNFEKPFL ...文字列:
GSHMASMAAQ GEPQVQFKLV LVGDGGTGKT TFVKRHLTGE FEKKYVATLG VEVHPLVFHT NRGPIKFNVW DTAGLEKFGG LRDGYYIQA QCAIIMFDVT SRVTYKNVPN WHRDLVRVCE NIPIVLCGNK VDIKDRKVKA KSIVFHRKKN LQYYDISAKS N YNFEKPFL WLARKLIGDP NLEFVAMPAL APPEVVMDPA LAAQYEHDLE VAQTTALPDE DDDL

UniProtKB: GTP-binding nuclear protein Ran

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分子 #3: SUMO-conjugating enzyme UBC9

分子名称: SUMO-conjugating enzyme UBC9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: GSH N-terminal amino acids left over after cleavage of affinity tag
光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMSGIALS RLAQERKAWR KDHPFGFVAV PTKNPDGTMN LMNWECAIPG KKGTPWEGGL FKLRMLFKDD YPSSPPKCKF EPPLFHPNV YPSGTVCLSI LEEDKDWRPA ITIKQILLGI QELLNEPNIQ DPAQAEAYTI YCQNRVEYEK RVRAQAKKFA P S

UniProtKB: SUMO-conjugating enzyme UBC9

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分子 #4: Small ubiquitin-related modifier 1 (Q94P)

分子名称: Small ubiquitin-related modifier 1 (Q94P) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: GSHM N-terminal amino acids left over after cleavage of affinity tag
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMMSDQEA KPSTEDLGDK KEGEYIKLKV IGQDSSEIHF KVKMTTHLKK LKESYCQRQG VPMNSLRFLF EGQRIADNHT PKELGMEEE DVIEVYQEPT GG

UniProtKB: Small ubiquitin-related modifier 1

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分子 #5: Nucleoporin - E3 SUMO-protein ligase RanBP2

分子名称: Nucleoporin - E3 SUMO-protein ligase RanBP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: GSH N-terminal amino acids left after cleavage of affinity tag
光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSHMDSLITP HVSRSSTPRE SPCGKIAVAV LEETTRERTD VIQGDDVADA TSEVEVSSTS ETTPKAVVSP PKFVFGSESV KSIFSSEKS KPFAFGNSSA TGSLFGFSFN APLKSNNSET SSVAQSGSES KVEPKKCELS KNSDIEQSSD SKVKNLFASF P TEESSINY ...文字列:
GSHMDSLITP HVSRSSTPRE SPCGKIAVAV LEETTRERTD VIQGDDVADA TSEVEVSSTS ETTPKAVVSP PKFVFGSESV KSIFSSEKS KPFAFGNSSA TGSLFGFSFN APLKSNNSET SSVAQSGSES KVEPKKCELS KNSDIEQSSD SKVKNLFASF P TEESSINY TFKTPEKAKE KKKPEDSPSD DDVLIVYELT PTAEQKALAT KLKLPPTFFC YKNRPDYVSE EEEDDEDFET AV KKLNGKL YLDGSEKCRP LEENTADNEK ECIIVWEKKP TVEEKAKADT LKLPPTFFCG VCSDTDEDNG NGEDFQSELQ KVQ EAQKSQ TEEITSTTDS VYTGGTEVMV PSFCKSEEPD SITKSISSPS VSSETMDKPV DLSTRKEIDT DSTSQGESKI VSFG FGSST GLSFADLASS NSGDFAFGSK DKNFQWANTG AAVFGTQSVG TQSAGKVGED EDGSDEEVVH NEDIHFEPIV SLPEV EVKS GEEDEEILFK ERAKLYRWDR DVSQWKERGV GDIKILWHTM KNYYRILMRR DQVFKVCANH VITKTMELKP LNVSNN ALV WTASDYADGE AKVEQLAVRF KTKEVADCFK KTFEECQQNL MKLQKGHVSL AAELSK

UniProtKB: E3 SUMO-protein ligase RanBP2

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分子 #6: Ran GTPase-activating protein 1

分子名称: Ran GTPase-activating protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6
詳細: GSHM N-terminal amino acids left after cleavage of affinity tag
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSHMMASEDI AKLAETLAKT QVAGGQLSFK GKSLKLNTAE DAKDVIKEIE DFDSLEALRL EGNTVGVEAA RVIAKALEKK SELKRCHWS DMFTGRLRTE IPPALISLGE GLITAGAQLV ELDLSDNAFG PDGVQGFEAL LKSSACFTLQ ELKLNNCGMG I GGGKILAA ...文字列:
GSHMMASEDI AKLAETLAKT QVAGGQLSFK GKSLKLNTAE DAKDVIKEIE DFDSLEALRL EGNTVGVEAA RVIAKALEKK SELKRCHWS DMFTGRLRTE IPPALISLGE GLITAGAQLV ELDLSDNAFG PDGVQGFEAL LKSSACFTLQ ELKLNNCGMG I GGGKILAA ALTECHRKSS AQGKPLALKV FVAGRNRLEN DGATALAEAF RVIGTLEEVH MPQNGINHPG ITALAQAFAV NP LLRVINL NDNTFTEKGA VAMAETLKTL RQVEVINFGD CLVRSKGAVA IADAIRGGLP KLKELNLSFC EIKRDAALAV AEA MADKAE LEKLDLNGNT LGEEGCEQLQ EVLEGFNMAK VLASLSDDED EEEEEEGEEE EEEAEEEEEE DEEEEEEEEE EEEE EPQQR GQGEKSATPS RKILDPNTGE PAPVLSSPPP ADVSTFLAFP SPEKLLRLGP KSSVLIAQQT DTSDPEKVVS AFLKV SSVF KDEATVRMAV QDAVDALMQK AFNSSSFNSN TFLTRLLVHM GLLKSEDKVK AIANLYGPLM ALNHMVQQDY FPKALA PLL LAFVTKPNSA LESCSFARHS LLQTLYKV

UniProtKB: Ran GTPase-activating protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging.
詳細Gel filtered - sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 85.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 895509
詳細: This is a focused refinement map resulting from selection of those particles with clear density for RANGAP1-SUMO1/UBC9 - after selection of particles containing Crm1/Ran(GTP) there were ...詳細: This is a focused refinement map resulting from selection of those particles with clear density for RANGAP1-SUMO1/UBC9 - after selection of particles containing Crm1/Ran(GTP) there were 534708 unique particles - after selection of particles where RANGAP1-SUMO1/UBC9 could be aligned there were 61110 particles
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model from cryosparc
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 61110
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3uin

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3gjx

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4l6e

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1k5d

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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