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タイトルStructural basis for a nucleoporin exportin complex between RanBP2, SUMO1-RanGAP1, the E2 Ubc9, Crm1 and the Ran GTPase.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 6403, Year 2025
掲載日2025年7月11日
著者Vladimir Baytshtok / Michael A DiMattia / Christopher D Lima /
PubMed 要旨The human nucleoporin RanBP2/Nup358 interacts with SUMO1-modified RanGAP1 and the SUMO E2 Ubc9 at the nuclear pore complex (NPC) to promote export and disassembly of exportin Crm1/Ran(GTP)/cargo ...The human nucleoporin RanBP2/Nup358 interacts with SUMO1-modified RanGAP1 and the SUMO E2 Ubc9 at the nuclear pore complex (NPC) to promote export and disassembly of exportin Crm1/Ran(GTP)/cargo complexes. In mitosis, RanBP2/SUMO1-RanGAP1/Ubc9 remains intact after NPC disassembly and is recruited to kinetochores and mitotic spindles by Crm1 where it contributes to mitotic progression. RanBP2 binds SUMO1-RanGAP1/Ubc9 via motifs that also catalyze SUMO E3 ligase activity. Here, we resolve cryo-EM structures of a RanBP2 C-terminal fragment in complex with Crm1, SUMO1-RanGAP1/Ubc9, and two molecules of Ran(GTP). These structures reveal several interactions with Crm1 including a nuclear export signal (NES) for RanGAP1, the deletion of which mislocalizes RanGAP1 and the Ran GTPase in cells. Our structural and biochemical results support models in which RanBP2 E3 ligase activity is dependent on Crm1, the RanGAP1 NES and Ran GTPase cycling.
リンクNat Commun / PubMed:40640138 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.52 Å
構造データ

44235

9b62

EMDB-44235, PDB-9b62:
Human RANBP2/RAN(GTP)/RANGAP1-SUMO1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) - composite map and model
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-44236: Human RANBP2/SUMO1-RANGAP1/RAN(GTP)/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex - overall map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

EMDB-44237: Focused refinement map on CRM1/RAN(GTP) from human RANBP2/RAN(GTP)/SUMO1-RANGAP1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-44238: Overall map for the RANBP2 RBD4/RAN(GTP)/RANGAP1 GAP domain from human RANBP2/RAN(GTP)/SUMO1-RANGAP1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

EMDB-44239: Focused refinement map on RANBP2 RBD4/RAN(GTP) from human RANBP2/RAN(GTP)/SUMO1-RANGAP1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

EMDB-44240: Focused refinement map on RANGAP1 GAP domain from human RANBP2/RAN(GTP)/SUMO1-RANGAP1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

EMDB-44241: Overall map for human RANBP2/RAN(GTP)/SUMO1-RANGAP1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex where SUMO1-RANGAP1/UBC9 was present
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-44242: Focused refinement map on RanGAP1 C-terminal domain-SUMO1/UBC9/RANBP2 E3 domain for human RANBP2/RAN(GTP)/SUMO1-RANGAP1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex where SUMO1-RANGAP1/UBC9 was present
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

EMDB-44243: Focused refinement map for RanGAP1 C-terminal domain-SUMO1/UBC9/RANBP2/CRM1/RAN(GTP) for human RANBP2/RAN(GTP)/SUMO1-RANGAP1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) complex where SUMO1-RANGAP1/UBC9 was present
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / karyopherin / SUMO E3 / SUMO E2 / transporter / GTPase / GTPase activating protein / exportin / G-protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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