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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Ubiquitin E2-Ub-E3 HECT tetrahedral transthiolation intermediate mimic - state 2 | |||||||||
![]() | Full map from the gold-standard refinement, globally sharpened using an B-factor of -40 A^2, used for model building and refinement. | |||||||||
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![]() | UBIQUITIN / E2 / E3 / HECT / NEDD4 / RSP5 / PUB2 / UBC4 / TRANSTHIOESTERIFICATION / THIOESTER / TRANSTHIOLATION / TETRAHEDRAL INTERMEDIATE / ADENYLATION / INHIBITOR / LIGASE / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / UBL CONJUGATION PATHWAY / UBL / ATP ATP-BINDING / AMP / NUCLEOTIDE-BINDING / ISOPEPTIDE BOND | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / Regulation of PTEN localization / Regulation of PTEN stability and activity / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / cell cortex of cell tip / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Peroxisomal protein import / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes ...RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / Regulation of PTEN localization / Regulation of PTEN stability and activity / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / cell cortex of cell tip / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Peroxisomal protein import / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / SREBP signaling pathway / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / HECT-type E3 ubiquitin transferase / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell division site / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / protein tag activity / ubiquitin protein ligase activity / ribosome biogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||
![]() | Kochanczyk T / Lima CD | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for transthiolation intermediates in the ubiquitin pathway 著者: Kochanczyk T / Hann ZS / Lux MC / Reyes AMVD / Ji C / Tan DS / Lima CD | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 64.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.1 KB 22.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 110 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 62.9 MB 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 770.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 769.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9b56MC ![]() 9b55C ![]() 9b57C ![]() 9b58C ![]() 9b59C ![]() 9b5aC ![]() 9b5bC ![]() 9b5cC ![]() 9b5dC ![]() 9b5eC ![]() 9b5fC ![]() 9b5gC ![]() 9b5hC ![]() 9b5iC ![]() 9b5jC ![]() 9b5kC ![]() 9b5lC ![]() 9b5mC ![]() 9b5nC ![]() 9b5oC ![]() 9b5pC ![]() 9b5qC ![]() 9b5rC ![]() 9b5sC ![]() 9b5tC ![]() 9b5uC ![]() 9b5vC ![]() 9b5wC ![]() 9b5xC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map from the gold-standard refinement, globally sharpened using an B-factor of -40 A^2, used for model building and refinement. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.064 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Full map from the gold-standard refinement (unsharpened).
ファイル | emd_44201_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Full map from the gold-standard refinement (unsharpened). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 from the gold-standard refinement
ファイル | emd_44201_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 from the gold-standard refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 from the gold-standard refinement
ファイル | emd_44201_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 from the gold-standard refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Covalent E2-Ub-E3 HECT transthiolation intermediate mimic complex
全体 | 名称: Covalent E2-Ub-E3 HECT transthiolation intermediate mimic complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Covalent E2-Ub-E3 HECT transthiolation intermediate mimic complex
超分子 | 名称: Covalent E2-Ub-E3 HECT transthiolation intermediate mimic complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4
分子 | 名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: C-terminal GGLVPR is a residual artifact after thrombin cleavage of affinity tag コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 17.043336 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MALKRINREL ADLGKDPPSS SSAGPVGDDL FHWQATIMGP ADSPYAGGVF FLSIHFPTDY PFKPPKVNFT TRIYHPNINS NGSICLDIL RDQWSPALTI SKVLLSISSL LTDPNPDDPL VPEIAHVYKT DRSRYELSAR EWTRKYAIGG LVPR UniProtKB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4 |
-分子 #2: Ubiquitin
分子 | 名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: N-terminal GSGG is a residual artifact after TEV protease cleavage of affinity tag コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 8.769948 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GSGGMQIFVK TLTGKTITLE VESSDTIDNV KSKIQDKEGI PPDQQRLIFA GKQLEDGRTL SDYNIQKEST LHLVLRLRG UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eL40B fusion protein |
-分子 #3: E3 ubiquitin-protein ligase pub2
分子 | 名称: E3 ubiquitin-protein ligase pub2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 詳細: N-terminal SHM is a residual artifact after cleaving the affinity tag コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: HECT-type E3 ubiquitin transferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 44.231828 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SHMDEYQRKI AYMYDRPEMA VNDAQLQLKV SRATTFEDAY DIISKLSVSD MKKKLLIRFR NEDGLDYGGV SREFFYILSH AIFNPGYSL FEYATDDNYG LQISPLSSVN PDFRSYFRFV GRVMGLAIYH RRYLDVQFVL PFYKRILQKP LCLEDVKDVD E VYYESLKW ...文字列: SHMDEYQRKI AYMYDRPEMA VNDAQLQLKV SRATTFEDAY DIISKLSVSD MKKKLLIRFR NEDGLDYGGV SREFFYILSH AIFNPGYSL FEYATDDNYG LQISPLSSVN PDFRSYFRFV GRVMGLAIYH RRYLDVQFVL PFYKRILQKP LCLEDVKDVD E VYYESLKW IKNNDVDESL CLNFSVEENR FGESVTVDLI PNGRNIAVNN QNKMNYLKAL TEHKLVTSTE EQFNALKGGL NE LIPDSVL QIFNENELDT LLNGKRDIDV QDWKRFTDYR SYTETDDIVI WFWELLSEWS PEKKAKLLQF ATGTSRLPLS GFK DMHGSD GPRKFTIEKV GHISQLPKAH TCFNRLDIPP YNSKEELEQK LTIAIQETAG FGTE UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase pub2 |
-分子 #4: 4-aminobutanenitrile
分子 | 名称: 4-aminobutanenitrile / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A1AIV |
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分子量 | 理論値: 84.12 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 0.1% CHAPSO | ||||||||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 72.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-9b56: |