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- EMDB-4419: Representative tomogram of mature MLV particles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4419
タイトルRepresentative tomogram of mature MLV particles
マップデータRepresentative tomogram of mature MLV particles for subtomogram averaging
試料
  • ウイルス: Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス)
生物種Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Qu K / Glass B / Dolezal M / Schur FKM / Rein A / Rumlova M / Ruml T / Kraeusslich HG / Briggs JAG
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structure and architecture of immature and mature murine leukemia virus capsids.
著者: Kun Qu / Bärbel Glass / Michal Doležal / Florian K M Schur / Brice Murciano / Alan Rein / Michaela Rumlová / Tomáš Ruml / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
要旨: Retroviruses assemble and bud from infected cells in an immature form and require proteolytic maturation for infectivity. The CA (capsid) domains of the Gag polyproteins assemble a protein lattice as ...Retroviruses assemble and bud from infected cells in an immature form and require proteolytic maturation for infectivity. The CA (capsid) domains of the Gag polyproteins assemble a protein lattice as a truncated sphere in the immature virion. Proteolytic cleavage of Gag induces dramatic structural rearrangements; a subset of cleaved CA subsequently assembles into the mature core, whose architecture varies among retroviruses. Murine leukemia virus (MLV) is the prototypical γ-retrovirus and serves as the basis of retroviral vectors, but the structure of the MLV CA layer is unknown. Here we have combined X-ray crystallography with cryoelectron tomography to determine the structures of immature and mature MLV CA layers within authentic viral particles. This reveals the structural changes associated with maturation, and, by comparison with HIV-1, uncovers conserved and variable features. In contrast to HIV-1, most MLV CA is used for assembly of the mature core, which adopts variable, multilayered morphologies and does not form a closed structure. Unlike in HIV-1, there is similarity between protein-protein interfaces in the immature MLV CA layer and those in the mature CA layer, and structural maturation of MLV could be achieved through domain rotations that largely maintain hexameric interactions. Nevertheless, the dramatic architectural change on maturation indicates that extensive disassembly and reassembly are required for mature core growth. The core morphology suggests that wrapping of the genome in CA sheets may be sufficient to protect the MLV ribonucleoprotein during cell entry.
履歴
登録2018年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月5日-
マップ公開2018年12月5日-
更新2018年12月19日-
現状2018年12月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ムービー
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添付画像

emd_4419.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4419.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Representative tomogram of mature MLV particles for subtomogram averaging
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.7 Å/pix.
x 600 pix.
= 1620. Å		2.7 Å/pix.
x 1855 pix.
= 5008.5 Å		2.7 Å/pix.
x 1855 pix.
= 5008.5 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-267. - 283.
平均 (標準偏差)1.363167 (±39.191856000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1-1-1
サイズ18551855600
Spacing18551855600
セルA: 5008.5 Å / B: 5008.5 Å / C: 1620.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z2.72.72.7
M x/y/z18551855600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z5008.5005008.5001620.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-1-1-1
NC/NR/NS18551855600
D min/max/mean-267.000283.0001.363

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Murine leukemia virus

全体名称: Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス)
要素
  • ウイルス: Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス)

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超分子 #1: Murine leukemia virus

超分子名称: Murine leukemia virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 11786 / 生物種: Murine leukemia virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293T / 組換プラスミド: M2204

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細Purified virus solution was inactivated and diluted 1:1 with PBS containing 10 nm colloidal gold.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: UMC Utrecht / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-6 / 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 0.6 sec. / 平均電子線量: 1.8 e/Å2
詳細: Dose fluctuation was caused by the ring collapse of FEG during data collection.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: eTomo / 使用した粒子像数: 45
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
MATLABCTF determination
IMODPhase flipping only

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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