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- EMDB-44163: Pseudomonas phage Pa193 5-fold vertex (capsid, decorating, and sc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44163
タイトルPseudomonas phage Pa193 5-fold vertex (capsid, decorating, and scaffolding proteins)
マップデータ
試料
  • ウイルス: Pseudomonas virus Pa193 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: gp26 Major capsid
    • タンパク質・ペプチド: gp25 Decorating protein
    • タンパク質・ペプチド: gp24 Scaffolding protein
キーワードphage / bacteriophage / gene product 24 (gp24) / STRUCTURAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN / gene product 25 (gp25) / scaffolding protein / decorating protein / major capsid protein / gene product 26 (gp26)
機能・相同性Uncharacterised conserved protein UCP029215 / Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2213) / : / Structural cement protein (E217 gp24/Pam3 gp6) / Virion protein / Capsid and scaffold protein / Capsid and scaffold protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas virus Pa193 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Iglesias SM / Cingolani G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM140733 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM analysis of Pseudomonas phage Pa193 structural components.
著者: Stephano M Iglesias / Chun-Feng David Hou / Johnny Reid / Evan Schauer / Renae Geier / Angela Soriaga / Lucy Sim / Lucy Gao / Julian Whitelegge / Pierre Kyme / Deborah Birx / Sebastien Lemire / Gino Cingolani /
要旨: The World Health Organization has designated Pseudomonas aeruginosa as a critical pathogen for the development of new antimicrobials. Bacterial viruses, or bacteriophages, have been used in various ...The World Health Organization has designated Pseudomonas aeruginosa as a critical pathogen for the development of new antimicrobials. Bacterial viruses, or bacteriophages, have been used in various clinical settings, commonly called phage therapy, to address this growing public health crisis. Here, we describe a high-resolution structural atlas of a therapeutic, contractile-tailed Pseudomonas phage, Pa193. We used bioinformatics, proteomics, and cryogenic electron microscopy single particle analysis to identify, annotate, and build atomic models for 21 distinct structural polypeptide chains forming the icosahedral capsid, neck, contractile tail, and baseplate. We identified a putative scaffolding protein stabilizing the interior of the capsid 5-fold vertex. We also visualized a large portion of Pa193 ~ 500 Å long tail fibers and resolved the interface between the baseplate and tail fibers. The work presented here provides a framework to support a better understanding of phages as biomedicines for phage therapy and inform engineering opportunities.
履歴
登録2024年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44163.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44163.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.34 Å/pix.
x 384 pix.
= 514.56 Å		1.34 Å/pix.
x 384 pix.
= 514.56 Å		1.34 Å/pix.
x 384 pix.
= 514.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-12.87707 - 27.436249
平均 (標準偏差)-0.00000000000102 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 514.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44163_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_44163_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_44163_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pseudomonas virus Pa193

全体名称: Pseudomonas virus Pa193 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Pseudomonas virus Pa193 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: gp26 Major capsid
    • タンパク質・ペプチド: gp25 Decorating protein
    • タンパク質・ペプチド: gp24 Scaffolding protein

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超分子 #1: Pseudomonas virus Pa193

超分子名称: Pseudomonas virus Pa193 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2590837 / 生物種: Pseudomonas virus Pa193 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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分子 #1: gp26 Major capsid

分子名称: gp26 Major capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas virus Pa193 (ウイルス)
分子量理論値: 41.610918 KDa
配列文字列: MSQISKTHSR LAGRNAKPFD LKNITNDAVA SLSRIGLVFD HAVVQDQIKA LAKAGAFRSG SAMDSNFTAP VTTPSIPTPI QFLQTWLPG FVKVMTAARK IDEIIGIDTV GSWEDQEIVQ GIVEPAGTAV EYGDHTNIPL TSWNANFERR TIVRGELGMM V GTLEEGRA ...文字列:
MSQISKTHSR LAGRNAKPFD LKNITNDAVA SLSRIGLVFD HAVVQDQIKA LAKAGAFRSG SAMDSNFTAP VTTPSIPTPI QFLQTWLPG FVKVMTAARK IDEIIGIDTV GSWEDQEIVQ GIVEPAGTAV EYGDHTNIPL TSWNANFERR TIVRGELGMM V GTLEEGRA SAIRLNSAET KRQQAAIGLE IFRNAIGFYG WQSGLGNRTY GFLNDPNLPA FQTPPSQGWS TADWAGIIGD IR EAVRQLR IQSQDQIDPK AEKITLALAT SKVDYLSVTT PYGISVSDWI EQTYPKMRIV SAPELSGVQM KAQEPEDALV LFV EDVNAA VDGSTDGGSV FSQLVQSKFI TLGVEKRAKS YVEDFSNGTA GALCKRPWAV VRYLGI

UniProtKB: Capsid and scaffold protein

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分子 #2: gp25 Decorating protein

分子名称: gp25 Decorating protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas virus Pa193 (ウイルス)
分子量理論値: 21.677443 KDa
配列文字列: MFQKQVYRQY TPGFPGDLIE DGPKRARPGR IMSLSAVNPA ATATGPNRIS RAFGYAGDVS ALGEGQPKTI AARASEVVIG GANFFGVLG HPKHYALFGS AGDSLAPSYD LPDGAEGEFF DMATGLVVEI FNGAATALDL DYGDLVAYVP NNLPTADNAL G LPAGALVG ...文字列:
MFQKQVYRQY TPGFPGDLIE DGPKRARPGR IMSLSAVNPA ATATGPNRIS RAFGYAGDVS ALGEGQPKTI AARASEVVIG GANFFGVLG HPKHYALFGS AGDSLAPSYD LPDGAEGEFF DMATGLVVEI FNGAATALDL DYGDLVAYVP NNLPTADNAL G LPAGALVG FKAGSMPTGL VQIPNARIVN AISLPAQSAG NLVAGVTIVQ LTQ

UniProtKB: Virion protein

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分子 #3: gp24 Scaffolding protein

分子名称: gp24 Scaffolding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas virus Pa193 (ウイルス)
分子量理論値: 51.908012 KDa
配列文字列: MAKSKRKIDE NGYMTIEGCP ISSYGVFQYS AGQLGLPGDP MRIVNVYRPE SAVSDPEYIE SLKNLPLIDE HEMLSGFDDD DDSVAPEDK GVEGIITSNA YYEAPWARGD IRIYSRNMQN QLERGKEDLS LGYSCRYTEQ PGIWNGTPYE VVQDKMRGNH I ALVKEGRV ...文字列:
MAKSKRKIDE NGYMTIEGCP ISSYGVFQYS AGQLGLPGDP MRIVNVYRPE SAVSDPEYIE SLKNLPLIDE HEMLSGFDDD DDSVAPEDK GVEGIITSNA YYEAPWARGD IRIYSRNMQN QLERGKEDLS LGYSCRYTEQ PGIWNGTPYE VVQDKMRGNH I ALVKEGRV PGARVLDGLC FDHLSFDFRP SDEGNEMSLK KAKQKPPVQR VGQAADSAVE ELRALWPKLS ASVQKFLGEE AQ EPEHQEG AAAPAEPTDS EHMTEHPTLE GAQKDNEEHE EAPSVVDPAV AAAESERQES AASEMSGEGE VAELISQVKA ILA RLEGTA AEGADEEHGE GKDVVEGLEE QSSLSGSQTA SDDGGEGKDN SEELPEMAQK NAQDAAIRGL YRDIAAKDRL YKRL SSVVG AFDHRAMDSA EVAVYGVKKL NINCAKGQEA LALDMYLKGV EASRGAASRQ SKAQDSAGSA PQCAELDSYL KGE

UniProtKB: Capsid and scaffold protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 12520 / 平均電子線量: 34.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.75 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.75 µm / 倍率（補正後）: 64000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 46075
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1) / 使用した粒子像数: 8278
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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