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- EMDB-44112: Hemagglutinin H1 New Caledonia 1999 in complex with monoclonal an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44112
タイトルHemagglutinin H1 New Caledonia 1999 in complex with monoclonal antibody Fab 43_S0008
マップデータHemagglutinin H1 NC99 in complex with the monoclonal antibody Fab43_S0008
試料
  • 複合体: Hemagglutinin H1 New Caledonia 1999 in complex with monoclonal antibody Fab 43_S0008
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain monoclonal antibody Fab 3_S0008
    • タンパク質・ペプチド: Light chain monoclonal antibody Fab 3_S0008
  • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードinfluenza virus / broadly neutralizing antibody / bnAb / VH1-69 / DH3-9 / hemagglutinin / HA / stem / stalk / germline-targeting / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Mus sp. (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Torrents de la Pena A / de Paiva Froes Rocha R / Ward AB / Ataca S / Kanekiyo M
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Modulating the immunodominance hierarchy of immunoglobulin germline-encoded structural motifs targeting the influenza hemagglutinin stem.
著者: Sila Ataca / Maya Sangesland / Rebeca de Paiva Fróes Rocha / Alba Torrents de la Peña / Larance Ronsard / Seyhan Boyoglu-Barnum / Rebecca A Gillespie / Yaroslav Tsybovsky / Tyler Stephens / ...著者: Sila Ataca / Maya Sangesland / Rebeca de Paiva Fróes Rocha / Alba Torrents de la Peña / Larance Ronsard / Seyhan Boyoglu-Barnum / Rebecca A Gillespie / Yaroslav Tsybovsky / Tyler Stephens / Syed M Moin / Julia Lederhofer / Adrian Creanga / Sarah F Andrews / Ralston M Barnes / Daniel Rohrer / Nils Lonberg / Barney S Graham / Andrew B Ward / Daniel Lingwood / Masaru Kanekiyo /
要旨: Antibodies targeting epitopes through germline-encoded motifs can be found in different individuals. While these public antibodies are often beneficial, they also pose hurdles for subdominant ...Antibodies targeting epitopes through germline-encoded motifs can be found in different individuals. While these public antibodies are often beneficial, they also pose hurdles for subdominant antibodies to emerge. Here, we use transgenic mice that reproduce the human IGHV1-6901 germline-encoded antibody response to the conserved stem epitope on group 1 hemagglutinin (HA) of influenza A virus to show that this germline-endowed response can be overridden by a subdominant yet cross-group reactive public antibody response. Immunization with a non-cognate group 2 HA stem enriched B cells harboring the IGHD3-9 gene, thereby switching from IGHV1-69- to IGHD3-9-encoded motif-dependent epitope recognition. These IGHD3-9 antibodies bound, neutralized, and conferred cross-group protection in mice against influenza A viruses. A cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of an IGHD3-9 antibody resembled the human broadly neutralizing antibody FI6v3, which uses IGHD3-9. Together, our findings offer insights into vaccine regimens that engage an immunoglobulin repertoire with broader cross-reactivity to influenza A viruses.
履歴
登録2024年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44112.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Hemagglutinin H1 NC99 in complex with the monoclonal antibody Fab43_S0008
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 334.4 Å		1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 334.4 Å		1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 334.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.8243744 - 2.2472174
平均 (標準偏差)0.00085465214 (±0.037908882)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 334.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Hemagglutinin H1 NC99 in complex with the monoclonal...

ファイルemd_44112_additional_1.map
注釈Hemagglutinin H1 NC99 in complex with the monoclonal antibody Fab43_S0008
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Hemagglutinin H1 NC99 in complex with the monoclonal...

ファイルemd_44112_half_map_1.map
注釈Hemagglutinin H1 NC99 in complex with the monoclonal antibody Fab43_S0008
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Hemagglutinin H1 NC99 in complex with the monoclonal...

ファイルemd_44112_half_map_2.map
注釈Hemagglutinin H1 NC99 in complex with the monoclonal antibody Fab43_S0008
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hemagglutinin H1 New Caledonia 1999 in complex with monoclonal an...

全体名称: Hemagglutinin H1 New Caledonia 1999 in complex with monoclonal antibody Fab 43_S0008
要素
  • 複合体: Hemagglutinin H1 New Caledonia 1999 in complex with monoclonal antibody Fab 43_S0008
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain monoclonal antibody Fab 3_S0008
    • タンパク質・ペプチド: Light chain monoclonal antibody Fab 3_S0008
  • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Hemagglutinin H1 New Caledonia 1999 in complex with monoclonal an...

超分子名称: Hemagglutinin H1 New Caledonia 1999 in complex with monoclonal antibody Fab 43_S0008
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#4
詳細: Fab fragment was generated using papain digestion and size exclusion chromatography. The complex was incubated overnight and the sample was purified using size exclusion chromatography
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 330 KDa

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分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Hemagglutinin New Caledonia 1999 HA1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 37.803648 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKAKLLVLLC TFTATYADTI CIGYHANNST DTVDTVLEKN VTVTHSVNLL EDSHNGKLCL LKGIAPLQLG NCSVAGWILG NPECELLIS KESWSYIVET PNPENGTCYP GYFADYEELR EQLSSVSSFE RFEIFPKESS WPNHTVTGVS ASCSHNGKSS F YRNLLWLT ...文字列:
MKAKLLVLLC TFTATYADTI CIGYHANNST DTVDTVLEKN VTVTHSVNLL EDSHNGKLCL LKGIAPLQLG NCSVAGWILG NPECELLIS KESWSYIVET PNPENGTCYP GYFADYEELR EQLSSVSSFE RFEIFPKESS WPNHTVTGVS ASCSHNGKSS F YRNLLWLT GKNGLYPNLS KSYVNNKEKE VLVLWGVHHP PNIGNQRALY HTENAYVSVV SSHYSRRFTP EIAKRPKVRD QE GRINYYW TLLEPGDTII FEANGNLIAP WYAFALSRGF GSGIITSNAP MDECDAKCQT PQGAINSSLP FQNVHPVTIG ECP KYVRSA KLRMVTGLRN IPS

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Hemagglutinin H1 New Caledonia 1999 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 25.550836 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IQSRGLFGAI AGFIEGGWTG MVDGWYGYHH QNEQGSGYAA DQKSTQNAIN GITNKVNSVI EKMNTQFTAV GKEFNKLERR MENLNKKVD DGFLDIWTYN AELLVLLENE RTLDFHDSNV KNLYEKVKSQ LKNNAKEIGN GCFEFYHKCN NECMESVKNG T YDYPKYSE ...文字列:
IQSRGLFGAI AGFIEGGWTG MVDGWYGYHH QNEQGSGYAA DQKSTQNAIN GITNKVNSVI EKMNTQFTAV GKEFNKLERR MENLNKKVD DGFLDIWTYN AELLVLLENE RTLDFHDSNV KNLYEKVKSQ LKNNAKEIGN GCFEFYHKCN NECMESVKNG T YDYPKYSE ESKLNREKID GVKLESMGVY QILAIYSTVA SSLVLLVSLG AISFWMCSNG SLQCRICI

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #3: Heavy chain monoclonal antibody Fab 3_S0008

分子名称: Heavy chain monoclonal antibody Fab 3_S0008 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
分子量理論値: 24.914199 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFR TFGISWVRQA PGQGLEWMGW IIPIIGTPNY AQKFQGRVII TADESSNTAY MELNSLKSE DTAVYYCAKE GRALLRYFDW LPLDAFDIWG QGTMVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFR TFGISWVRQA PGQGLEWMGW IIPIIGTPNY AQKFQGRVII TADESSNTAY MELNSLKSE DTAVYYCAKE GRALLRYFDW LPLDAFDIWG QGTMVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSCDK

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分子 #4: Light chain monoclonal antibody Fab 3_S0008

分子名称: Light chain monoclonal antibody Fab 3_S0008 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
分子量理論値: 24.034838 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVLTQTPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSLV HSDGNTYLHW YLQKPGQSPK LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG VYFCSQSTHV PPLTFGAGTK LELKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES ...文字列:
DIVLTQTPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSLV HSDGNTYLHW YLQKPGQSPK LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG VYFCSQSTHV PPLTFGAGTK LELKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 40 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4m4y

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 190711
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4m4y


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9b2m:
Hemagglutinin H1 New Caledonia 1999 in complex with monoclonal antibody Fab 43_S0008

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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